В романе «Дворянское гнездо» (1859) остро поставлен вопрос об исторических судьбах России. Герой романа Лаврецкий «обыкновеннее» Рудина, но он ближе к народной жизни, лучше понимает нужды народа. Он считает своим долгом облегчить участь крестьян. Однако ради личного счастья он забывает о долге, хотя и счастье оказывается невозможным. Героиня романа Лиза, готовая на великое служение или подвиг, не находит высокого смысла в мире, где постоянно оскорбляется её нравственное чувство. Уход Лизы в монастырь — это своеобразный протест и пусть пассивное, но всё же неприятие жизни. Образ Лизы окружен «светлой поэзией», которую Салтыков-Щедрин отмечал в «каждом звуке этого романа». Если «Рудин» — испытание идеалиста 40-х гг., то «Дворянское гнездо» — это осознание его ухода с исторической сцены.
В связи с «Дворянским гнездом» и предшествовавшими ему повестями «Фауст» (1856) и «Ася» (1858) в печати возникла полемика о долге, самоотречении, эгоизме. В решении этих проблем наметилось расхождение между Т. и революционными демократами, которые сосредоточили своё внимание на слабости, нерешительности «лишнего человека», отсутствии в нём гражданского чувства (о чём писал Чернышевский в статье «Русский человек на rendezvous» в связи с повестью Т. «Ася»); они исходили из представления о нравственно цельном человеке, у которого нет противоречия между внутренними потребностями и общественным долгом. Спор о новом герое затрагивал самые существенные вопросы русской жизни накануне реформы, в условиях назревающей революционной ситуации. Чуткий к запросам времени, Т. в романе «Накануне» (1860) выразил мысль о необходимости сознательно-героических натур. В образе разночинца болгарина Инсарова писатель вывел человека с цельным характером, все нравственные силы которого сосредоточены на стремлении освободить свою родину. Т. отдавал должное людям героического склада, хотя они представлялись ему несколько ограниченными, однолинейными. Добролюбов, посвятивший «Накануне» статью «Когда же придёт настоящий день?» (1860), отметил, что Инсаров неполно обрисован в романе, не приближен к читателю, не открыт ему. И поэтому, по мнению критика, главное лицо романа — Елена Стахова; в ней воплощена «общественная потребность дела, живого дела, начало презрения к мертвым принципам и пассивным добродетелям...» (Собр. соч., т. 3, 1952, с. 36). Россия для Т. — накануне появления сознательно-героических натур (для Добролюбова — революционных). Т. не мог принять остропублицистическое истолкования романа, предложенного Добролюбовым, не мог согласиться с революционной позицией критика, выраженной на материале и при помощи его романа. Поэтому писатель возражал против опубликования статьи. Когда же она благодаря настойчивости Некрасова всё-таки появилась, он ушёл из «Современника». Основная причина разрыва коренилась в том, что Т., стоявший на либеральных позициях, не верил в необходимость революции; по определению В. И. Ленина, ему «...претил мужицкий демократизм Добролюбова и Чернышевского» (Полн. собр. соч., 5 изд., т. 36, с. 206). В то же время Т. отдавал дань уважения высоким душевным качествам революционных демократов и связывал с ними будущее России.
Поэтому в романе «Отцы и дети» (1862) Т. продолжал художественное исследование «нового человека». «Отцы и дети» — роман не просто о смене поколений, а о борьбе идейных направлений (идеализма и материализма), о неизбежном и непримиримом столкновении старых и новых социально-политических сил. Роман раскрывал жестокий и сложный процесс ломки прежних социальных отношений, конфликты во всех сферах жизни (между помещиками и крестьянами, выходящими из повиновения; между дворянами и разночинцами; внутри дворянского сословия). Этот процесс предстал в романе как разрушительная стихия, взрывающая аристократическую замкнутость, ломающая сословные перегородки, меняющая привычное течение жизни. Расстановка лиц в романе и развитие действия показали, на чьей стороне автор. Несмотря на его двойственное отношение к герою, несмотря на спор, который ведёт Т. с «нигилистом» Базаровым, об отношении к природе, любви, искусству, этот «отрицатель» выведен как мужественный, последовательный в своих убеждениях человек, которому предстоит большое и важное «дело». Рационализм суждений находится в противоречии с его глубокой, страстной натурой. Защитники прежних «принципов» — «сливки» дворянского общества (братья Кирсановы) — уступают герою в нравственной силе, понимании потребностей жизни. Трагическая история любви Базарова и Одинцовой, выявляя несоответствие между натурой и некоторыми воззрениями героя, подчёркивает его нравственное превосходство над лучшими представителями дворянства. Трезво и серьёзно оценивал Т. не только роль героя, находящегося в «преддверии будущего», составляющего «странный pendant с Пугачевым», но и место народа в этом процессе. Т. видел разобщённость народа с передовой интеллигенцией, ставшей на защиту его интересов. В этом, по Т., одна из причин трагического положения новых деятелей.
Современники остро реагировали на появление романа. Реакционная печать обвинила Т. в заискивании перед молодёжью, демократическая упрекала автора в клевете на молодое поколение. Иначе понял роман Д. И. Писарев, увидевший в нём верное изображение нового героя. Сам Т. писал К. К. Случевскому по поводу Базарова: «...Если он называется нигилистом, то надо читать: революционером» (Полн. собр. соч. и писем. Письма, т. 4, 1962, с. 380). Однако известная противоречивость позиции Т. доныне порождает споры об отношении автора к герою.
После «Отцов и детей» для писателя наступил период сомнений и разочарований. В открытом споре с А. И. Герценом он отстаивает просветительские взгляды. Появляются повести «Призраки» (1864), «Довольно» (1865) и др., исполненные грустных раздумий и пессимистических настроений. Меняется жанр тургеневского романа: всё более ослабляется централизующая роль главного героя в общей композиции произведения. В центре романа «Дым» (1867) — проблема поколебленной реформой жизни России, когда «...новое принималось плохо, старое всякую силу потеряло» (Соч., т. 9, 1965, с. 318). В романе два основных героя — Литвинов, в трагической любви которого отразились и «поколебленный быт», и противоречивое, неустойчивое сознание людей, и Потугин — проповедник западной «цивилизации». Роман носил резко сатирический и антиславянофильский характер. Ирония автора была направлена как против представителей революционной эмиграции («Гейдельбергские арабески»), так и против высших правительственных кругов России («баденские генералы»). Однако осуждение пореформенной действительности («дым»), рассмотрение политической оппозиции не как привнесённого извне явления, а как порождения российской жизни отличают этот роман от «антинигилистических» произведений других авторов. Грустные воспоминания о типе «лишнего человека» («Вешние воды», опубл. 1872), раздумья о народе и сути русского характера («Степной король Лир», опубликован 1870) приводят Т. к созданию наиболее значительного произведения последнего периода — романа «Новь» (1877).
В обстановке горячих обсуждений судеб истории и искусства возникает «Новь» — роман о народническом движении в России. Отдавая дань уважения героическому порыву молодёжи, её подвигу самопожертвования, но не веря в возможность революционных преобразований, Т. придаёт участнику «хождения в народ», «романтику реализма» Нежданову черты «российского Гамлета». Трезвый практик-постепеновец Соломин с его теорией «малых дел», по мнению Т., ближе к истине. Развёртывая в романе картины идейных споров представителей либеральных воззрений (Сипягин), консервативных (Калломейцев) и народнических (Нежданов, Марианна,. Соломин) взглядов, Т. отдаёт предпочтение народническим. «Новь» хотя и не сразу, но примирила писателя с молодым поколением. В последние годы жизни Т. создал несколько небольших произведений, в том числе «Стихотворения в прозе» (часть 1, опубликована 1882); в стихотворениях «Порог», «Памяти Ю. П. Вревской» он прославил подвиг самопожертвования во имя счастья народа.