В конце 12 — начале 13 вв. территория Т. находилась под властью правителей Хорезма — хорезмшахов, а в 1219—21 завоёвана монголо-татарскими ордами Чингисхана, которые опустошили страну, разрушили города и ирригационные сооружения, население частью истребили, частью увели в рабство. Пришли в упадок торговля, ремёсла, сократились посевные площади и производство с.-х. продуктов. Основная масса туркменских племён укрылась на восточном берегу Каспия, в степях Прибалхашья и долине Узбоя. Территория Т. была поделена между Золотой Ордой, Джагатайским (Чагатайским) улусом и государством Хулагуидов (с центром в Иране). Туркмены неоднократно поднимали восстания против золотоордынских ханов и др. монгольских властителей.
В 13—14 вв. продолжался процесс формирования туркменской народности. Её основу составляли туркменские племена (салыры, языры, алили), издавна населявшие Северную Т., плато Устюрт и полуостров Мангышлак и смешавшиеся между собой. В новые этнические объединения включались разноплеменные переселенцы, которые затем постепенно ассимилировались. В условиях феодальной раздробленности туркмены четко отличались от соседей (узбеков, таджиков и др.) своим полукочевым хозяйством и особенностями облика, культуры и быта. После падения государства Хулагуидов (середина 14 в.) и ослабления Золотой Орды (60-е гг. 14 в.) на территории Т. возникло несколько полунезависимых феодальных владений, которые в 70—80-е гг. 14 в. были присоединены Тимуромк его государству. В 1391 против власти Тимура восстали туркмены Хорасана. Восстание было жестоко подавлено. При Тимуридах феодальная собственность на землю получила дальнейшее развитие в форме так называемого сюргала, являвшегося наследственным владением. Его держатель обладал судебно-административным иммунитетом, собирал в свою пользу налоги с населения. Процесс формирования туркменской народности в основном завершился в 15 в. В 16—17 вв. территория Т. находилась частично под властью Хивинского ханства и Бухарского ханстваи частично под властью Ирана.
В 16 в. сток Амударьи в Сарыкамышскую впадину постепенно прекратился. Это привело к гибели земледелия в Дарьялыке и Сарыкамыше. Население этих областей переселилось на юг, захватывая пригодные для хлебопашества районы Ахала, Атека, Мерва, Атрека и Гюргена (Горгана). Из-за продолжавшейся племенной раздробленности туркмены не смогли создать собственные государства. В 50-х гг. 16 в. население Юго-Западной Т. под руководством Аба-Сердара подняло восстание против Иранской администрации и с помощью хивинских войск трижды разгромило шахские войска. В 1-й половине 17 в. развернулась ожесточённая борьба между туркменскими и узбекскими феодалами в Хорезме. В 20-х гг. 17 в. туркменским феодалам удалось посадить на хорезмский престол своего ставленника Исфендияр-хана, но затем победу одержали узбекские феодалы, что заставило многие туркменские племена откочевать на юг.
С 16 в. начали развиваться русско-туркменские связи. Центрами русско-туркменской торговли были Астрахань и отдельные пункты на полуострове Мангышлак. В конце 17 — начале 18 вв. часть туркмен переселилась на территорию Российского государства и впоследствии была поселена на Северном Кавказе (ставропольские туркмены). С правления Петра I начался процесс стабильного развития политических, экономических и отчасти культурных взаимоотношений туркмен с Россией. Представитель прикаспийских туркмен купец Ходжанепес ездил в Петербург и просил Петра I принять туркмен в русское подданство. Российское государство придавало особое значение открытию кратчайших торговых путей через Среднюю Азию в страны Среднего Востока и Индию. Туркмены Мангышлака установили тесные торговые взаимоотношения с Россией, осуществлявшиеся через Астрахань и Оренбург. Россия оказала помощь туркменам, когда в 1740, разорённые нашествием иранских войск Надир-шаха, они обратились к ней с просьбой прислать им хлеб. Представители туркменских племён неоднократно ездили в Петербург, просили императриц Елизавету Петровну и Екатерину II принять их в подданство России, построить на туркменских берегах Каспийского моря торговые крепости-фактории, куда стали бы стекаться караваны из Ургенча, Бухары, Самарканда и Ташкента. К концу 18 в. торговля прикаспийских туркмен с Астраханью достигла такого уровня, что купцы стали заключать между собой долгосрочные контракты.
В начале 18 в. туркменские племена населяли почти всю территорию современной Т., Устюрта и Мангышлака. Наиболее крупными были текинцы (теке), иомуты, эрсари, гоклены, салыры, сарыки и чаудоры. В 18—19 вв. в Т. господствовал патриархально-феодальный строй, ещё использовался труд рабов. Основой хозяйственной жизни туркмен было натуральное хозяйство: земледелие и скотоводство, дополнявшиеся домашним ремеслом, охотой и рыболовством. Существовали мульковая (земли крупных феодалов; см. Мульк), санашиковая (общинные) и вакуфная (земли религиозных учреждений) формы собственности на землю и воду. Население облагалось множеством различных налогов. Сохранилась родоплеменная организация. Народ неоднократно восставал против господства иранских шахов и их наместников в Хорасане и Астрабаде, против хивинских и бухарских ханов. Объединившиеся туркменские племена разбили войска Хивы и Ирана (в 1855 под Серахсом и в Хиве, в 1858 под Кара-Кала, в 1861 под Мервом).
Туркменский народ на протяжении многих столетий создавал яркие самобытные памятники искусства и литературы (см. разделы Архитектура, изобразительное и декоративно-прикладное искусство, Литература).
Вхождение Т. в состав России. Социально-экономическое развитие Т. в 19 в. В конце 18 — начале 19 вв. почти все торговые пути, соединявшие Восточную Европу со Средней Азией, проходили через туркменские земли. Туркмены были заинтересованы в торговле с Россией и заботились о безопасности пролегавших через их земли караванных путей. Начало 19 в. ознаменовалось официальным вступлением в подданство России туркменских племён — абдалов, чаудоров, игдыров, бурунчуков и бузачи (9 мая 1802). Центр русско-туркменских взаимоотношений постепенно стал перемещаться с Мангышлака на Ю.-З. Т. В связи с первой русско-иранской войной в мае — сентябре 1805 велась дипломатическая переписка о возможности военного союза России с туркменскими племенами — иомутами, гокленами и текинцами в войне против Ирана. Туркмены сами изъявили готовность участвовать в войне и в 1812—13 в Северном Хорасане, затем в Астрабаде подняли восстание против иранского господства. В 20-х гг. 19 в. Россия стремилась укрепить политические и экономические связи с туркменами.
Интересы развивающегося русского капитализма требовали расширения рынков сбыта, захвата новых источников сырья. Возрастала потребность российской промышленности в хлопке. Русско-английское соперничество активизировало действия царизма в Средней Азии. В 1869 русские войска (командующий Н. Г. Столетов) высадились на восточном берегу Каспийского моря и основали г. Красноводск. Процесс присоединения Т. к России в 1869—85 не везде протекал мирно. Если Западная Т. вошла в состав России добровольно, то жители оазиса Ахал (Ахал-Теке) текинцы оказали упорное сопротивление войскам генерала М. Д. Скобелева, обороняя около 3 недель свою главную крепость Геок-Тепе, которая пала 12 января 1881 (см. Ахалтекинские экспедиции); 18 января 1881 царские войска заняли аул Асхабад (современный Ашхабад). К 1885 в состав России добровольно вошли Атрек, Теджен, Мерв и Пендинский оазис. В 1882 на территории Т. была образована Закаспийская область с центром в Асхабаде в составе Кавказского наместничества. В 1890— 1897 она находилась в непосредственном ведении Военного министерства, затем была включена в состав Туркестанского края. Было введено так называемое военно-народное управление — начальниками области и уездов назначались военные, аульными старшинами — представители местной знати. Вхождение Т. в состав России имело прогрессивное значение. Туркмены избавились от бесконечных междоусобных войн, от ограбления соседними феодальными государствами; была запрещена работорговля и пресечено аламанство (набеги с целью грабежа). Т. втягивался в экономическую систему российского капитализма. Закаспийская железная дорога, построенная в 1880—88, «... стала открывать для капитала Среднюю Азию...» (Ленин В. И., Полн. собр. соч., т. 5, с. 82). Но в то же время колониальная политика царизма вела к сохранению феодальных отношений и патриархально-родовых пережитков, трудящиеся края стали испытывать двойной гнёт феодалов-баев и русской колониальной администрации. Вместе с тем усилился процесс сближения русского и туркменского народов. Совместная борьба против царизма, крепнущие экономические, политические и культурные связи способствовали росту солидарности туркменского народа с русским и др. народами России.