Главное командование сухопутных войск направило 21 октября 1941 года Гейдриху следующее донесение: «Взрывчатка была доставлена из Берлина оберштурмфюрером СС Зоммером и передана преступникам. Ему было точно известно время и место намечавшихся акций. Действовал он по приказу начальника парижской службы безопасности оберштурмбанфюрера СС Кнохена»

Военные использовали этот просчет СД, и 22 октября верховный главнокомандующий вермахта генерал-фельдмаршал Кейтель потребовал отзыва Кнохена, Зоммера и Томаса. В качестве обоснования было сказано, что в результате замаскированных действий Кнохена командующий войсками во Франции попал в щекотливое положение, требуя наказания французов за террористические акты, подготовленные в действительности службою СД.

6 ноября Гейдрих продиктовал свой ответ в очень осторожных выражениях: «Из-за специфики проводимых мероприятий начальник моей службы в Париже не стал докладывать о них командующему войсками во Франции, поскольку, как это показывает практика предыдущего сотрудничества, тот не понял бы необходимости проведения подобных мероприятий в отношении мировоззренческого противника».

Военные продолжали настаивать на своих требованиях, и Гейдрих был вынужден уступить. Томаса и Зоммера отозвали. Сфера деятельности оставшегося Кнохена была ограничена в еще большей степени. Время от времени связь его с Берлином нарушалась, а проведение самостоятельных расследований запрещалось. Он проявлял вынужденную бездеятельность. Поэтому шеф гестапо Мюллер заявил даже, что у Кнохена стала проявляться слишком прозападная ориентация. Только в мае 1942 года Гейдриху удалось настоять на назначении во Францию представителя полиции безопасности и СС высокого ранга, который освободил Кнохена и его людей от жесткого контроля вермахта. Им был Карл Альбрехт Оберг, бывший сослуживец генерала Карла Генриха Штюльпнагеля, кузена Отто фон Штюльпнагеля, командующего войсками во Франции, с которым он старался поддерживать хорошие отношения.

Руководство СС держало себя тактично по отношению к военным еще и потому, что вермахт продолжал оккупировать все новые страны. После балканского похода в Греции и Югославии была установлена военная власть, не допускавшая в эти страны СС, к ее большому неудовольствию. Правда, Гиммлеру удалось протащить в административные структуры некоторых стран Западной и Юго-Восточной Европы своих представителей в качестве советников, но толку от них было мало. Особенно недоволен Гиммлер был советником в штабе командующего войсками в Бельгии и Северной Франции, бригадефюрером СС Эггертом Реедером.

Реедер, представитель старых прусских бюрократических традиций, не склонный к компромиссам, придерживался оккупационной политики, проводимой главою военных властей фон Фалькенхаузеном и вызывавшей неудовольствие на Принц-Альбрехтштрассе. Группенфюрер СС Готтлоб Бергер, начальник одного из главных управлений СС, подручный Гиммлера, заявлял даже, что Реедер "проводит политику, угодную не рейху, а бельгийцам.

Реедер пропускал мимо ушей увещевания Гиммлера, прислушиваясь к мнению оберкригсфервальтунгсрата Франца Тедика, антинацистски настроенного правого католика, посещавшего в военной форме богослужения в церкви. В который уже раз рейхсфюрер СС потребовал от Реедера: «Вы пообещали группенфюреру СС Бергеру освободить от занимаемой должности до 31.12. 1942 года референта Тедика, не вызывающего у нас доверия и плохого советника в политических вопросах в оккупированной Бельгии. Но обещания своего не выполнили».

Реедер на это не обратил внимания.

В не меньшей степени разочаровал Гиммлера и бригадефюрер СС Вернер Бест, начальник административного отдела в штабе оккупационного правления во Франции. После прибытия туда Оберга военные решили обезопасить свои тылы от представителей СС и сократили численность оккупационных структур. Министериальрат Бест мог рассчитывать только на должность референта, но он от нее отказался.

Подобный трюк проделали военные и с группенфюрером СС Харальдом Турнером в Сербии. Его сотрудник, штурмбанфюрер СС Георг Кизель, доложил 31 марта 1942 года в Берлин: «Нет никакого сомнения в том, что вермахт попытается всеми средствами выжить группенфюрера СС Турнера из органов оккупационного правления, считая его присутствие слишком для себя опасным».

От своего шпика Кизель узнал, что командование вооруженных сил Юго-Востока намерено, как и в Париже, сократить численность управленческого аппарата, и выдворить Турнера из Сербии. Поводом послужило направление в Сербию представителя полиции безопасности и СС высокого ранга.

Военное командование решило поиграть на нервах Турнера, выселив его из служебной квартиры и запретив подписывать любую документацию, а тем более ее отправку, так как командующий «обнаружил в одном из его донесений непозволительную критику в адрес своего управления». А начальник штаба командования, полковник Герман Фёрч, сообщил Турнеру: «Полагаю, что дальнейшее развитие событий, да и воя обстановка в Сербии не будут в ближайшее время представлять интерес для человека с вашим опытом и способностями».

Турнер забил тревогу, и Гиммлеру удалось добиться отмены запланированной в Сербии реорганизации оккупационных структур. Однако военные получили неожиданную поддержку со стороны вновь прибывшего в Сербию группенфюрера СС Августа Майзнера, у которого сразу же не сложились отношения со своим коллегой из СС по вопросам контроля за сербской полицией, управления имуществом расстрелянных евреев и приоритетов в борьбе с партизанами. Майзнер неоднократно обращался к командованию вермахта призвать к порядку «их» начальника административного отдела.

Август Майзнер относился к числу тех фюреров СС, выходцев из армии и полиции, которые испытывали ностальгию по войсковому товариществу и военной форме, полагая в душе, что вермахт должен быть единственным носителем оружия в стране. Бывший адъютант Гитлера, генерал-лейтенант Энгель, рассказывал, что даже такой высокопоставленный чин в иерархии СС, как обергруппенфюрер СС Карл Вольф, «испытывал, будучи бывшим гвардейским офицером, тяготение к вермахту».

Подобным же образом обстояло дело с бывшим саперным обер-лейтенантом Артуром Нёбе, который, будучи командиром оперативного отряда Б группы армий «Центр», прислушивался к советам офицеров штаба группы больше, чем к приказам главного управления имперской безопасности.

Даже группенфюрер СС Оберг, о котором мы упоминали выше, никогда не скрывал того уважения и даже обожания, которые он испытывал к бывшим товарищам по оружию и, в частности, к генералу Карлу Генриху фон Штюльпнагелю. После покушения на Гитлера он спас нескольких заговорщиков, а командующий немецкими войсками во Франции генерал Штюльпнагель как-то заявил: «Если бы Оберг мог поступить, как ему хотелось, думаю, что он был бы на нашей стороне».

Для ряда эсэсовских фюреров военная компетентность вермахта была настолько очевидна, что они в случае необходимости обращались за консультацией и советом к генералам. Начальник служб СС и полиции безопасности в Центральной России, группенфюрер СС Геррет Корземан, подтвердил это столь наглядно, что привел в ярость Гиммлера, снявшего его с должности и направившего в порядке наказания в войска СС.

Когда летом 1943 года Корземана стали упрекать, что он слишком поторопился оставить Кавказ при отступлении оттуда войск, Корземан обратился с письмом к генерал-фельдмаршалу Эвальду фон Клейсту с просьбой подтвердить его нахождение на своем посту до тех пор, пока в этом была необходимость.

«Письмо это глупое и представляет собой попытку втереться в доверие, что бросает тень на СС и в особенности на рейхсфюрера СС», — прокомментировал тогда начальник административного управления Бергер.

Гиммлер жестоко пресекал любые попытки заигрывания с вермахтом, считая, что генералы стремятся расширить сферу своего влияния, используя старые связи, чтобы положить конец экспансии СС. Вместе с тем в качестве другого противника СС он усматривал СА.