Общая глубина операции должна была составить 100–110 км, темп продвижения — 10–15 км в сутки, длительность операции — 10–15 дней. От флота требовалось выделить плавучие средства для переправы войск через Керченский пролив, самостоятельно высадить из портов Новороссийск, Анапа, Темрюк десант на побережье Керченского полуострова, а также содействовать артиллерийским огнем флангам сухопутных войск на полуострове. Наряд сил на операцию увеличился — в ней должны были принять участие уже 9 стрелковых дивизий и 3 стрелковые бригады.

Непосредственно для высадки с моря выделялись 251-й горнострелковый полк 9-й горнострелковой дивизии и 105-й горнострелковый полк 77-й горнострелковой дивизии, как имеющие опыт и практику в десантных операциях. Командующий Закавказским фронтом считал необходимым на время операции подчинить ему Черноморский флот и Азовскую флотилию, а для усиления обороны Севастополя немедленно направить туда одну стрелковую дивизию. Эта просьба была исполнена — уже 3 декабря Ставка распорядилась об отправке в Севастополь только что сформированной полнокровной 388-й стрелковой дивизии (12 тысяч человек и 30 орудий).[53]

Как мы видим, командование Закавказского фронта видело операцию как простую переправу через пролив с последующим выталкиванием противника с Керченского полуострова при достаточно низком темпе продвижения — 10–15 километров в сутки. Никаких мероприятий по окружению керченской группировки немцев путем высадки десантов у основания Керченского полуострова не планировалось, а занятие Феодосии намечалось лишь на завершающем этапе операции. Отчасти это было вызвано тем, что командование флота не дало фронту точных сведений о своих возможностях по перевозке и боевому обеспечению десанта.[54]

Однако уже в этом варианте предусматривалась (при благоприятной обстановке на Азовском море) высадка одного горно-стрелкового полка в районе мыса Зюк для последующего наступления на Керчь с севера — с целью не допустить подхода резервов противника с запада, а также для облегчения высадки основных сил на восточном берегу полуострова. Дополнительный удар наносился путем морского десанта в районе горы Опук в юго-восточной части полуострова. То есть в варианте от 30 ноября прослеживается стремление несколько расширить операцию и создать угрозу тылу и коммуникациям противника действиями тактических подразделений (горнострелковый полк, воздушный десант, пусть и в непосредственной близости от Керчи). Однако вопрос об окружении противника на полуострове еще не ставился.

Судя по всему, руководство Черноморского флота поначалу не проявило особого интереса к предложенной операции[55], что вынудило Генеральный штаб выступить в роли посредника. 5 декабря 1941 года А. М. Василевский от имени Ставки предложил командующему Черноморским флотом вице-адмиралу Ф. С. Октябрьскому сообщить для доклада Ставке свои соображения о возможности проведения в середине декабря десантной операции по овладению Керченским полуостровом. Масштаб операции был определен так: «одновременная выброска двух групп по полку с анапского и темрюкского направлений».[56]

Вечером следующего дня телеграммой за № 20827 Октябрьский доложил Василевскому свои соображения. По его мнению, центр операции следовало перенести на юг — исходя из более удобных условий погрузки в Новороссийске, а также более благоприятной ледовой обстановки на Черном море. В качестве главных пунктов высадки указывались Феодосия и Керчь, в последней предполагалось производить высадку на причалы прямо с боевых кораблей флота. Кроме того, предполагалось высадить вспомогательный десант в Судаке. Одновременно с высадкой предполагалось начать наступление из Севастополя силами вновь прибывающей туда свежей 388-й стрелковой дивизии.

Для большей гибкости операции, а также легкости и быстроты переброски адмирал Октябрьский предлагал в первом броске высаживать не штатные части, а специально сформированные десантные полки без тылов и полевых орудий, компенсируя отсутствие артиллерии огневой поддержкой с моря. На подготовку операции командующий флотом просил у Ставки 15 дней, то есть начать ее предполагалось 21–22 декабря.[57]

7 декабря в директиве командующему войсками Закавказского фронта № 005471 за подписью Сталина и Шапошникова Ставка утвердила представленный Козловым план операции, внеся в него несколько существенных добавлений[58]. Кроме запланированных фронтом высадок в Керченском проливе и у горы Опук Ставка утверждала предложенную флотом высадку в Феодосии «с целью захвата Ак-Монайского перешейка». С этой же целью предлагалось предусмотреть «одновременную выброску и посадку воздушного десанта» уже не в восточной части полуострова, а рядом с Феодосией.

Таким образом, в директиве Ставки выталкивание противника сменилось операцией на окружение. При этом высадка в Феодосии планировалась «с развитием наступления высадившихся войск по Керченскому полуострову». То есть она должна была состояться некоторое время спустя после десанта около Керчи, когда войска противника уже будут связаны боем. Между тем часто встречаются утверждения, что высадка в Феодосии состоялась позже керченской из-за того, что флот запоздал с ее подготовкой — то есть удачное разнесение десантов по времени оказалось случайным.

На время операции Черноморский флот и Азовская военная флотилия переходили в подчинение командующего Закавказским фронтом. Кроме того, для обеспечения операции в составе Закавказского фронта оставлялись подлежащие передаче в 56-ю армию 132-я авиадивизия дальнего действия, 27-я истребительная авиадивизия и 25-й корпусной артиллерийский полк.

9 декабря командующий Черноморским флотом адмирал Октябрьский на крейсере «Красный Кавказ» отбыл из Севастополя в Новороссийск. Здесь на встрече с генералом Козловым и был выработан окончательный план операции, доложенный в Ставку в ночь с 13 на 14 декабря 1941 года.