Вооружение самолета состояло из двух пулеметов Mauser MG 151 калибра 15 мм, установленных над передним двигателем, и одной пушки Rheinmetall-Borsig MK 108 калибра 30 мм, установленной в развале блока цилиндров и стреляющую через вал винта. Пулеметы MG 151 весили по 42 кг. Скорострельность пулемета 700 выстрелов в минуту, начальная скорость пули 954 м/с. Модификация пулемета калибра 20 мм (MG 151/20) отличалась скорострельностью 630 выстрелов в минуту при начальной скорости снаряда 585 м/с. Масса пушки МК 103 составляла 145 кг, скорострельность 420 выстрелов в минуту, начальная скорость снаряда 860 м/с. Боекомплект к пушке МК 108 составлял 70 выстрелов, к пулеметам MG 151 — 200 выстрелов на ствол. Прицел Revi 12D оснащен так называемой Schwenkplatte, что позволяло использовать его не только для наведения пушек и пулеметов, но и для бомбометания. На Do 335A-1 стоял прицел Revi 16D.

В бомбоотсеке на бомбодержателе Schloss 501A-1 можно было подвесить бомбы общей массой до 500 кг. Это могли быть бомбы SC 500, SD 500 или две SC 250. Под крыльями у Do 335А-1 можно было подвесить еще две SC 250 или несколько меньших по массе на пилонах ETC 501 А-1.

Всего до конца войны успели выпустить 61 самолет Do 335, считая все прототипы. Некоторые машины остались недоукомплектованными.