Праздник прошел уже после вступления немецких войск в Судеты. Западные державы пошли на позорный Мюнхенский сговор, пытаясь сохранить мир для себя за счет скармливания Гитлеру других народов. Операция по вводу немецких войск началась 1 октября 1938 года в 14:00. Люфтваффе в ходе операции совершал разведывательные полеты, а затем приступил к транспортировке войск. На протяжении всей операции немецкие самолеты не встречали сопротивления. «Шторьхи» активно использовались в качестве курьерских самолетов. Fi-156 оказался первым немецким самолетом, приземлившимся на аэродроме в Карлсбаде, то есть в Карловых Варах.

Ппозади «Шторьха» заправляются и пополняют боекомплект перед очередным вылетом истребители Bf 109. Теоретически, каждой группе (Gruppe) Люфтваффе полагался по штату один «Шторьх». Но, после начала войны, из-за чрезмерных запросов Вермахта, это положение, как правило, не соблюдалось.

После боев на Восточном фронте уцелело немного зданий, таких как эти ангары, которыми воспользовалось это разведывательное подразделение. Из ворот одной из этих построек выглядывает носовая часть «Шторьха». Наличие крыши над головой при техническом обслуживании было тогда редким явлением, так как «Шторьхи» действовали очень близко к линии фронта.

8 июля 1939 года на острове Фёр у западного побережья Шлезвиг-Голштейна провели седьмой Традиционный авиадень – одну из последних довоенных публичных демонстраций немецких военных самолетов. Подобного рода праздники служили поводом для встречи элиты люфтваффе. Среди ста тридцати трех самолетов на праздник прибыли два «Шторьха»: уже упоминавшийся D-IFMR и С-1 D-IUGR. Один из «Шторьхов» пилотировал сам Герхард Физелер, надевший по случаю униформу штандартенфюрера НСФК (National- sozialistisches Fliegerkorps – Национал-социалистический авиакорпус), организации, пропагандирующей авиацию среди молодежи. За штурвалом другого Fi-156 сидел старший авиаинженер Лухт, который пятью днями раньше выдвигался на должность главного инженера RLM.

9 августа 1939 года OKL (Oberkommando der Luftwaffe – Главное командование люфтваффе) выдало указание для Generalluftzeugmeister (Управление по вопросам снабжения люфтваффе), определяющее приоритеты выпуска самолетов определенных типов. В разделе, касающемся самолетов связи, упоминались машины трех типов: Focke-Wulf Fw-189 (в тот момент еще не существовало боевой модификации этого самолета), Messerschmitt Bf-108 «Taifun» и Fieseler Fi-156 «Storch». Последний самолет в документе определялся как «курьерский, связной и транспортный».

Последняя демонстрация «Шторьха» перед войной прошла в литовском Ковно. Германия представила здесь в основном планеры и аэростаты, и только четыре самолета, в том числе два «Шторьха», предоставленные Aero Club von Deutschland. Из Восточной Пруссии машины перегнали гражданские пилоты Фидлер и Крогмапн, причем второй был председателем Германского авиаклуба.

Fi 156С-2 практически не отличался от Fi 156C-1, за исключением 7,9-мм пулемета MG 15 в «линзовой» стрелковой установке для защиты задней полусферы, которая была скорее психологическим, нежели реальным фактором – по настоящему от атак с воздуха «Шторьх» защищала его невысокая скорость. В хвостовой части кабины вместо съёмного места для третьего члена экипажа могла устанавливаться фотокамера. Позднее предусмотрели возможность установки носилок для раненых.

На капоте этого «Шторьха» 2E+RA видна эмблема пехотной части. Бортовой помер черного цвета с белой окантовкой, полоса на фюзеляже желтая. Машину готовят для утреннего вылета на разведку позиций советских войск.

Подвижная стрелковая установки с 7,9-мм пулеметом Рейнметалл-Борзинг MG 15 располагалась в задней части кабины «Шторьха». Четыре магазина (два по 50 патронов) крепились к задней стенке кабины. Кожаный мешок яйцеобразной формы служил для сбора звеньев патронной ленты.

Спустя всего одиннадцать дней после показа в Ковно началась война. В сентябре 1939 года «Шторьхи» активно использовались в ходе боевых действий в Польше. Численность самолетов этого типа в тот период с трудом поддается оценке. Кроме немногочисленных экземпляров серии А армия располагала 270 самолетами серии С-1. Универсальность «Шторьха» привела к тому, что самолету пришлось решать самый широкий круг задач. Самолеты данного типа находились в составе различных частей и соединений. Их применяли для перевозки курьеров и связных, а также для разведки. «Шторьх» был самолетом многоцелевым.

Утром 1 сентября 1939 года в предместьях Велюни пулей пробило топливный бак у «Шторьха», на котором летел командующий VIII авиационного корпуса генерал- лейтенант Фольфрам фон Рихтгофен. Несмотря на то, что бензин лился из бака, самолет дотянул до линии фронта. Спустя два дня жертвой польских зенитчиков пал другой «Шторьх» из штаба 3-й Армии (Armeeoberkommando 3). В тот же день немецкими войсками по ошибке был сбит еще один «Шторьх» из 1 ./Aufklaerungsgruppe (Н) 14.

Утром 9 сентября 1939 года с полевого аэродрома в Волбоже под Томашувом-Мазовецким вылетел Fi-156С из II./LG 2, пилотированный унтер-офицером Шигоррой. Пассажирское кресло занимал майор Вернер Шпильфогель, в задачу которою входило обнаружить в предместьях Варшавы подходящие цели для своего дивизиона «Хеншелей» Hs-123. Самолет шел со стороны Служевца через Мокотув и Охоту, где попал под прицельный огонь польской зенитной артиллерии и совершил вынужденную посадку на одной из варшавских улиц. Шпильфогель пытался вытащить из горящего самолета тяжело раненного Шигорру, но поляки открыли по самолету ураганный огонь, и оба немецких летчика погибли на месте.

На следующее утро еще один «Шторьх» из 4./Aufldaerungsgruppe (Н) 23, приданной группе армий «Юг» разбился на полевом аэродроме в районе Люблинца. 12 сентября еще одна машина из состава 4-го воздушного флота получила серьезные повреждения при посадке. Осмотр показал, что самолет не подлежит ремонту. 27 сентября 1939 года, совершая вынужденную посадку в районе деревни Паёлевы, разбился «Шторьх» из 4./ Aufklaerungsgruppe (Н) 21. В ходе сражения над Бзурой авиационную разведку в числе других частей вела 5./ Aufklaerungsgruppe (Н) 13, оснащенная «Хейнкелями» Не-46С/Не-45. Группа действовала в зоне ответственности XIII армейского корпуса Лодзь-Скерневице-Кутно. В составе группы имелось по меньшей мере три Fi-156, которые использовались в качестве курьерских самолетов, поэтому не подвергались серьезной опасности. Тем не менее, группа потеряла «Шторьх» 4E+NN, который разбился при посадке на аэродроме Сарнув. Два других «Шторьха» группы носили номера 4E+LP и 4E+UL.

Опыт польской кампании показал уязвимость «Шторьха», хрупкая конструкция которого оказалась уязвима не только для огня зенитной артиллерии, но и для огня ручного оружия. Поэтому было решено в дальнейшем Fi-156 для разведки поля боя не использовать. Кроме того, опыт боев показал, что «Шторьх» нуждается в вооружении. В результате появилась модель С-3, оснащенная двигателем Argus As 10Р- 1 и пулеметом MG 15. Радиооборудование с самолета сняли, при этом несколько изменили конструкцию каркаса фюзеляжа. Возможность перевозки третьего человека на откидном сиденье сохранилась. Тем временем блицкриг на востоке закончился и начался зицкриг на западе.