В XIII в. философия начала новый период в своем развитии. Изменения произошли в связи с двумя обстоятельствами, которые проявились в конце предыдущего периода: они были связаны с организацией научных исследований, а также с находками в античной философии.

1. Становление университетов. Изменения в организации научных исследований основывались, во-первых, на появлении университетов. Образцом для подражания служил Парижский университет, который был основан приблизительно в 1200 г. как объединение преподавателей и учеников парижских школ и постепенно развивался и формировался как учебное заведение в течение всего XIII в. Он стал не только моделью для всех других университетов, но и до конца средних веков был ведущим центром образования в латинском мире. Этому способствовало то обстоятельство, что политика пап в области образования была направлена на превращение Парижа в главный центр теологического образования.

Вскоре после Парижского университета, тоже в XIII в., появился крупный университет в Оксфорде. Если Париж придерживался теологии и теологической философии, то Оксфорд имел преимущества в гуманитарном, естественнонаучном и математическом образовании. Эти два университета представляли собой главные центры образования в XIII в. Итальянские университеты в развитии философии XIII в. большой роли не сыграли. Исключение представлял собой лишь университет в Неаполе. Он был основан Фридрихом II как светское учебное заведение, подвластное королю, а не церковным властям. В университете беспрепятственно изучали Аристотеля и были сделаны первые переводы его произведений. Там работал такой самостоятельный мыслитель, как Давид из Динана.

Университеты объединяли четыре группы ученых или факультетов: «художников», или философов, теологов, «декреталистов», или правоведов, и медиков. Отделение философов было самым низким в иерархии, но самым многочисленным, и представляло, фактически, весь университет. С самого начала своего возникновения университеты стали основным и даже специальным местом для научной работы и научных дискуссий. Не было ни одного известного философа в XIII в., который не принимал бы участия в жизни университета.

Для университетов была характерна: а) свобода обучения, ибо оно проходило без зачисления в высшее учебное заведение, студенты обязаны были только сотрудничать с одним из магистров; б) интернациональность, поскольку представители разных народов Европы работали совместно. Страны обменивались учеными, так как церковные власти переводили ученых преподавателей из страны в страну. В Париже наиболее прославленными преподавателями в XIII в. были англичане и итальянцы. Наука зрелого средневековья не давала оснований для выделения в ней национальных групп; в) иерархичность и продолжительность образования, поскольку факультеты составляли определенную иерархию: «художественный» факультет был подготовительным к изучению права, медицины и теологии (отсюда философская подготовка теологов). Переход от ученичества к преподаванию был достаточно длительным: студент учился до тех пор, пока сам не начинал учить (как правило, в том же университете), и прерывал свое преподавание философии, главным образом, для того, чтобы вновь стать учеником и изучать теологию.

2. Сосредоточение науки в орденах. Вторым организационным явлением, которое имело большое значение, было участие в научной и университетской деятельности (с последующим подчинением ее своему влиянию) сильных монашеских орденов, особенно доминиканского и францисканского. Орден доминиканцев (орден проповедников) был организован в 1216 г., в Париже обосновался в 1217 г. Орден францисканцев (братство св. Франциска) был создан в 1209 г., появился в Париже в 1219 г. В 1229 г. (благодаря всеобщей забастовке преподавателей) доминиканцы получили первую кафедру теологии, а вскоре и вторая кафедра была предоставлена францисканцам руководством Парижского университета.

Первым профессором-доминиканцем был Роланд из Кремоны, а профессором-францисканцем — Александр из Гэлъса. Пример великих ученых, которые вышли из монашеских орденов (особенно Альберта Великого и Фомы Аквинского, в одном случае, и Александра и Бонавентуры — в другом), привлек все монашество к научной работе. Вскоре вся наука оказалась в руках монашеских орденов. Роджер Бэкон мог написать в 1271 г. лишь с небольшим преувеличением, что все, достигнутое в теологии и философии за последние сорок лет, было результатом деятельности монашеских орденов.

Вначале между крупными орденами не было больших различий в философских доктринах, но приблизительно к середине века они явно проявились: доминиканцы придерживались, главным образом, новой философской доктрины, а францисканцы — консервативной. В XIII в. между орденами. произошел крупный философский спор. Среди представителей орденов нашлись сторонники идеи развития, и они совершили крупный научный подвиг в этом столетии, который состоял в том, что они восприняли учение Аристотеля и создали аристотелевско-христианскую философию. Оппозиция того духовенства, которое не входило в эти монашеские ордена, против их засилия привела в Парижском университете к затяжной борьбе под водительством Гийома де Сент Мора, которая длилась с 1252 до 1259 г. Борьба завершилась после вмешательства папы Александра IV, который разрешил спор в пользу монашеских орденов.

Многими своими особенностями философия зрелого средневековья обязана тому обстоятельству, что она развивалась в монашеских орденах: прежде всего, преобладанием коллективного мышления над индивидуальным, в силу чего произошла концентрация усилий вокруг решения определенных, полученных по традиции проблем и теорий.

3. Создание систем обучения и научной деятельности. Способы обучения, преподавания и изложения научного материала, в целом достаточно эффективные и индивидуализированные в начале средневековья, приобрели теперь устойчивые формы. «Школяр» должен был пройти строго определенный курс обучения. Со временем он становился поочередно бакалавром, лиценциатом и с этого момента имел право преподавать, однако одновременно он продолжал обучение, пока не становился магистром. Магистр должен был в своих лекциях читать и комментировать строго определенные тексты. На философском факультете эти тексты брались исключительно из Аристотеля, они могли быть Дополнены только некоторыми другими авторами (например, его логика дополнялась трактатами Порфирия, Боэция и Петра Испанца). На отделении теологии читались и комментировались «Сентенции» Петра Ломбардского. Преподавательская работа носила комментаторский характер, такой же характер носила и писательская работа, которая была тесно связана с преподаванием. Научные работы этого периода имели устойчивый вид комментариев к одним и тем же текстам. Это были комментарии к Аристотелю или к «Сентенциям» Петра Ломбардского. Реже они представляли собой обработку и изложение университетских дискуссий, так называемых дискуссионных вопросов, или торжественных дебатов на так называемую свободную тему. Кроме того, в XIII в. смогли дополнительно систематически и полно сопоставить решения философских и теологических проблем в работах, которые были известны под названием сумм; классические схоластические суммы берут свое начало именно с XIII в. Все эти устойчивые формы обучения и изложения учебного материала были достаточно монотонны, но позволяли строже описать и выразить рассматриваемые идеи. В то время, когда они появились, суммы были более целостными и живыми, однако по прошествии многих веков применения они превратились в мертвые педагогические и литературные схемы.

4. Находки в античной философии. Работа по поиску, переводу и усвоению античной философии была проведена в таком большом объеме в XII и в начале XIII в., как никогда ни до, ни после этого периода. В процессе усвоения античной культуры это был средний этап: он пришел позже, чем освоение социально-государственной культуры, но раньше, чем обновление философской литературы, которое наступило лишь в период Возрождения. XIII в. для науки был настоящим «ренессансом», явлением, которое было аналогично Ренессансу XV в., но результат в XIII в. был иным. Он не был вытеснением схоластики античной наукой, а был их взаимным приспособлением.