Основной труд Бэкона в области философии и научной методологии — это «Великое восстановление наук», которое включало в себя по плану шесть частей, однако этот обширный план Бэкону не удалось полностью воплотить в жизнь. Он написал несколько работ, представляющих части данного сочинения. Не все из них ему удалось довести до конца, но тем не менее он опубликовал первую часть — «О достоинстве и приумножении наук» (1623), посвященную в основном классификации наук, и вторую часть — «Новый органон, или истинные указания для истолкования природы» (1620). Незаконченная часть под названием «Естественная история» была издана уже посмертно в 1627 г.

Эмпирическая методология.Свою задачу на поприще науки Бэкон видел в том, чтобы превратить процесс научного познания в практическое занятие, совершающееся при опоре на человеческие способности: разум, воображение и чувства. Для этого, с его точки зрения, необходимо в первую очередь установить правильное соотношение и связь между человеческими способностями и предоставить каждой из них соответствующие приемы и способы действий. Только сам человек может и должен превратить свой разум и своипознавательные способности в действенное орудие, направить их к высокой цели познания природы.

Однако прежде чем двигаться вперед в деле науки, нужно поработать над самим инструментарием познания. Ход человеческого познания следует изменить и усовершенствовать, а для этого предстоит научиться по-новому управлять разумом. Идея Бэкона заключается в том, чтобы «вся работа разума была начата сызнова и чтобы ум уже с самого начала никоим образом не был предоставлен самому себе, но чтобы он был постоянно управляем и дело совершалось как бы механически» (1: 2, 8). Успех в деле познания заключается не в природном таланте или собственном уме ученого, как подчеркивает Бэкон, действие с помощью инструмента больше зависит от самого инструмента, чем от умелости руки; «ни голая рука, ни предоставленный самому себе разум не имеют большой силы»(1: 2, 12). В этом должно состоять преимущество новой философии перед древними, которые только пользовались силой разума и применяли ее в естественном виде, не подвергая ни усовершенствованиям, ни критике. В деле науки важно не то, когда и кем открыта та или иная истина, авторитет древности не должен стеснять прогрессивное развитие науки, которое движется вперед, соответственно, со временем все глубже и глубже проникая в тайны природы. «Истину надо искать не в удачливости какого-либо времени, которая непостоянна, а в свете опыта природы, который вечен» (1: 2, 25).

Методология Бэкона предполагает критическую часть, посвященную очищению или освобождению человеческого познания от всего того, что совершается стихийно, что уводит разум с истинного пути, искажает работу человеческих чувств. С положительной стороны суть бэконовского эмпиризма в том, что работа разума должна опираться на чувственный материал, разум должен следовать природе самих вещей и не пытаться действовать самостоятельно, в отрыве от них. Для правильной работы разума необходима новая логика, логика, которая была бы сосредоточена на применении разума к творениям природы. В отличие от формальной логики, которая имеет дело с абстракциями и пытается таким образом проникнуть в суть вещей, «эта наука исходит не только из природы ума, но и из природы вещей» и как следствие она по необходимости «везде будет сопровождаться и освещаться наблюдениями природы и опытами» (1:2, 220). Такова главная цель бэконовского «нового органона» — науки, прокладывающей разуму путь в глубины природы, позволяющей разуму действовать таким образом, чтобы он «действительно рассекал бы природу и открывал бы свойства и действия тел и их определенные в материи законы» (1:2, 220).

Учение об идолах.Наряду с естественными орудиями познания — разумом и чувствами, существуют также естественные трудности, мешающие человеку встать на путь строгого научного познания. Эти враждебные науке силы, или идолы, как их называет Бэкон, по большей части являются врожденными особенностями человеческой природы, и избавиться полностью от них невозможно, однако бороться с ними каждому ученому необходимо. Всего Бэкон выделяет четыре вида идолов: идолы рода, идолы пещеры, идолы рынка и идолы театра. Особо опасен «идол рода», подталкивающий человека к тому, чтобы собственную природу отождествлять с природой вещей, в современной науке это называется антропоморфизмом. Каждый человек склонен в первую очередь доверять своим собственным чувствам и считать: «Это истинно, поскольку так говорят мои глаза». С позиции ученого за этим предубеждением скрывается естественная ограниченность наших чувств: «Ошибочно утверждают, что человеческое чувство есть мера вещей; наоборот, все представления, как чувства, так и разума, являются аналогиями человека, а не Вселенной. Человеческий разум (как неровное зеркало) примешивает к природе вещей свою собственную природу, таким образом искажая и уродуя ее» (1: 2, 53). Тем не менее наши чувства, хотя и достаточно часто ошибаются, могут, как уверен Бэкон, помогая друг другу и используя приборы, инструменты, давать достоверные знания. Подчеркивая необходимость активности со стороны ученого, Бэкон одновременно выявляет и подвергает критике самые различные проявления антропоморфизма, которые наука должна искоренять. Человеку свойственно в большей мере учитывать подтверждения своей точки зрения, нежели доводы противоположные; человек зачастую следует на поводу у своего воображения; недостаточность данных чувств склоняет его к тому, чтобы отдавать предпочтение видимому перед невидимым, которое остается вне исследования. Другое проявление идола рода — склонность к телеологическим, целесообразным объяснениям в природе: «Человеческий разум в силу своей склонности легко предполагает в вещах больше порядка и единообразия, чем их находит. И в то время как многое в природе единично и совершенно не имеет себе подобия, он придумывает параллели, соответствия и отношения, которых нет» (1:2, 20).

Заимствуя образ у Платона, Бэкон разоблачает опасность для науки также идола пещеры, за которым стоят индивидуальные склонности и предпочтения человека, отражающие его уникальный жизненный опыт: очень часто человек склонен думать так или иначе в силу личных обстоятельств жизни, особенностей воспитания, сложившихся привычек, каких-то случайных личных привязанностей, не имеющих отношения к науке, или под влиянием вообще подвижности и переменчивости личного характера. «Человеческий разум не сухой свет, его окропляют воля и страсти, а это порождает в науке желательное каждому» (1: 2, 22). В отличие от идола рода идол пещеры проявляется в каждом человеке индивидуальным образом, и в этом состоит трудность борьбы с ним.

Принцип номинализма всегда настраивал сторонников эмпирической методологии на крайне критическое отношение к словам, поскольку в науке очень часто слова подменяют собой суть дела. В этой области главным противником является идол рынка или площади, утверждающий: «Это истинно, потому что так все говорят», — такая установка ведет к некритическому использованию обыденных представлений, включению в науку обыденного словоупотребления. Идолы рынка пользуются словами двух родов: во-первых, это имена несуществующих вещей, и с ними бороться достаточно легко (таковыми Бэкон считает слова: «судьба», «перводвигатель», «круги планет», «элемент огня»), а второй род — имена существующих вещей, но неясные, плохо определенные и необдуманно и необъективно отвлеченные от вещей. У таких слов различная степень пригодности для научного употребления: так, по Бэкону, понятия «мел» и «глина» хороши, а «земля» — нет из-за своей неопределенности. Сюда же относится критика Бэконом формальной логики и в первую очередь теории силлогизма, работающей со словами: при очевидной достоверности подобного доказательства здесь есть «та возможность ошибки, что силлогизм состоит из предложений, предложения из слов, а слова — это символы и знаки понятий. Поэтому, если понятия разума ... дурно и опрометчиво отвлечены от вещей, смутны и недостаточно определеныи очерчены... то все рушится» (1: 2, 71). Слова в любом случае есть не более чем «образы вещей» (1: 1, 105), и возникают они вследствие молчаливого договора между людьми, поэтому здесь велика возможность ошибки.