13 апреля 1204 года столицу Византии Константинополь штурмом захватили и разграбили крестоносцы. Из имперских обломков были созданы Никейская империя на западе Малой Азии и Трапезундская империя в северной части Малой Азии, у Черного моря. Византия больше не контролировала южный и юго-западный Крым, что изменило политическую обстановку на Крымском полуострове.

Херсонес начал платить дань Трапезундской империи, однако ее власть на Крымском полуострове не шла ни в какое сравнение с властью Византии и фактически была чисто номинальной. Крым снова заселяется. На полуострове обнаружены многочисленные остатки поселений XI века с системой водоснабжения и множество одичалых культурных растений. Развиваются многие основные ремесла. Херсонес становится самым большим городом Крыма с населением в пять тысяч жителей. После воссоздания в 1261 году Византии Херсонес вновь подчиняется империи,

В середине XII века на юго-западе Крымского полуострова византийским эммигрантом из богатого и аристократического армянского рода Гаврасов Константином, высланным в 1140 году из Трапезунта в Херсонес, было создано Мангупское княжество Феодоро. Феодоро населяли аланы, греки, готы и караимы-потомки киммерийцев и тавров. Границы княжества проходили по черноморскому побережью от Балаклавы до Алушты, а на севере — до реки Качи. Столицей Феодоро был город Мангуп, бывшая готская крепость, расположенная в семнадцати километрах от современного Бахчисарая. Мангуп был построен на обжитом месте у мыса Тешкли-Бурун: еще в III— IV веках там существовало поселение, а в V веке — феодальный замок. Мангуп быстро превратился в политический и экономический центр юго-западного Крыма. Вторым крупным городом княжества стала крепость Фуна, родовое гнездо Гаврасов, построенная у подножья горы Демерджи, недалеко от Алушты. В 1427 году на месте пещерного города Инкермана, расположенного рядом с современным Севастополем, феодорийцы построили крепость Каламиту, защищавшую единственный морской порт княжества Авлиту в устье Реки Черной. В Бахчисарайском музее хранится строительная надпись с именем главы княжества Алексея. Княжество Феодоро мешало генуэзской торговле, и в 1434 году войска Генуи захватили Каламиту и сожгли ее. Крепость была отстроена вновь и помогала отбивать нападения на Феодоро генуэзцев и монголо-татар. Феодоро имело широкие международные связи, на дочери князя Исаака должен был жениться сын московского великого князя Ивана III. В княжестве жило около 200000 жителей, было 30000 домов. Но в 1475 году княжество перестало существовать, полностью уничтоженное турками, а его территория стала непосредственно турецкой и превратилось в турецкий кадылык — округ.

В Крыму существовали еще несколько небольших феодальных образования, в частности, Кырк-Орское и Эски-Керменское княжества.

Племена степняков-кочевников, называемых монголами, с I века расселились в Забайкалье и в Монголии севернее реки Керулен. Татарами назывался небольшой народ, делившийся на белых, черных и диких татар, уже в VIII веке кочевавший южнее реки Керулен в Монголии и к XII веку широко расселившийся в азиатских степях.

Великий курултай (собрание) 1206 года закрепил за объединением племен название «монголы» и утвердил ханом объединителя племен Тэмуджина с титулом Чингизхан, народ-войско которого с тринадцати тысяч вырос до ста десяти тысяч человек. Дальнейшие удачные для монголо-татар войны в Китае, Средней Азии, Иране и Половецкой степи сделали их хозяевами Центральной Азии.

Тюркоязычное племя меркитов, не захотевшее объединяться с монголами Чингизхана, было вытеснено на Алтай. Соединившись с половцами, в 1216 году они начали очередную войну с монголами, в ходе которой были разгромлены войском сына Чингизхана Джучи, и в ходе отступления на запад Практически уничтожены. Чтобы расправиться с союзниками меркитов половцами монголы, следуя закону Чингизхана — «война кончается с разгромом врага», пройдя через русские земли, разгромили их и дошли до Карпатских гор.

Внук Чингизхана и сын Джучи Бату получил в наследство юрт — улус из урало-каспийской степи и земель Хорезмийского султаната, который значительно расширил за счет территории Руси и половецкой степи. Это царство Бату-хана впоследствии получило название Золотая Орда.

Хозяевами Крыма и Причерноморья на долгое время стали монголо-татары. 27 января 1223 года их конница, разгромив половцев, впервые совершила набег на Сугдею-Судак, захватила город, разграбила его и ушла, вернувшись назад только через шестнадцать лет — в 1239 году. В начале XIII века восточный Крым был наиболее развит экономически, а, следовательно, наиболее удобен для татаро-монгольского грабежа. Захват Крымского полуострова был осуществлен в обычной монголо-татарской манере — половцы, жившие в степном Крыму, были уничтожены или подчинены, города и поселения сожжены. Уцелевшими оказались только горные крепости, недоступные для степной конницы. Вернувшиеся в 1242 году из похода на Польшу и Венгрию монголо-татары прочно осели в Крыму, который стал улусом — провинцией Золотой Орды и управлялся наместником великого хана. После возвращения татаро-монгольских войск из Европы Бату-хан по монгольскому обычаю разделил завоеванные земли между своими братьями на четырнадцать самостоятельных улусов. Крымский полуостров и степи между Днепром и Днестром получил брат Батыя Мавал, дед темника Ногая. Примерно в это же время торговые пути из Западной Европы на Восток, шедшие через приморские города Сирии и Палестины, начинают проходить через Крымский полуостров и Дон. Основными портами международного значения стали Судак и позднее Феодосия.

Крымский наместник — улусный эмир, имевший в подчинении тысячников, сотников и десятников, наделенных земельными владениями на Крымском полуострове и Северном Причерноморье, получал свой улус от хана Золотой Орды за службу в качестве временного феодального владения и мог быть сменен ханом. Уцелевшее местное население постоянно грабилось, угонялось в рабство и облагалось различными налогами и повинностями. Происходила его исламизация. Монголо-татарская знать, расселившаяся в северном Крыму, постепенно была ассимилирована местными половцами, аланами, готами и остатками гуннов. Столицей Крымского улуса и резиденцией улусного эмира стал город «Къырым» — «Крым», построенный золотоордынцами в долине реки Чурук-Су на юго-востоке Крымского полуострова. Здесь в 1267 году началась чеканка первых крымских монет. Город Крым являлся транзитным и таможенным центром Крымского полуострова до середины XIV века, когда его функции взяла на себя генуэзская колония Тана, образованная в устье Дона у города Азака. Оттуда было намного ближе вести товары из Приазовья и Причерноморья в Каффу. В XIV веке название города Крым постепенно переходит на весь Крымский полуостров. Таврика становится Крымом. В это же время на караванном пути из степного Крыма на южное побережье в восточной части полуострова строится город Карасубазар — «Базар на реке Карасу», быстро ставший самым многолюдным и богатым городом улуса.

В 1256 году брат верховного монгольского хана Мунке Хулагу, с помощью войск хана Золотой Орды Берке, начал войну с Ираном, завоевал его и создал ханство Хулагидов. Из-за войны торговые связи Крыма с Ираном ослабли, основал торговля велась со странами Средней Азии. В Золотую Орду через Крымский полуостров двинулись мусульманские купцы и миссионеры. В 1269 году из Малой Азии в Крым переселилась большая группа турков-сельджуков во главе с Сары-Салтаком и сыном иконийского султана Изз-эдд-Дином, получившим временно в удел Солхат и Судак. Значительно увеличилась исламизация местного населения, разрослись Каффа, Старый Крым-Салх-ат и Судак. В Крыму строятся первые мечети. В 1288 году на деньги рожденного в Крыму султана Египта Эльмелик-Эззахыра Бейбарса в Крыме-Солхате была построена очень красивая мечеть.