Учреждаемая Академия не была, однако, одним только учебным заведением. По проекту, она долженствовала быть чем-то вроде инквизиции или тайной полиции по религиозным делам. Блюстители и учители должны были наблюдать, чтобы не являлись неправомудрствующие в вере, не заводили распрей и раздоров, а если такие люди явятся, то доносить о них царю. Царь с совета патриарха, по одному только свидетельству блюстителя и учителей, не принимая никаких «словес и рассуждений», обещал судить обвиненных без всякого помилования. Равным образом, блюститель и учителя наблюдали, чтобы никто не держал у себя польских и латинских, лютерских, кальвинских, еретических книг, а также волшебных, чародейных, гадательных и всех вообще возбраняемых церковью писаний. По доносу, сделанному блюстителем и учителями, виновный подвергался сожжению без всякого милосердия. В числе возбраняемых церковью учений, особенно боялись так называемой «естественной магии». Блюститель и учители должны были наблюдать, чтобы где-нибудь не проявились преподаватели этой науки, и, по их доносу, такие преподаватели, вместе со своими слушателями, предавались сожжению. Все переходящие из других вер в православную состояли под надзором блюстителя с учителями и записывались в особые книги. Стоило только донести на них, что они не вполне хранят православную веру и церковные предания – их ссылали на Терек или в Сибирь, а если бы оказывалось, что они держатся своей старой веры, из которой перешли в православие, то они осуждались на сожжение. Равным образом, чужеземцы, пришедшие из других государств, будучи прежде православной веры, за принятие в России какой-нибудь другой веры осуждались на сожжение. Если кто из русских или чужеземцев произнесет какое-нибудь укоризненное слово против православной веры или церковных преданий или, напр., скажет что-нибудь против призывания святых, поклонения иконам, почитания мощей, тот предавался суду блюстителя и учителей и осуждался на сожжение. Наконец, все иностранцы иных вер, приезжавшие в Россию, так называемые тогда «ученые свободных наук люди», состояли под надзором блюстителя и учителей Академии, подвергались их испытанию, получали от них свидетельство на право свободно проживать, поступать на службу, получать царское жалованье, достигать почестей; и если блюститель с учителями находили их негодными пребывать в России, то их высылали за границу. Таков был проект первого высшего училища в Московском государстве, такова была заря ученого образования, которое грозило худшим мраком, чем прежнее невежество.
Симеон Петровский-Ситиянович скончался 25 августа 1680 года на пятьдесят втором году от рождения и погребен в Заиконо-спасском монастыре. Если при жизни он пользовался царскою милостью и почетом, то вскоре после смерти имя его подверглось гонению. Вопрос, касавшийся его личности и сочинений, был вместе вопросом о судьбе и значении западнорусских, преимущественно киевских ученых в Москве, а вместе с ними шло дело и о принесенной ими с собою науке. Как ни слабыми могут нам теперь казаться их научные средства, но в московской Руси и они произвели потрясение. Уже важно то, что богослужебная реформа была делом тесно связанным с их прибытием; но не одна она восстановила против них целую массу народа, отпавшего от церкви в недрах православной церкви, принявшей сделанные трудом этих пришельцев исправления; многие их не любили. Их знания, их ученость отзывались чем-то чуждым, не истинно православным, и притом явное превосходство их сведений задевало гордость московских книжных людей: тайное нерасположение гнездилось в сердце многих, и сам патриарх Иоаким, живший долго в Киеве и вообще знавший малороссийских ученых на их родине, относился к ним недружелюбно. В Москве возникала такая мысль: уж если, по недостатку ученых великоруссов, заменять их иноземцами, то лучше приглашать греков, чем киевлян. Беспрестанные смуты и измены и без того бросали в глазах великоруссов дурную тень на малороссиян вообще: их привыкали считать народом двоедушным, непостоянным и ненадежным. Такой взгляд невольно переносился и на прибывавших в Москву ученых. При Алексее, а еще больше при Федоре, они пользовались поддержкою царей, но после смерти Федора они лишились ее, когда в церковных делах стал их недруг Иоаким. Нужен был с их стороны какой-нибудь повод к явному обличению их в неправославии, чтобы поднялась против них буря.
У Симеона был между учениками Семен Медведев, подьячий приказа тайных дел. Это был человек от природы способный и горячий. Жизнь с книгами увлекала его. Он постригся в монахи и по смерти Симеона Ситияновича получил важное в то время место в Заиконо-спасском монастыре. Оно было особенно важно потому, что, как мы говорили, существовало уже предположение основать Академию и поместить ее в Заиконо-спасском монастыре. Семен Медведев, получивший в монашестве имя Сильвестра, во всем верный своему учителю, подобно ему выказывался при дворе своим умением стиходействовать. Когда царь Федор женился на Апраксиной, Медведев явился с брачным приветствием (напеч. 1682), а когда, скоро после того, царь отошел в вечность, Сильвестр написал «Плач и утешение» – длинное стихосплетение, состоящее из многих «плачей» и многих соответствующих им утешений. Начал прежде всего плакать сугубоглавый орел российский, за плачем следует двенадцать стихов утешения орлу, затем воин – тот воин, который начертан в российском орле, излил двадцать стихов плача; за это воину следует шестнадцать стихов утешения; за воином уже следует плач царицы; ей огромное утешение в сорок восемь виршей; за царицею заплакали царевны, но они плачут немного, им не каждой особо, а разом всем одно длинное утешение; затем плачут все России одна за другою. Великая, Малая, Белая, каждая плачет особо и каждой особое свое утешение.
Сильвестру очень хотелось быть начальником новой Академии. Но патриарх Иоаким, не терпевший Симеона Ситиановича, недолюбливал и ученика его Сильвестра. Патриарх уже отправил Прокопия Возницына в Турцию искать просветителей российского юношества между греками, более, по его мнению, надежными, чем были малоруссы и их питомцы.
В Константинополе в 1683 году патриарх Дионисий указал русскому посланцу на двух ученых греков, братьев, которые были, по убеждению патриарха, способны положить основание школьному просвещению в Московском государстве. Случайно повторялось древнее событие IX века: подобным образом константинопольский патриарх указал на двух братьев, греков солунских, способных ввести между славянами крещение и с ним вместе книжную грамотность. Братья, на которых указал тогда патриарх Дионисий, назывались Лихудами. Если верить показаниям их самих, они происходили из очень древнего, знатного рода: предок их, по имени Константин, в XI веке был зятем императора Константина Мономаха; тесть хотел сделать его даже своим преемником. Но тогда счастливее повезло Комненам, чем Лихудам. Лихуды, не получивши престола, продолжали быть знатным родом византийской империи. В 1453 году Лихуды, не желая подчиняться неверным завоевателям, ушли и поселились в Кефалонии. На этом-то острове родились и упомянутые два брата: старший (род. в 1633 г.) назывался Иоанн, второй (девятнадцатью годами моложе брата) Спиридон. По обычаю, которому тогда следовали многие богатые греки, Лихуды после первого образования, полученного на родине от священника, учились в Венеции, потом в Падуе и пробыли долго в Италии. Иоанн, по возвращении на родину, был посвящен в сан иерейский; Спиридон почувствовал наклонность к монашеской жизни и постригся под именем Софрония. За ним вскоре овдовел старший брат его и также постригся под именем Иоанникия, оставивши миру двух сыновей.
Старший брат получил важное место начальника школ, в двух городах, меньшой в одном, временно удаляяся из родного острова. Если верить им, они имели огромную власть и значение. В 1683 году они отправились в Константинополь, как видно, показать перед патриархом свои знания. Патриарх заставлял их говорить поучения. В это-то время он представил их русскому посланцу.