В июле 1683 года они отправились в Россию; они были на пути задержаны в Польше. Король Ян Собесский принял их отлично, но иезуиты, смекнувши, что эти греки готовятся быть водворителями книжного высшего воспитания в той Московии, куда сами иезуиты так напрасно хотели пробраться под тем же предлогом, упросили короля задержать Лихудов под какими-нибудь благовидными предлогами. Кажется, иезуитам хотелось попытаться склонить ученых греков на свою сторону. Король возил Лихудов с собой в поход против турок и заставлял их вести диспуты с иезуитами. Когда наконец братьям Лихудам надоело это праздное препровождение времени, они тайно ушли из Польши, добрались до Киева, оттуда прибыли к гетману Самойловичу и, при содействии последнего, благополучно явились в Москву 6 марта 1685 года. Приезд этих ученых иноземцев был не по сердцу Сильвестру Медведеву. В конце того же года он подал царевне Софии тот самый составленный при Федоре Алексеевиче проект, или привилегию, на основание Академии, о содержании которого мы изложили выше. Надежды Сильвестра не сбывались. София была благосклонна к Сильвестру; но глава духовенства не променял бы Лихудов на десяток учеников Ситиановича. Лихудов поместили в Богоявленский монастырь. Там Лихуды тотчас открыли школу, им дали учеников; вслед за тем на деньги, две тысячи рублей, пожертвованные одним греком Мелетием, начали строить большое здание для Академии в Заиконо-спасском монастыре; могучий тогда любимец царевны Софии, Василий Голицын, давал на это дело пожертвования. В 1686 году, по окончании постройки здания, Лихуды перешли в Заиконо-спасский монастырь. Так открылась московская духовная Академия, названная греко-латино-славянскою. Кроме прежних учеников, которые поступили к Лихудам с самого их приезда, в Академию были переведены все ученики прежней типографской школы и, сверх того, по царскому повелению, поручено Лихудам учить «до сорока детей знатных родов, а затем немало из детей всяких чинов» поступало к ним. Больших успехов можно было на будущее время ожидать от преподавания новоприбывших наставников: ученики чрезвычайно скоро научались объясняться по-гречески и по-латыни.

Теперь уже киевляне и их ученики должны были ожидать, что ученые греки не только подорвут их вес и значение в Москве, но и постараются представить неправославным их воспитание, опиравшееся более на латинских книгах, чем на греческих. Уже один из западнорусских пришельцев, Бялободский, написавший сочинение о безразличии церквей, в присутствии обоих царей Ивана и Петра, держал диспут с Лихудами и потерпел поражение. Вслед за тем Сильвестр Медведев, ненавидевший приезжих греков за то, что ему через них не удалось быть начальником Академии, вздумал обвинить Лихудов в неправославии. Были у Сильвестра друзья и сообщники и между ними окольничий Шакловитый, находившийся в милости у царевны Софии. Медведев написал книгу под названием «Манна»; в ней доказывалось, что в таинстве евхаристии хлеб и вино претворяются в тело и кровь в момент произнесения священником слов Христа: «Приимите и ядите…» Лихуды отвечали на это сочинение опровержением, которое названо «Акось, или врачевание, противополагаемое ядовитым угрызениям змиевым». В этом сочинении, написанном с большою ученостью, Лихуды доказывали, что, по учению православной церкви, одного произнесения Христовых слов недостаточно для такого великого действия, и Св. Дары прилагаются в момент последующего затем призывания Св. Духа и произнесения слов: «Преложи я Духом Твоим Святым». После этих двух сочинений открылась жаркая полемика по поводу вышеозначенного вопроса. Медведев и его сторонники пустили в ход сочинение киевского игумена Феодосия Сафоновича: «Выклад о церкви святой», и от себя написали «Тетрадь на Иоанникия и Софрония Лихудов», а монах Евфимий. бывший ученик Славинецкого, приставший к Лихудам, разразился против Медведева ругательным сочинением под названием «Неистовное Брехание». Затем Лихуды написали «Мечец Духовный», сочинение, в котором изложили в форме диалогов свой спор, происходивший во Львове с иезуитом Руткою, о всех различиях между православною и римско-католическою церквами. Толки о времени пресуществления из монашеских келий перешли в мирские дома и даже на улицу. Люди, мало понимавшие суть богословских тонкостей, увлекались этим вопросом; торгаши, ремесленники и даже женщины стали спорить о времени пресуществления. Церкви грозил новый раскол. Патриарх Иоаким принял сторону Лихудов. Нужно было заставить малороссийских духовных заявить со своей стороны голос в пользу Лихудов. Иоаким отнесся с этим к киевскому митрополиту Гедеону и к Лазарю Барановичу. Малороссийские архиереи были этим вопросом поставлены в весьма неловкое положение: в киевской коллегии давно уже учили о пресуществлении так, как писал Медведев; в «Лифосе» Петра Могилы изложено то же учение. Гедеон и Лазарь сперва было уклонялись от прямого ответа, но патриарх пригрозил им собором и приговором четырех прочих вселенских патриархов. Тогда оба архипастыря дали ответ в смысле учения, проповедуемого Лихудами.

Заручившись таким заявлением, патриарх Иоаким созвал собор. В это время началось дело Шакловитого, повлекшее за собою падение Софии. Медведев также запутан в это дело. Он бежал с намерением укрыться в Польше, но был схвачен на пути, привезен в Москву, принес перед собором покаяние и, отрекшись от своих мнений, сам переименовал свою книгу вместо «Манна» – «Обмана». В январе 1690 года Медведева сослали в Троицкий монастырь, но через год, по доносу одного из соучастников казненного уже Шакловитого, он обвинен был в соумышлении с Шакловитым и, после страшных пыток огнем, обезглавлен 11 февраля 1691 года.

Патриарх Иоаким, осудивши Медведева и киевское учение о пресуществлении, велел составить от своего имени книгу, под названием «Остен». Книга эта написана Евфимием. В ней изложена вся история происходившего спора. В добавление к ней патриарх иерусалимский Досифей прислал собрание свидетельств, доказывающих справедливость учения Лихудов. Киевская партия потерпела жестокое поражение. Московский собор признал неправославными не только сочинения Медведева, но и писания Симеона Полоцкого, Галятовского, Радивиловского, Барановича, Транквиллиона, Петра Могилы и др. О Требнике Петра Могилы сказано, что эта книга преисполнена латинского зломудренного учения и вообще о всех сочинениях малорусских ученых замечено, «что их книги новотворенные и сами с собою не согласуются, и хотя многие из них названы сладостными именами, но все, даже и лучшие, заключают в себе душетлительную отраву латинского зломудрия и новшества». В Москве утвердилось было мнение, что приходящие из Малороссии и Белоруссии ученые заражены латинскою ересью, что, путешествуя за границею и довершая там свое образование, они усваивают иноземные понятия и обычаи, что не следует слушать их и ездить к ним учиться. Говорили, что «вместо благословенного еллино-славянского учения, они преподают латинское учение, от которого ничего доброго нельзя надеяться, кроме противности и рати на святую церковь. В давние времена в Малороссии процветало восточное благочестие, как и у нас великороссиян, оно благодатию Божиею, яко солнце, сияет, а когда вошли туда злохитрые иезуиты и принесли туда учение латинское, что сталось? Куда девались тамошние князья великие, православные: Острожские, Чарторийские, Четвертинские и иные?»

Через несколько времени сила Лихудов поколебалась. Патриарх иерусалимский, Досифей, прежде благоволивший к ним, не получивши от них требуемой суммы в пользу Гроба Господня, в 1693 году написал к обоим царям и к патриарху Адриану, заступившему место умершего Иоакима, что Лихуды – обманщики, тайные латинники, что они, получивши от патриарха благословение на обучение греческому языку, учат латинскому и, вместо богословских наук, «забавляются» физикою и философиею; доносил на них, что они фальшиво называют себя князьями, что на самом деле они люди незнатного происхождения, убогие, ремесленные и пр. Справедливость патриаршего донесения поддерживали проживавшие тогда в Москве греки, завидовавшие Лихудам. По этим наветам Лихуды, в 1694 году, были удалены от заведывания Академией и от преподавания.