В некоторых публикациях, обсуждающих возможный механизм этих осложнений, выдвигается идея того, что в мозгу остается некое количество ЛСД на протяжении неопределенных периодов времени. Это объяснение противоречит основным принципам фармакологии, а также результатам лабораторных исследований метаболизма и распределения ЛСД в теле. Согласно этим данным, препарат выводится из мозга в то время, когда психоделическое переживание достигает кульминации. Существуют убедительные клинические свидетельства того, что неприятные последствия ЛСД сессий отражают глубокую, основополагающую динамику подсознательный процессов.

Психопатологические симптомы, которые могут проявиться как результат недостаточно завершенных ЛСД сессий, сильно варьируются. По существу дела, любой аспект активированной динамической матрицы или специфического подсознательного материала, который остался неразрешенным, может сохраняться после сессии неопределенные периоды времени и вернуться через какое-то время. Наиболее часто наблюдаются такие эмоциональные состояния, как депрессия, чувство неполноценности, суицидальные чувства, эмоциональная несдержанность, чувство одиночества, тревога, вина, параноидальные мысли, агрессивность или маниакальная эйфория.  Среди психосоматических симптомов можно отметить тошноту и рвоту, затрудненное дыхание, кашель и рвотные движения психогенной природы, кардиоваскулярный дистресс, запор или диарею, головные боли и боли в различных частях тела, озноб и приливы жара, повышенное потоотделение, ощущения, сходные с похмельем, симптомы, сходные с симптомами гриппа и простуды, гипервентиляция, кожные высыпания и различные психомоторные явления, такие как общая вялость или перевозбуждение, мышечный тремор, судороги и подергивания. Активированный и незавершенный подсознательный гештальт может также особым образом повлиять на мыслительный процесс субъекта. Некоторые представления о различных вопросах, таких как пол, мужчины, женщины, брак, власть и философское мировоззрение о смысле жизни, роли религии в жизни, страдании, несправедливости и многих других проблемах могут быть отражением глубокого подсознательного материала. Категорические суждения и системы ценностей в различных областях могут резко измениться, когда открытый подсознательный гештальт будет завершен.

Появление различных изменений перцепции после неразрешенной сессии встречается сравнительно редко. Спустя значительное количество времени после того, как препарат перестанет действовать, пациент может отмечать искажения в цветоощущении, размытость, шлейфы, спонтанные видения, необычное восприятие своего тела, обострение слуха, звон в ушах или другие странные физические ощущения. Иногда различные комбинации вышеперечисленных эмоциональных, психосоматических, мыслительных и перцептуальных изменений создают абсолютно новые клинические синдромы, которых раньше у субъекта не было. Возникновение новых форм психопатологии можно понимать как результат активизации и экстериоризации содержания ранее латентных подсознательных матриц. Эти симптомы обычно исчезают сразу после того, как порождающий их материал переживается и интегрируется.

Общая природа и специфические характеристики отрицательных последствий ЛСД сессий зависят от того, какой уровень бессознательного был активирован, и от конкретного содержания раскрытой матрицы. Активная и неразрешенная матрица  психодинамической, перинатальной или трансперсональной природы будет особым образом воздействовать на то, как субъект воспринимает себя и мир, свои эмоциональные реакции, мыслительный процесс и поведенческие паттерны. Клинические симптомы, которые филогенетически связаны с активированной функциональной системой, могут сохраняться от нескольких дней или недель до практически неограниченного времени. В одних случаях неприятные последствия сессии остаются в рамках усиления и обострения первоначальных эмоциональных, психосоматических и межперсональных проблем пациента. В других  - пост-сессионые осложнения представляют собой возвращение симптомов, от которых субъект страдал, будучи ребенком или подростком. Иногда неприятные следствия представляют собой ситуацию, когда состояние субъекта начинает напоминать приступ его проявленных невротических или психотических симптомов; это верно не только в отношении клинических симптомов, но и специфических межличностных паттернов.

Следует упомянуть один механизм, который имеет чрезвычайную значимость. Выше мы описали, как активизированная динамическая матрица определяет природу переживаний пациента и то, как он или она воспринимают окружающий мир. Это часто связано с сильной тенденцией к экстериоризации содержания подсознательных построений и их проектированию на лечебную ситуацию и повседневную жизнь. Если мы тщательно проанализируем психодинамику этого феномена, мы обнаружим очень интересный механизм, лежащий в его основе, который можно назвать невыносимым эмоционально-когнитивным диссонансом. Очевидно, очень трудно и тревожно переживать глубокое несоответствие между внутренним восприятием событий и тем, что происходит на самом деле. Кажется, субъекту намного приятнее верить в то, что различные неприятные  эмоции, которые он переживает, являются реакцией на  какие-то реальные обстоятельства в объективном мире, чем что все эти необъяснимые и абсурдные элементы  приходят изнутри.

Так как иррациональные чувства тревоги и чувства угрозы, происходящие из бессознательного, могут привести к действиям, направленным на провоцирование враждебности со стороны терапевта, супруга или супруги, или работодателя. Когда эти действия достигают успеха, ранее неясные чувства тревоги принимают форму явных и знакомых страхов потерять поддержку терапевта и поставить под вопрос продолжение лечения, беспокойство по поводу разрушения семьи или обоснованная озабоченность по поводу потери работы. В случаях, когда такие подсознательные страхи особенно сильны и уже начинают граничить с угрозой жизни, пациент может на самом деле пуститься на поиск опасных ситуаций, например, рискованного вождения, прыжков с парашютом, прогулок в опасных районах или походов в бары и ночные клубы с сомнительной репутацией. Подобным образом ЛСД пациент, погруженный в глубокое иррациональное чувство вины, может повести себя исключительно некрасиво, нарушая базовые правила терапии или пытаясь обидеть, вывести из себя или вербально нападать на терапевта. Он или она могут также в своей повседневной жизни совершать в высшей степени сомнительные поступки, провоцирующие возникновение чувства вины. В результате ранее существовавшее чувство вины может быть рационализовано, как вызванное реальными внешними событиями и соответствующее объективной ситуации. Я привел лишь несколько примеров очень распространенного механизма, который может стать реальной проблемой в терапевтической ситуации, равно как и в повседневной жизни пациента. Для успешного течения психоделической терапии абсолютно необходимо, чтобы терапевт был знаком с этим феноменом и был способен правильно с ним работать.

Изменения, причиной которых является активизация различных уровней СКО, обычно не очень серьезны и находятся в рамках различных невротических и психосоматических явлений, если только активизированный уровень не относится к раннему детству и/ или его эмоциональный заряд не является слишком большим. Когда активированная важная СКО остается неразрешенной, субъект в пост-сессионный период сталкивается с усилением клинических симптомов, относящихся к этой системе, и воспринимает окружающий мир с особыми искажениями, отражающими ее содержание. Кроме того, он или она демонстрируют тенденцию к экстериоризации общей темы СКО или отдельных специфических характеристик одного из ее уровней в повседневной жизни и лечебной ситуации. Он или она могут начать странным образом реагировать на некоторые обстоятельства. Поведение субъекта в этих условиях может включать в себя  сложные  психологические маневры, которые обычно вызывает особые закономерные реакции со стороны партнеров по различным межличностным отношениям. Внешние ситуации, которые возникают в результате такого взаимодействия, представляет собой примерные отражения оригинальных травматических событий, которые остались неразрешенными на предыдущей сессии. В силу того, что в этой части мы обсуждаем осложнения ЛСД терапии, мы касаемся только активизации негативных СКО. Однако важно отметить, что активация позитивных СКО так же возможна, и она может иметь сильные положительные последствия подобной природы.