Так как дата строительства церкви во имя Кирилла Белозерского в документах не зафиксирована, это упоминание в Ермолинской летописи иногда принимается за одно из свидетельств времени организации по крайней мере Кирилловского придела в Афанасьевской церкви.
Территория монастыря, а впоследствии подворья, несколько раз меняла очертания своего плана. В эпоху великих князей Ивана III и Василия III, к 1533 г. она имела форму неправильного пятиугольника, острым углом обращенного к северо-востоку, в 16 м от которого находилась стрелецкая караульня у Фроловских (Спасских) ворот, сохранявшаяся до начала XX в. с внутренней стороны кремлевской стены. С западной и южной сторон к территории монастыря-подворья примыкали дворы, пожалованные в 1490 г. Иваном III своим приближенным среднего ранга: князю Ивану Юрьевичу Патрикееву, Роману Афанасьеву, Василию Жданову, Афанасию Петрову, Григорию Сидорову, Афанасию и Гавриле Петровым (29, т. I, схематические планы И. А. Голубцова). Обращает на себя внимание обилие собственников по имени Афанасий среди соседей Афанасьевского монастыря, хотя само по себе это могло и ничего не значить.
На исторической схеме С. П. Бартенева (5, схема) ближайшими соседями Кирилловского подворья или Афанасьевского монастыря показаны двор старца Симонова монастыря Андриана Ярлыка, бывшего великокняжеского, а затем митрополичьего дьяка, довольно богатого человека, владельца нескольких сел с деревнями и землей и ростовщика, пожертвовавшего в 1460 г. свои владения и имущество симоновскому архимандриту Афанасию (13, с. 10 и примеч.). С западной же стороны к монастырю примыкал двор бояр и князей Черкасских и двор архиепископа Арсения Елассонского. Для нас важно отметить, что форма плана подворья на планах Бартенева и Голубцова совпадает, хотя план Голубцова зависим от схемы Бартенева, и что на них показаны две церкви: одна – во имя Афанасия Александрийского постройки 1389 г. и другая – во имя Кирилла Белозерского постройки 1514 г., находившиеся неподалеку друг от друга, внутри той части монастырского двора, которая углом выступала в сторону кремлевской стены. Хотя датировка церкви св. Кирилла Белозерского 1514 г. кажется сомнительной, так как явно приурочена к строительству Бобыниных.
Это важно потому, что уже Иван III в начале XVI в. начал проводить масштабные землеустроительные работы в Кремле, имевшем весьма хаотичную тесную застройку с бесконечными кривыми переулками, коленами, тупиками, дворами неупорядоченных форм. Особое внимание обращалось на освобождение от деревянных пристроек к внутренним сторонам кремлевских стен как защитной мере от пожаров. Эта деятельность неизбежно приводила к изменениям в очертаниях планов дворов и их внутренней организации.
Остается неизвестным, когда точно Афанасьевский-Кирилловский монастырь официально утратил элементы монастырского статуса, однако в быту и даже в деловой переписке его еще долго продолжали именовавать «Афанасьевский монастырь, подворье Кириллова монастыря». Во всяком случае, во второй половине XVII в. его еще называли монастырем в официальных документах. Так, в Архиве Оружейной палаты хранился царский Указ Михаила Федоровича от 25 марта 1640 г., по которому «дураки государевых комнат были отведены поститься на Страстную неделю: в Богоявленский м. Мосейка; в Афанасьевский мон., что у Фроловских ворот, Исак да Симонка» (23, с. 424).
На плане «Кремленаград» начала 1600-х гг., территория Афанасьевского-Кирилловского монастыря (45, Карта на вкладке) уже называется Кирилловским подворьем или Кирилловским приютом. В восточной части подворья, уже имеющего прямоугольную форму, изображены две церкви, а восточная выступающая угловая часть его прежней территории обрезана практически по стенам храма, видимо в процессе урегулирования кремлевской территории, особенно в местах, примыкающих к кремлевским стенам. По плану Кремля архитектора Василия Яковлева 1756 г., территория подворья по Спасской улице простиралась на 30 сажен (64 м), сзади 29 сажен (62 м), по Кремлевской стене составляла 28 сажен (ок. 60 м), а по западной стене сужалась до 19 сажен (40 м). По другому плану того же автора, составленному в следующем, 1757 г., мера подворья была обозначена несколько иначе: по улице 28 сажен, сзади без малого 25 сажен, поперек по линии Кремлевской стены около 18, в противоположном угловом конце, где за эту межу выдвигалось отдельно стоявшее здание подворья, без малого 24 сажени (23, с. 195, примеч. 1). К сожалению, так как эти планы недоступны для нас, сведения о размерах подворья приводятся по описанию Забелина, отмечавшего значительные расхождения в показаниях одного и того же автора.
Одним из немногих сохранившихся графических источников об архитектуре храмов и других сооружений Кирилловского подворья остается все тот же план «Кремленаград», так как многочисленные художники и граверы, работавшие в Кремле, обошли подворье вниманием, а до изобретения фотографии его сооружения не дожили. Несмотря на всю условность изображения зданий на этом плане, все же кажется возможным определить основные особенности их архитектурно-пространственного решения, с привлечением сохранившихся письменных источников. При этом необходимо учитывать, что все сооружения монастыря, там изображенные, относятся ко временам перестройки Бобыниных 1514 г. и к более поздним.
На этом плане показано композиционное состояние комплекса сооружений подворья в начале 1600-х гг. Подворье изображено в виде близкой к квадрату территории, окруженной со всех четырех сторон одноэтажными келейными и хозяйственными корпусами, в отдельных местах – просто забором. В центре подворья показан двор, совершенно свободный от застройки, в восточной части которого видны две церкви. Сразу же отметим, что композиция плана монастыря кардинально отличается от композиции главных кремлевских монастырей – Чудова, Вознесенского и Спасского на Бору, в центральной части двора которых размещен главный соборный храм, – и близка к решению Богоявленского Троицкого монастыря с собором, поставленным на периферии территории. Повторим попутно, что Богоявленский монастырь также имел статус подворья.
Одна из церквей Афанасьевского монастыря изображена встроенной в восточную стену подворья, обращенную к Фроловским воротам – возможный след обрезки части территории, произошедшей, видимо, в процессе упорядочения кремлевской застройки, начатого Иваном III, одной из целей которой было стремление отодвинуть застройку от кремлевских стен, что, судя по этому плану в целом, было проведено последовательно на всем их протяжении, и тем самым создать противопожарные разрывы – простейшую защиту от страшного бича Москвы того времени – постоянных пожаров. На планах предшествующего времени, суммированных в работах С. П. Бартенева и И. А. Голубцова, как уже отмечалось выше, восточная стена подворья имела треугольный выступ в сторону кремлевской стены и в пространстве двора, образованного этим выступом, располагались обе монастырские церкви, оказываясь, таким образом, внутри монастырских стен. При перепланировке Кремля выступающую часть территории подворья срезали, а монастырские стены подвели непосредственно к стенам крайнего к востоку храма.
На схеме Бартенева отчетливо видно, что Афанасьевская церковь располагалась несколько северо-восточнее церкви Кирилла Белозерского и, следовательно, именно она оказалась встроенной в новую восточную стену подворья. На плане «Кремленаград» церковь изображена одноглавой с выступающей к востоку плоской стеной, разделенной в верхней части на три узкие вертикальные плоскости с треугольными завершениями, немного ниже которых показаны проемы почти квадратной формы: в боковых частях очень маленькие, в средней – побольше. Так как эта стена восточная, эти три части должны были быть апсидами, полукружия которых условно изображены плоскостями, как и в ряде других изображений апсид из-за чисто технических трудностей. Но возможно, они были реально стесаны заподлицо с плоскостью монастырской стены. С другой стороны, эта плоскость стены с треугольными завершениями не имеет на рисунке продолжения к западу. Нет этого продолжения и на кровле, так что барабан с куполом не обрамлен кровлей со всех сторон, а скорее вырастает из-за этого повышенного трехчастного отрезка стены. Это могло быть в том случае, если церковь имела небольшую высоту и на рисунке «спрятана» за стеной.
