Однако, особенно в начальные годы существования монастыря, ему приходилось выполнять и другие функции.

В 1478 г. игумен Кириллова монастыря постриг в инокини вдову великого князя Василия II Васильевича Темного, мать Ивана Васильевича III, – великую княгиню Марию Ярославну с именем Марфы (51, с. 41). В 1563 г. на подворье была пострижена в инокини вдова Старицкого князя Андрея Ивановича, Евфросинья Андреевна, духовником которой был Кирилловский игумен Вассиан. После пострига ее отправили на житье в Белозерский Воскресенский Горицкий девичий монастырь.

Предположительно именно здесь останавливался в 1589 г. Константинопольский патриарх Иеремия, приезжавший в Москву при поставлении первого Московского патриарха Иова, а в 1619 г. Иерусалимский патриарх Феофан при поставлении патриарха Филарета.

Иерусалимский и всея Великия Палестины патриарх Паисий в 1649 г. прожил на подворье более трех месяцев, прежде чем был торжественно принят царем Алексеем Михайловичем в Золотой палате Кремля. Здесь же перед отъездом из России 5 мая он написал грамоту о поставлении Новоспасского архимандрита Никона, будущего патриарха, в митрополиты Великого Новгорода.

Особый след в истории Москвы оставило посещение ее патриархом Антиохийским и всего Востока Макарием, дважды приезжавшим сюда (1655–1656, 1666–1669) и останавливавшимся также на Кирилловском подворье. Патриарха Макария в этих поездках сопровождал его сын, архидьякон Павел Алеппский, оставивший подробное описание их пребывания в Москве: города в целом, его укреплений, городских ворот, рек, базаров, выдающихся зданий и сооружений, приходских церквей и рядовых домов, быта и нравов москвичей того времени. Второй приезд патриарха Макария в Москву был связан с предстоящим судом над российским патриархом Никоном. Поэтому с ним вместе прибыли патриархи Макарий и Паисий. Они прибыли в Москву 2 ноября 1666 г. и после церемониальных встреч «поехали на подворье, где им уготовано стояти, в Афанасьевский монастырь, что подворье Кириллова монастыря» (23, с. 205). Однако они прожили здесь только три недели, так как в связи с частыми встречами и заседаниями с высшим духовенством подворье оказалось неудобным. Из-за тесноты помещений им отвели палаты в Чудовом монастыре.

По свидетельству архиепископа Арсения Елассонского, в Смутное время именно в этом подворье, а не в Чудовом монастыре, как сообщается во всех других источниках, был заключен патриарх Гермоген. «Бояре московские изгнали и святейшего патриарха кир Гермогена и заключили его в подворье святого Кирилла (Белозерского), снявши с него архиерейские одежды, без архиерейского собора, одели его в монашеские одежды, так как имели на него большое подозрение и гнев, говоря, что при его содействии произошло народное восстание…» (4, с. 173–174). Известно, что под Афанасьевской церковью находился казенный монастырский погреб, служивший кладовой для хранения имущества частных лиц, как и во многих других каменных храмах, на случай частых пожаров. Поскольку историческое предание устойчиво утверждает, что патриарха Гермогена заточили в церковном подземелье, подвал Афанасьевской церкви мог использоваться для этой цели. Свидетельства архиепископа Арсения Елассонского достаточно надежны, так как, будучи с 1597 г. архиепископом при Архангельском соборе (как тогда говорили, «при гробах»), он жил на дворе, находившемся между Крутицким подворьем и Афанасьевским монастырем (его двор показан на схеме Бартенева), и был непосредственным очевидцем всех происходивших в Смутное время в Кремле событий. Впрочем, по-видимому, здесь не было реального противоречия в источниках, так как А. В. Карташев (правда, не делая специальной ссылки) уверенно пишет: «Патр. Гермогена сначала держали на Кирилло-Белозерском Подворье, а теперь (судя по контексту – в Страстной Вторник 1611 г., когда русское ополчение осадило Кремль с запершимися в нем поляками. – А. В.) перевели в Чудов монастырь» (31, т. II, с. 77).

Афанасьевский монастырь пользовался почетом в царской семье, о чем свидетельствуют посещения его в праздничные дни членами царской фамилии, поминальные записи на цариц и царевен, прямые пожертвования монастырю, помимо обычного жалованья. Так, в июне 1571 г. Иван Грозный «пожаловал к Афанасию Великому на церковное строенье и на двор 200 руб.» (23, с. 195). Забелин полагает, что на эти средства деревянные строения монастыря: палаты, кельи, служебные здания – впервые были выстроены в кирпиче. Предполагается также, что на эти деньги могла быть построена отдельная церковь во имя Кирилла Белозерского, если она не была построена одновременно с новой Афанасьевской церковью в 1514 г.

Во время Екатерининской монастырской реформы 1764 г. Кирилловское подворье из монастырского ведения поступило по штатам в ведомство Коллегии Экономии. И тем не менее, по сведениям Н. А. Скворцова, оно сохраняло свой статус и позже: в 1774 г. назначенный служить чреду в Успенском соборе митрополит Самврийский и Горский был поселен в кремлевском Кирилловском подворье (60, с. 13).

Подворье было ликвидировано для расширения площади у Спасских ворот. Оно еще существовало в 1731 г., так как сохранились сведения, что по кончине царицы Евдокии, вдовы Петра II, выдано на помин по 10 коп. на брата в «м-рь Афанасьевский, что на Кирилловом подворье». В 1722 г. подворье состояло из 8 палат, и здесь кроме строителя с несколькими монахами жили асессор Кондандий и Тихвинский архимандрит Варлаам с монахами (63, с. 16–18).

После передачи Кирилловского монастыря по штатам 1764 г. из монастырского ведения в ведомство Коллегии Экономии, которое уже в следующем, 1765 г., пыталось продать его с аукциона, все сооружения подворья, как и других владений в этом районе, окончательно были разобраны в 1776 г. (23, с. 207) в связи с предполагавшимся строительством Большого Кремлевского дворца по проекту В. И. Баженова. Как известно, дворец этот так и не был построен, а вся территория к югу от Спасской улицы была отведена под плац.

Богоявленский Троице-Сергиев мужской монастырь находился у Троицких ворот Кремля при входе из города, на Троицкой улице. По мнению историков, церковной легенде и по позднему свидетельству Кормовой книги Троице-Сергиева монастыря, в XIV в. великий князь Дмитрий Иванович Донской выделил в Кремле преподобному Сергию Радонежскому место у своего дворца для строительства келий и церкви на случай его пребывания в Москве (24, № 1436). Таким образом, Богоявленский монастырь изначально не был самостоятельным монастырем, а только подворьем Троице-Сергиевого. Однако среди многочисленных монастырских подворий Кремля оно, наряду с Афанасьевским-Кирилловским подворьем, в исторических источниках часто называется монастырем, а во второй половине XV в. получило статус монастыря и управлялось игуменом.

Одновременно с землей в Кремле монастырю были выделены два участка вне его: «пятно Ногайское с лошади по 8 денег и пятно Московское с лошади по 2 деньги» (23, с. 422–423). На этих пятнах происходило клеймение лошадей, пригнанных на продажу, «пятнанием» тавром – прижиганием личного знака владельца с описанием примет лошадей в особом документе. Ногайское пятно находилось за городом, за Москвой-рекой, на территории Ногайского двора XIV–XV вв., где позднее размещалась Конная площадь, в районе Мытной улицы (в начале XIX в. северная ее часть передана для строительства Морозовской детской больницы по современному адресу 4-й Добрынинский пер., 1). Оно предназначалось для лошадей, пригоняемых кочевниками, которые ценились существенно дешевле других. Московское пятно находилось перед Китай-городом в районе церкви Спаса на Глинищах, стоявшей до 1931 г. на месте двора жилого дома № 17 по Лубянскому проезду. Здесь торговали лошадьми из России. Пошлины за клеймение лошадей должны были приносить монастырю определенный доход.