У планах радянської Росії по "совєтизації" України відводилося певне місце створенню на її території комуністичних підпільних осередків та їх всебічній підтримці. У ЦК РКП(б) питаннями організації комуністичного підпілля займався Я.Свердлов [191]. Провідниками цієї діяльності в Україні були А.Бубнов і П.Дибенко - члени компартії України й активні учасники жовтневої революції 1917 р. А.Бубнов - член ЦК КП(б)У і Всеукраїнського Військово-Революційного Комітету - з серпня до жовтня 1918 р. працював у "нейтральній зоні" над формуванням українських радянських військових частин. З жовтня 1918 р. за рішенням 2-ї Всеукраїнської конференції КП(б)У дістав завдання організувати підпільну роботу в Києві; очолював київський підпільний штаб і підпільну Раду депутатів, був членом підпільного Київського обласного бюро КП(б)У. П.Дибенко перебував на керівних посадах по організації підпільної роботи на півдні України з травня до свого арешту у серпні 1918 р. Після звільнення у жовтні 1918 р. продовжував працювати у "нейтральній зоні" [192].

18 квітня 1918 р. у Таганрозі Центральний виконавчий комітет рад України провів свою останню сесію, яка ухвалила реорганізувати центральні органи радянської влади в Україні. Замість ЦВК рад і Народного секретаріату для керівництва повстанською боротьбою проти німецьких окупантів і Центральної Ради створювалось Бюро - "Дев'ятка" - у складі: чотирьох більшовиків (А.Бубнова, В.Затонського, Г.П'ятакова, М.Скрипника), українського лівого соціал-демократа (М.Врублевського) і чотирьох українських та російських лівих есерів (С.Мстиславського, О.Сєверова-Одоєвського, М.Семушкіна, Є.Терлецького). Бюро називали ще "Партизанською дев'яткою" або "Повстанським Народним Секретаріатом". У його розпорядження ЦК РКП(б) виділив 34 млн. крб. Зусиллями ЦК РКП(б) і зазначеного бюро Україна вкрилась мережею підпільних організацій [193].

Комуністичне підпілля дислокувалося переважно у робітничих центрах України. Головними його завданнями було ведення політичної агітації, організація страйків і диверсій, створення збройних формувань для майбутнього антигетьманського повстання. Розгалужена підпільна мережа була створена в Донбасі. Підпільні групи діяли в Луганську, Юзівці, Маріуполі, всього - у 18 великих населених пунктах. У Катеринославі для підпільної роботи залишили близько 250 комуністів, були підібрані конспіративні квартири, виділені кошти. Міський підпільний комітет КП(б)У до червня 1918 р. керував уже 18 нелегальними групами. Усього ж у Донбасі й на Катеринославщині на цей час діяло понад 80 підпільних осередків, в тому числі 30 - у сільській місцевості. В Києві до літа 1918 р. підпільні організації налічували близько 650 членів, функціонувало 6 нелегальних райкомів компартії. У червні для керівництва "бойовою роботою" було створене губернське бюро [194].

Високою активністю відзначався й підпільний рух на півдні України. Його центром у регіоні була Одеса, куди у травні 1918 р. прибула група емісарів ЦК РКП(б). Разом з місцевими комуністами вони створили мережу підпільних осередків - в одному лише місті було 5 підпільних райкомів. Нелегальні групи діяли і в містах Криму - Севастополі, Сімферополі, Керчі та інших. Велася робота по підготовці збройного повстання. Інколи комуністичні підпільні центри навіть друкували у газетах оголошення про набір червоноармійців з адресами збірних пунктів. На серпневій нараді керівників підпільних парторганізацій і губернських ревкомів, скликаній Київським обласним комітетом КП(б)У, за участю представників Київської, Подільської, Волинської, Полтавської і Чернігівської губернських парторганізацій було ухвалене рішення про початок збройного повстання [195].

Загалом до осені 1918 р. в Україні існувало понад 200 підпільних комуністичних організацій. Вони формували військово-революційні комітети, штаби повстансько-партизанських загонів. Під проводом комуністичного підпілля ширився страйковий рух. Тільки у липні - серпні 1918 р. відбулося 11 страйків робітників-металістів. ЦК КП(б)У та Тимчасове залізничне оргбюро направляли своїх інструкторів до учасників загального страйку залізничників, котрий у червні 1918 р. охопив близько 200 тис. осіб [196].

Радянські емісари докладали зусиль і до підриву боєздатності збройних сил Гетьманату. Так, у липні 1918 р. агентурним шляхом Освідомчий відділ Державної варти встановив, що за завданням голови військового відомства РСФРР Л.Троцького до України з Москви прибув Г.Камєнєв з метою вербовки пілотів авіаційних частин, авіатехніків для подальшої служби в Червоній армії, а також для вивезення до Росії авіаційного парку Гетьманату [197].

Як зазначає історик І.Нагаєвський, діяльність радянської агентури здебільшого мала диверсійно-терористичний характер. Так, 6 червня внаслідок диверсії вибухнули порохові склади в передмісті Києва Звіринці. При цьому більше 200 чоловік загинуло, понад 1000 дістали поранення, 10 тис. залишилося без притулку. 14 червня в Києві згоріло 35 дров'яних складів, кілька підприємств, близько 10 тис. людей втратило житло. 31 липня в Одесі вибухнув великий склад набоїв [198].

З ініціативи однієї з правлячих партій радянської Росії - лівих есерів - було створено терористичну організацію "Чорна сотня". Її бойовик Б.Донський 30 липня 1918 р. смертельно поранив головнокомандуючого німецькими військами в Україні генерала Г. фон Айхгорна та його ад'ютанта капітана фон Дрекслера. На допиті затриманий терорист повідомив, що для замаху на Айхгорна його направили з Москви, а крім того готуються замахи на П.Скоропадського, німецького генерала Гренера, посла Німеччини в Україні фон Мумма [199].

Велику небезпеку суверенітету й громадському спокою Української Держави несла підривна діяльність російських шовіністичних організацій під прапором "білого" руху, метою якого було відновлення "єдиної неподільної Росії". Проросійські підпільні та легальні організації тісно співробітничали з головною ударною силою "білих" - Добровольчою армією, що дислокувалася на Північному Кавказі, готуючись до боротьби проти більшовиків і нових національних незалежних держав. "Біле" підпілля збирало інформацію про Україну в інтересах Добровольчої армії, розгортало антиурядову агітацію, формувало збройні загони для відкритого виступу проти Гетьмана. Підпільні організації мали свою агентуру навіть серед вищих державних кіл Гетьманату. Відомо, що ряд вищих сановників, представники генералітету, офіцери особистого конвою П.Скоропадського надсилали в Добровольчу армію запевнення у лояльності до "російської ідеї", вступали в контакти з пропозиціями своїх послуг щодо організації державного перевороту [200].

Роботу "білого" підпілля полегшувала наявність в Україні (особливо - у Києві та Одесі) добре скоординованих та озброєних організацій російських націоналістів ("чорносотенців"), котрі виникли ще до 1917 р. Крім того, рятуючись від "червоного терору", на територію України іммігрувала велика кількість російського офіцерства. Наприклад, восени 1918 р. в Україні перебувало: 40 тис. офіцерів у Києві, 15 тис. - у Херсоні, 10 тис. - у Сімферополі, 8 тис. - у Катеринославі, 5 тис. - у Житомирі тощо [201]. Традиційно офіцерство було опорою російської монархії, і "білі" заколотники могли на цьому грати. Ідейне натхнення "біле" підпілля отримувало і від представників російської політичної, підприємницької та військової еліти, яка стояла на позиції "неподільності" Росії. До Києва при Гетьмані прибули такі її діячі, як П.Мілюков, мільйонер Рябушинський, ідеолог чорносотенства В.Пуришкевич, відомий монархіст В.Шульгін, колишні царські високі урядовці Гурко, Нелідов, генерали Драгомиров, Лукомський та інші [202].