Не меншу загрозу безпеці країни становили й внутрішні чинники. У перші ж тижні влади Директорії був виданий наказ в.о. військового міністра з переліком злочинних дій, що загрожували державній безпеці: невиконання бойових наказів і дезертирство, розголошення військової таємниці тощо. Винні оголошувалися "ворогами УНР", а їх рідні підлягали виселенню за межі республіки. Грабунки, знищення державного майна, "самочинне захоплення влади особливими групами", тобто заколоти з метою захоплення влади, мали каратися за законами воєнного часу. До державних злочинів було віднесено "всяку агітацію проти незалежності й об'єднання всіх українських земель проти Верховної влади Республіки, командування військами, вільного культурно-політичного і економічного розвитку України, створення партій і організацій, ворожих Українському руху", а також підривну пропаганду у військах. Особи, що скоїли такі злочини, повинні були віддаватися до суду або висилатися за межі УНР [386].

Спробуємо виділити основні внутрішні чинники оперативної обстановки в УНР: замахи до насильницького повалення існуючого ладу шляхом збройних виступів й заколотів; діяльність незаконних збройних формувань; масові військові злочини проти цивільного населення; розклад частини державного апарату, в т.ч. і силових структур, злочини державних службовців; порушення режиму збереження військової і державної таємниці. За словами командуючого Армією УНР генерала М.Омеляновича-Павленка, "до катастроф на фронті приєднувалися труднощі й авантюри на запіллі" [387].

Загрозливим явищем ставали спроби повалення уряду окремими військовими посадовими особами. Так, у квітні 1919 р. у Рівному було сформовано новий уряд УНР під головуванням Б.Мартоса. Однак проти цього кабінету виступили лідери правих соціалістів (УПСС) й консерваторів (республіканська партія), котрі вирішили здійснити державний переворот, головним збройним знаряддям якого мала стати Північна група військ УНР отамана В.Оскілка. Рішучості останньому додало і те, що незабаром його зняли з посади за поразки під Коростенем і Новоградом. 28 квітня Оскілко та його прибічники заарештували нового командуючого Північною групою отамана Желіхівського й начальника штабу Протазанова. Намагалися вони затримати і С.Петлюру та начальника Штабу Армії УНР. Заколотники заарештували половину міністрів, а Оскілко оголосив себе "командиром збройних сил України". Війська не підтримали заколотників, а один із підрозділів під командуванням М.Омелюсика придушив виступ. Сам отаман, прихопивши казну Північної групи, втік до Польщі [388].

Отже, не важко побачити, що прагнення окремих військових начальників до захоплення управління всіма збройними силами часто збігалися з намірами опозиційних Директорії політичних партій. Наведемо ще характерні приклади. У березні 1919 р. 5 отаманів і 10 полковників створили у Вапнярці "Революційний Комітет" (очолив його український есер, отаман Волох), який увійшов у таємні переговори з радянською Росією. Прибічники Волоха 11 січня 1920 р. роззброїли залогу в Умані й здали місто Червоній армії [389]. Відома і спроба військового заколоту отамана П.Болбочана, який нібито намагався самочинно взяти командування над Запорізьким корпусом, однак був заарештований і за вироком військово-польового суду розстріляний [390].

Державному ладу в республіці, боєздатності її збройних сил серйозно загрожувало існування й протиправна діяльність незаконних збройних формувань, виникнення у запіллі "волосних республік" на чолі з анархічними отаманами та "батьками". Найбільш потужним таким утворенням була селянська армія анархіста Н.Махна, яка досягала чисельності у десятки тисяч багнетів і шабель та кількасот кулеметних тачанок. Базою махновського повстанського руху були Катеринославський, Херсонський, Таврійський повіти і частина Донбасу. При штабі армії існували і власні спецслужби, їх підрозділи були і в штабах корпусів. Диверсійною роботою відав інспектор підривних команд. Функціонували розвідка і контррозвідка. Розвідкою керував начальник штабу В.Бєлаш. Контррозвідку очолював Л.Голік, його помічником був Л.Зиньковський ("Льова Задов"). Останній з часом став керівником контррозвідки 1 корпусу повстанської армії. Але, за багатьма джерелами, він завдяки своєму авторитету фактично керував усією махновською контррозвідкою [391].

Розвідувальні акції махновців відзначалися високою ефективністю, тому що спиралися на великий контингент селянства, котре співчувало Н.Махну. Завдяки такій підтримці вдалося створити розгалужену агентурну мережу, для зв'язку використовувалися кур'єри - підлітки 14-15 років з підробленими радянськими документами, жінки, літні люди, жебраки. Для збору інформації направлялися спеціальні корпусні розвідгрупи. Так, у грудні 1919 р. розвідка Донецького корпусу направила в район Херсона-Нікополя групу з чотирьох своїх співробітників, котрі здобули важливі відомості про настрої місцевого населення, дислокацію ворожих військ, склад органів безпеки денікінців тощо [392].

За словами денікінського офіцера, у Н.Махна існувала "таємна і швидка розвідка при допомозі співчуваючого населення", котру відзначали "неймовірна швидкість пересування, несподівана поява там, де їх не чекають, і така ж швидкість безслідного зникнення". Її робота "відбувалася переважно вночі чи вдосвіта. У таких випадках махновців завжди супроводжувала удача" [393].

Не менш чітко працювали й махновські контррозвідники. Їм, наприклад, вдалося виявити операцію, котру з метою ліквідації Н.Махна розробляв сам начальник ВУНК Манцев. Іншого разу було викрито і знешкоджено 9 агентів особливого відділу 42 стрілецької дивізії Червоної армії, засланих з тією ж метою [394]. Ці та інші успіхи мали місце завдяки вмілому керівництву Л.Зиньковського-Задова - людини мислячої, але жорстокої. Він не вагаючись віддавав накази про розстріли багатьох людей, сам брав участь у допитах із застосуванням тортур, часто власноручно страчував полонених. Щоправда, ці "заслуги" Льови Задова зіграли в його подальшій долі фатальну роль. Після розгрому махновського руху він опинився за кордоном, потім з каяттям повернувся в СРСР, з 1924 по 1937 рр. служив у ДПУ-НКВС, а в 1938 р. був розстріляний [395].

Збройні повстанські формування, що не визнавали центральної влади, подекуди досягали значної чисельності й неабияких бойових можливостей. Так, загони отамана М.Григор'єва на півдні України нараховували до 15 тис. вояків, мали 52 гармати і 700 кулеметів. Поширювалися "безідейні" та бандитські угруповання [396].

В умовах скрути на фронтах, прорахунків керівництва держави, підривної пропаганди зовнішніх противників і некомпетентності окремих воєначальників знижувалась боєздатність Збройних сил УНР, падала дисципліна й правопорядок у військах. Цьому сприяла і поведінка багатьох командирів регулярних частин. Генерал-хорунжий М.Капустянський вдало намалював портрет одного з таких горе-командирів - отамана Божка: "... Типовий отаманчик і авантюрник високої марки, до того ж не цілком нормальний. Мріяв про гетьманство... пробував воскресити всі звичаї Запорозької Січі у тому вигляді, який вона мала у XYI столітті... За Божком носили булаву (він її взяв у музеї... у Катеринославі), і творив силу різних чудасій. В справах військових отаман Божко був абсолютно профаном, хоча і відзначався особистою хоробрістю і відвагою. Його оточувала ціла зграя авантюрників". Як не дивно, всупереч думці Генштабу С.Петлюра призначив Божка командиром 2-ї піхотної дивізії Армії УНР [397].