Не давая времени казакам оправиться после неуспеха в Молдавии, татары предприняли огромный опустошительный набег на Речь Посполитую. Грабя и разоряя населенные места, захватывая сотни тысяч пленных и скота татары прошли Украину-Русь и вторглись глубоко в земли Речи Посполитой. Как раз в это время, после бегства короля Генриха Валуа во Францию, Речь Посполитая переживала очередной период междуцарствия и перепуганные, дезорганизованные магнаты и шляхта не смогли дать татарам отпор.

Только казаки, соединившись с войсками князя Острожского, православного магната с Волыни вели борьбу с татарами, которые вскоре, отягощенные добычей, вернулись в Крым. Этот набег по своим размерам и опустошению был одним из самых страшных со времени Батыя.

Во время этой борьбы с татарами особенно, выдвинулся православный князь Богдан Ружинский. Отказавшись от своего княжеского достоинства и всех привилегий, Ружинский вошел в казачью среду равноправным членом, а вскоре был избран казаками гетманом. После приведения в порядок и реорганизации казачества Ружинский совершил несколько удачных походов против татар и, как пишет летописец, “перебил тьму басурман и освободил множество невольников”.

События эти совпали с выбором нового короля Речи Посполитой – Стефана Батория (1576 г.). Баторий, известный своими войнами с Иваном Грозным, обратил внимание на новую силу в его государстве – казачество и решил ее использовать как силу военную, а также и полицейскую. Баторий знал непримиримо враждебное отношение казачества к католицизму, с которым, не без основания, и казаки и вся Украина-Русь связывали все виды угнетения и насилия. Поэтому он внешне резко изменил политику своего предшественника Сигизмунда в религиозном вопросе и заявил, что он “король над людьми, а не над их совестью”, чем сразу приобрел симпатии православного населения своего государства.

Эта внешняя “веротерпимость” не помешала ему однако, после взятия от Ивана Грозного Полоцка, все многочисленные церкви этого древне-русского православного города передать иезуитам. И только после многочисленных протестов населения – часть церквей была возвращена православным, что их несколько успокоило.

Второй религиозный конфликт при Стефане Баторие был вызван введением Грегорианского календаря (нового стиля) в 1582 г.

Не предполагая, что это может вызвать осложнения, Баторий издал приказ о переходе на новый стиль не только в гражданской жизни, но и в церковной, всех вероисповеданий. Приказ этот вызвал негодование у всех православных, ибо он исходил от ненавистного им папы римского Григория; они отказались ему подчиниться и продолжали праздновать праздники по старому стилю.

В конфликт вмешалась католическая церковь, что еще более озлобило православных. Львовский католический архиепископ Суликовский в Рождественский сочельник 1582 года со своими канониками и отрядами, войска решил воспрепятствовать совершению богослужения православных по старому стилю. Он врывался в православные храмы, разгонял молящихся, выволакивал священников из алтарей и запечатывал церкви.

Эти дикие выходки высшего представителя католической церкви и его паствы вызвали такое возмущение православных, что началось во Львове настоящее восстание. Только благодаря вмешательству Львовского православного архиепископа Балабана удалось предотвратить кровополитие.

По просьбе Балабана король Баторий отменил свой приказ об обязательном переходе православной церкви на новый стиль и этим приобрел большую популярность у всего православного населения Речи Посполитой.

Баторий, как дальновидный политик и опытный полководец, обратил свое особое внимание на казачество и провел его организацию.

Всех казаков тогда насчитывалось около 20.000, не считая Запорожцев, число которых в то время колебалось от 4.000 до 6.000 тысяч. Баторий разделил их на полки, а полки на сотни. Во главе казаков стоял гетман, избираемый всеми казаками. Король имел право утвердить или не утвердить избранного гетмана, и, в последнем случае, назначить новые выборы. Полковников, сотников и полковую и сотенную администрацию (есаулов, судей, обозных) выбирали казаки соответствующего полка или сотни, а утверждал гетман.

Полки и сотни были не только чисто военными подразделениями, но и административными единицами. Полковая и сотенная администрация осуществляла свою власть над всеми казаками (и их семьями) на территории своего полка и сотни, не распространяя ее однако на не-казачье население полка или сотни: крестьян, мещан и шляхту.

Из всего казачества было отобрано 6.000, получивших особые привилегии: освобождение от налогов, свободное владение землей, которую занимали в момент регистрации (иногда крупные площади), а также бесплатно от государства коня, ружье, копье и ежегодно по одному дукату и по одному кожуху (шубе).

Эти 6.000 казаков были внесены в особый список – “реестр”, откуда и пошло название “реестровых” казаков. В реестр попали, главным образом, состоятельные казаки, среди них немало так называемых “шляхетных” то-есть происходивших из православной шляхты. Многие реестровые казаки владели и земельными угодьями, на которых работали беднейшие казаки, а также “подсуседки”, “коморники” и другие неимущие классы населения. Для экономического усиления реестровых казаков правительство нередко давало им в собственность землю или смотрело сквозь пальцы на самовольные захваты земельных угодий, казаками и их верхушкой – казачей старшиной.

Создавая зажиточное реестровое казачество, Речь Посполитая вносила классовое разделение в казачества, которое она хотела использовать не только, как военную силу, но и как силу полицейскую “для обуздания своеволий посполитых”, простонародья, как говорили поляки.

Не вошедших в “реестр” казаков правительство намеревалось постепенно слить с крестьянством и превратить в крепостных.

Попытки осуществить эти намерения привели вскоре к обратным результатам – восстаниям всего населения Украины-Руси против Польши. При чем руководящую роль в этих восстаниях сыграло именно казачество.

Характерно при этом, что в восстаниях приняло участие подавляющее большинство реестровых казаков, несмотря на свои лривилегии и на то, что социальная программа восстаний – равенство и уничтожение привилегий – шли, в разрез с их узко-классовыми интересами. В данном случае не “бытие определяло сознание”, а национально-религиозное самосознание одержало верх над интересами бытия.

Но, несмотря на организационное оформление и ряд привилегий, казачество не стало послушной правительству Речи Послолитой силой, а продолжали вести “свою” политику. Так, непосредственно за утверждением королем в звании гетмана, Богдан Ружинский предпринял ряд успешных набегов на Крым, освободил множество пленных невольников и сам погиб в бою во время последнего набега. В это время, Речь Посполитая находилась в состоянии мира и с Турцией, и с Крымом, которые настойчиво требовали от Польши не только прекращения казацких набегов, но и наказания виновных. Баторий отдавал строгие приказы, но казаки не обращали на них никакого внимания и продолжали свою борьбу с татарами и турками. Баторий вынужден был сообщить Турции, что казаки находятся вне пределов его власти, поделать с ними он ничего не может и ответственность за действия казаков Речь Посполитая не несет. После гибели Ружинского казаки выбрали себе гетманом Шаха, которого Баторий и утвердил в должности.

Шах продолжал военные действия против татар и турок, имея своим помощником Ивана Подкову, брата молдавского Господаря. Подковой его прозвали казаки за необычайную силу: по преданию, он двумя пальцами ломал подшву.

Когда умер брат Подковы – молдавский Господарь, то казаки решили поддержать притязание Подковы на молдавский престол и с большими силами вторглись в Молдавию, которая находилась в вассальной зависимости от Турции.

Вторжение это вызвало совместное выступление Польши и Турции против войска Подковы. Видя превосходство неприятеля, Подкова решил отступить и вернуться с казаками на Украину. По дороге он был обманом задержан во Лывове, брошен в тюрьму, и по приказу Батория, ему была публично отрублена голова на рынке во Львове.