Когда бассейн Оби был покорен русскими, правительство решило прекратить незаконные операции с пушниной, наносившие огромный ущерб казне. Уже в 1598 г. для разведки «Мангазейских мест» Москва направила небольшой отряд Федора Дьякова. На четырех кочах он двинулся из Тобольска по Иртышу, Оби и Обской губе, но достичь ядра Мангазеи, т. е. Таза, ему, видимо, не удалось. Дьяков и его спутники побывали в некоторых районах Обской губы, а зазимовали в Надымском городке. К началу зимы туда же прибыл Юрий Долгушин с партией промышленников — очевидно, они воспользовались Казымо-Надымским путем. Летом 1599 г. объединенный отряд, вероятно, все же проследовал на р. Таз по речным системам Надыма и Пура и волокам между ними. Собрав ясак, Дьяков вернулся в Москву зимой 1600 г.

Тогда последовал приказ об организации первой русской правительственной экспедиции в Мангазею. В ней участвовала сотня тобольских казаков под командой воеводы князя Мирона Михайловича Шаховского и «письменного головы» Даниила Хрипунова. Из Тобольска летом 1600 г. экспедиция спустилась до Березова, где соединилась с 50 березовскими казаками; привлечены были и местные торговые люди. В Березове они построили морские суда — четыре коча.

На них и на двух речных судах (коломенках) экспедиция вышла в Обскую губу. В пути коломенки прибило к берегу, они наполнились водой, «муку и толокно подмочило, а крупы и соль потонули». На помощь пришли ненцы. «И они [русские] поднялись на оленях и тем своим достальным запасом кормили самоядь, а сами до Мангазеи шли на лыжах…» Не выяснено, каким путем двигался отряд, несомненно лишь, что он проследовал за Пур и тут подвергся нападению: «Енисейская самоядь своровали, князя Мирона и Данило за рекою за Пурою в днище [день пути] их разгромили, и наряд, и зелье [порох],.и свинец, и запасы поймали, а князь Мирон.и Данило отшел [ушел[…», потеряв 30 человек. Раненый Шаховской и 60 казаков на оленях в августе 1600 г. вернулись в Березов.

Вероятно, поздней осенью он с уцелевшими людьми на лыжах вновь прибыл на р. Таз и приблизительно в ноябре начал строительство Мангазейского острога. Судьба Хрипунова и остальных участников похода не выяснена; установлено лишь, что на восточном берегу Тазовской губы произошла еще одна стычка с ненцами, в результате погибло восемь казаков.

Неизвестно, чем было вызвано нападение самояди. Предполагали, что они восстали из-за незаконных действий промышленников[147], проникавших в Мангазею тремя путями: только по суше — на нартах, обычно с оленьей упряжкой, и на лыжах; по суше до Березова, а оттуда водою; морем из Пустозерека, используя волоки между верховьями ямальских рек. При благоприятных ледовых условиях поморы пользовались и прямой морской дорогой, огибая с севера п-ов Ямал. Конечно, пути в Мангазею хорошо знали обдорские остяки, но их князь отказал дать русским проводников. Правда, местные власти доверяли им еще меньше, видя «его [князя] и в остяках шатость заодно с самоядью». Опасались они даже за судьбу березовского гарнизона.

В помощь мангазейскому отряду в 1601 г. направились воеводы — князь Василий Михайлович Масальский-Рубец и Савлук (Лука) Пушкин. В Тобольске и Березове на 10 больших и четыре малых судна они посадили стрельцов, казаков и пленную «литву» — всего 300 человек, но в «вожи» (проводники) им предписывалось брать, конечно, по необходимости, «зырян торговых людей и вымичь… которые Мангазейский и Енисейский ход знали и толмачить [переводить] умели». Если воеводы ничего не узнают в Березове о Шаховском и Хрипунове, они должны идти «в Мангазею и Енисею на Тазовское устье». (Следовательно, под «Енисеей» здесь понимается не река, а местность за Мангазеей, по Тазу.) Придя туда, они должны разведать с помощью зырян, где лучше поставить город. Торговым людям разрешалось закупать в Мангазее пушнину при условии уплаты государевой десятины со всей добычи и держать при себе «запасы и всякое съестное» для себя и на продажу, кроме заповедных товаров — воинского снаряжения, оружия, железных изделий и вина. Если же у торговцев находили заповедные товары, все их имущество отбиралось в казну. Добравшись до Таза летом 1601 г., воеводы выяснили, что Шаховскому все же удалось построить там город, но не в устье, а гораздо выше, — в 300 км на правом берегу реки.

Очевидно, один из участников похода составил карту Обской и Тазовской губ, датируемую М. И. Беловым 1601—1603 гг. На этом чертеже, озаглавленном «Губа море Мангазейско с урочищи», конечно, с искажением в виде огромного полуострова показана «Земля самоедская», дренируемая несколькими реками, с островом у «вершины»— несомненно, п-ов Ямал с о. Белым у северной оконечности. На материке нанесено несколько рек, текущих в Обскую губу, в том числе Надым, отмечены поворот берега «к востоку», в Тазовскую губу, и сама губа с впадающими реками, включая Пур и Таз; изображена часть восточного побережья Гыданского п-ова примерно до широты о. Белого. Этот чертеж, впервые дающий представление о северных приморских районах Западной Сибири, имел влияние на русскую картографию вплоть до начала XVIII в.

После основания Сургута вся средняя и верхняя Обь была в несколько лет пройдена русскими промышленниками. Они разведали пути к различным обским «народцам». За ними следовали сургутские казаки и объясачили всех живших по Оби остяков. От основанного в 1595 г. Нарымского острога промышленники и казаки продолжали продвигаться вверх по реке, отыскивая новые «угодные» места и новые «ясашные землицы». На средней Оби они обычно не встречали сопротивления, и к концу XVI в. русская власть распространилась почти до р. Томи. Ясак стало давать также все население по р. Кети, впадающей справа в Обь приблизительно в 100 км выше Нарыма. В 1596 г. в ее нижнем течении воевода Молчанов заложил Кетский острог. Выше Кети по Оби и ее крупнейшим правым притокам Чулыму и Томи жили «татары» — тюрко-язычная территориальная группа так называемых чулымцев. Они оказали русским более упорное сопротивление, чем коренное население средней Оби. Для борьбы с ними и, конечно, для сбора ясака на р. Томи, в 65 км от устья, в 1604 г. был построен г. Томск, сыгравший значительную роль в освоении юго-востока Западной Сибири.

В бассейне верхней Томи, по pp. Кондома и Мрас-Су, жили оседлые шорцы, по происхождению и культуре близкие северным алтайцам. Русские стали называть их кузнецами, так как их область славилась богатыми месторождениями железных руд, из которых они выплавляли железо и вырабатывали различные изделия, включая доспехи, котлы и холодное оружие — стрелы, ножи и т. д. Проникнув в их земли, русские открыли Салаирский кряж и Кузнецкий Алатау и' вышли к западным склонам Абаканского хребта. Это была первая горная страна, встреченная русскими за Уралом, и покорять ее оказалось гораздо труднее, чем Западно-Сибирскую равнину, чьей юго-восточной границы они достигли и, следовательно, выяснили ее примерные размеры (площадь около 2,6 млн. км²).

В 1607 и 1609 гг. несколько томских казаков посылались к «кузнецким татарам» на разведку, нельзя ли у них собрать ясак, но в первый раз вернулись ни с чем, а во второй с ничтожными результатами. Разведчики утверждали, что воевать «кузнецов» очень тяжело: «Живут в крепостях в великих, и болота обошли и зыбели великие и ржавцы; а зимой живут снеги великие, и воевать их, кроме лета, из жары, неможно». Несмотря на такие сведения, воинский отряд в 40 казаков атамана Ивана Павлова ходил к «кузнецам» зимой 1609/10 г., и опять с небольшими результатами. Летом 1610 г. близ устья р. Кондомы он поставил Абинский городок — ныне г. Абагур. В новом походе, организованном в конце 1615 г., принимало участие 200 служилых людей под командой атамана Бажена Константинова и сотника Ивана Пущина. Казаки, разделившись на несколько партий, поднялись в долины pp. Мрас-Су и Кондомы, овладели рядом селений (улусов), захватили аманатов и силой начали собирать ясак. Отказывавшихся платить били, а особенно непокорных убивали. На помощь шорцам прибыло пятитысячное войско «татар» и окружило отряд русских. Выдержав 2,5-месячную тяжелую осаду, казаки вырвались с большими потерями и вернулись в Томск. Власти сочли необходимым поставить новый острог на Томи выше по течению. Только в мае 1617 г., когда в устье Кондомы был основан Кузнецк, русские укрепились в Горной Шории. Но лишь к 1625 г. кузнецкие казаки вышли на верховья р. Томь. Покорение шорцев завершилось в 1627 г., когда был получен первый ясак с жителей «Киченской землицы» — верховья pp. Мрас-Су и Кондомы.