Изменился и приказный строй. Приказное управление было настолько громоздким, сложным и запутанным, что историки и сейчас испытывают затруднения при классификации приказов. Название «приказ» произошло от глагола «приказать». Одни приказы действовали постоянно, и их права распространялись на всю страну. К ним относились Разряд, Поместный, Ямской, Монастырский, Стрелецкий и др. В группу постоянно действующих приказов историки зачислили и так называемые областные приказы — приказы, управлявшие определенной территорией: Сибирский, Казанского дворца, Смоленский и т. д. Иные приказы существовали несколько лет или даже месяцев. Недолговечным приказом был, например, Приказ боярина Одоевского, занимавшийся составлением нового Уложения. Работу над ним приказ завершил в 1649 году и тогда же прекратил существование. Другим типом недолговечных приказов был Записной приказ. Он перестал действовать не потому, что выполнил поручение, а вследствие того, что не справился с ним — ему надлежало написать историю царствования Алексея Михайловича.
Всего на протяжении XVII века, а этот век считается временем расцвета приказного строя, в России насчитывалось около 80 приказов. Для центрального аппарата этого столетия характерно отсутствие четкого разграничения дел между приказами. Знаменитая приказная волокита была порождена, в частности, отсутствием уставов и регламентов, определяющих права и обязанности приказов, что вынуждало их по всякому пустяку просить указа у Боярской думы или царя.
Во второй половине XVII столетия предпринимались попытки преодолеть недостатки приказов. Иногда управление группой приказов сосредоточивалось в руках одного лица: тесть царя Алексея Михайловича боярин Милославский руководил работой четырех приказов. Другой путь совершенствования приказного строя состоял в уменьшении числа приказов, объединении нескольких родственных учреждений. Впрочем, реальное значение подобных мер было невелико — к концу столетия в стране насчитывалось свыше 40 приказов. И все же эти попытки показательны, поскольку отражали характерный для абсолютной монархии процесс централизации управления.
Эволюция приказного строя и Боярской думы протекала медленно и практически безболезненно. Напротив, установление преобладания светской власти над духовной происходило в атмосфере острой борьбы, насыщенной драматическими событиями. Кульминационным пунктом соперничества светской и духовной власти было дело Никона.
Никон, человек властный и высокомерный, став в 1652 году патриархом, при царе Алексее Михайловиче достиг огромного влияния. Его власть распространялась не только на духовное ведомство, он вторгался и в светские дела, носил наряду с царем титул «великого государя». Во время отсутствия царя в Москве Никон управлял Боярской думой и самостоятельно решал военные и гражданские вопросы. Патриарх Никон сравнивал архиерейскую власть с солнцем, а царскую — с ночным светилом, отражающим свет солнца. Деятельность Никона, не терпевшего возражений, вызвала недовольство и среди духовной братии, и среди влиятельных бояр.
Исподволь назревавший конфликт завершился разрывом царя с патриархом, а затем и его низложением — в 1666 году Никона под охраной стрельцов отправили в Ферапонтов монастырь, где он жил простым монахом на скудном довольствии.
Притязаниям Никона был дан отпор. Однако низложение честолюбивого патриарха не означало полного крушения церковной власти и не исключало возможности возобновления борьбы.
Регулярную армию Петр создавал тоже не на пустом месте. Старинная организация вооруженных сил претерпела существенные изменения еще при его предшественниках. Пало значение поместного войска, созываемого на случай военных действий и распускаемого по домам, как только военные действия прекращались. Участие в войнах стрелецкого войска, составлявшего постоянный контингент вооруженных сил, тоже значительно сокращается. Стрельцы выполняли преимущественно полицейские функции, их использовали для охраны царской резиденции, сопровождения царя и членов его семьи в походах, а также для подавления восстаний горожан.
Вместо архаического дворянского ополчения и стрелецкого войска в вооруженных силах все большее значение приобретали так называемые полки нового строя — рейтарские, драгунские и солдатские. Комплектование этих полков предвосхитило будущую рекрутскую систему, введенную Петром. Оно проводилось путем привлечения на пожизненную службу крестьян и горожан от определенного числа дворов.
В полках нового строя можно разглядеть некоторые черты регулярной армии. Изменения, происходившие в организации вооруженных сил, отражали общую эволюцию государственного строя — переход к абсолютизму. Этой государственной системе характерна регулярная армия. Однако формирование такой армии в XVII веке не могло быть завершено, ибо в стране отсутствовало развитое мануфактурное производство, способное обеспечить вооруженные силы однотипным вооружением, снаряжением и обмундированием.
Не приобрели устойчивости и попытки создания военно-морского флота. На верфи в подмосковном селе Дединове по царскому указу 1667 года было намечено построить несколько морских судов для защиты торговых интересов русских купцов на Каспийском море. Корабль «Орел» с незаконченной оснасткой находился у Астрахани и был сожжен Разиным в 1670 году.
Потребности времени вызывали изменения в области культуры. Церковная идеология сохранила господствующее положение во всех сферах культурной жизни населения, но вместе с тем зарождался интерес к светской культуре. Образованные слои горожан и дворянства уже не довольствовались усвоением богословских истин и проявляли стремление к научным знаниям, к литературе, рассказывающей не о подвигах библейских героев, а о жизни обыкновенных людей. В живописи наметилась тенденция к реализму, в архитектуре пробивали путь светские элементы. В целом во всех областях духовной жизни общества было положено начало явлениям, которые принято называть «обмирщением культуры», то есть проникновением в нее светских начал.
