Апелляция Софьи к оставшимся в Москве стрельцам, призыв встать на защиту своего начальника успеха не имели. Правительнице пришлось выдать фаворита, он был 7 сентября доставлен в монастырь, подвергнут допросу и пыткам и через пять дней казнен вместе с главными сообщниками.
Выдача Шакловитого означала полное поражение Софьи. Петр и его сторонники вполне овладели положением. Стрельцы вышли встречать ехавшего в Москву царя, в знак покорности легли вдоль дороги на плахи с воткнутыми топорами и громко просили о помиловании.
Еще продолжался розыск над Шакловитым, а Петр, находясь в Троице, отправил брату Ивану письмо с решением отстранить Софью от власти. «Срамно, государь, при нашем совершенном возрасте тому зазорному лицу государством владеть мимо нас». Далее Петр испрашивал разрешения «не отсылаясь к тебе, государю, учинить по приказом правдивых судей, а не приличных переменить, чтоб тем государство наше успокоить и обрадовать вскоре».
Письмо подводило итоги придворной борьбы и свидетельствовало о торжестве группировки Нарышкиных: Софья объявлялась «зазорным лицом» и в конце сентября была заточена в Новодевичий монастырь. Другим следствием переворота надлежит считать фактическое отстранение от дел слабоумного брата Ивана. Хотя в письме Петр и выразил готовность почитать своего старшего брата «яко отца», но решение всех практических вопросов сторонники Петра взяли в свои руки. К царю Ивану «не отсылались» не только в данном случае, когда формировали новое правительство, но и в последующие годы. Он номинально исполнял царские обязанности вплоть до своей смерти в 1696 году: присутствовал на приемах посольств, участвовал в церковных церемониях, его имя упоминалось во всех официальных актах.
Отстранение Софьи мало что изменило в поведении Петра. Добившись власти, он тут же проявил к ней полное безразличие. Участие в государственных делах он ограничил выполнением сложной и монотонной программы московского дворцового обихода — выходами в подмосковные и столичные монастыри и соборы, присутствием на семейных празднествах. Ничто не свидетельствовало о его стремлении вникнуть в дела управления. Его резиденцией по-старому оставалось Преображенское. По настоянию матери Петр в тяжеловесном царском облачении появлялся в Кремле лишь на публичных церемониях. Участники некоторых празднеств были поражены новшеством, несомненно исходившим от молодого царя, — тишину нарушала ружейная и пушечная пальба. Но церемонии и празднества Петр оставлял без всяких колебаний, как только заходила речь о марсовых и нептуновых потехах. Одну из марсовых потех царь организовал осенью 1690 года: стрелецкий полк «сражался» против потешных и дворянской конницы. Это противопоставление новых войск старым вошло в обычай, причем стрелецким полкам всегда отводилась роль побежденных. «Бои», не обходившиеся без жертв, чередовались с пирами.
К маневрам следующего года были привлечены значительные силы. Одной армией, состоявшей из потешных и солдатских полков, отрядов рейтар и драгун, командовал «генералиссимус» Федор Юрьевич Ромодановский («генералиссимус Фридрих»), другой, стрелецкой армией — тоже «генералиссимус» Иван Иванович Бутурлин. Началу военных действий предшествовала перебранка, противники, как тогда говорили, «травились», то есть задирали друг друга. Маневры завершились пленением Бутурлина, захватом обоза и знамен, а затем совместным пиром победителей и побежденных, громом залпов.
Увлечение марсовыми потехами чередовалось с забавами на воде. Зимой 1692 года царь отправляется в Переяславль. Туда доставляются в огромном количестве продовольствие и материалы для сооружения кораблей. Петр тоже участвует в строительстве корабля. Он так увлекся работой, что уговаривать его прибыть в Москву отправились виднейшие члены правительства — в столицу приехал персидский посол, и присутствия царя в Кремле требовал дипломатический этикет.
В августе корабли пустились в плавание по Переяславскому озеру. Его акватория ограничивала размеры кораблей и возможность маневрирования ими. Петра тянули морские просторы и настоящие корабли. Россия того времени располагала единственным морским портом — Архангельском. Туда в сопровождении многочисленной свиты — бояр, окольничих, стольников и 40 стрельцов в 1693 году отправляется Петр. Здесь он впервые увидел настоящие морские корабли — английские, голландские, немецкие, — доставившие сукна, галантерею, краски. Другие корабли ожидали погрузки мачтового леса, кож, мехов, пеньки, икры. На небольшой яхте Петр впервые совершил непродолжительное морское путешествие.
Поездка к морю в 1693 году носила разведывательный характер. У царя созрела мысль повторить поездку в Архангельск в следующем году, причем было решено более тщательно подготовиться к ней. Здесь был заложен корабль, наблюдение за его достройкой Петр поручил воеводе Федору Матвеевичу Апраксину.
В январе 1694 года умерла мать царя Наталья Кирилловна. Смерть ее выявила две черты характера царя, с которыми мы много раз будем встречаться в будущем: пренебрежение обычаями и стремление пережить горе в одиночестве. 25 января, когда положение царицы стало безнадежным, сын простился с нею и тотчас уехал в Преображенское, где, по свидетельству современников, в уединении скорбел по поводу потери. Отсутствовал он и на похоронах матери. Можно лишь догадываться, сколько пересудов вызвало такое поведение Петра у москвичей. Ранее этого Петр не участвовал и в траурной церемонии похорон своего второго сына Александра, умершего семи месяцев. Если в этом случае отсутствие Петра можно объяснить его неприязнью к жене и нежеланием находиться в обществе ее родственников и близких, то на похороны нежно любимой матери он, несомненно, не явился по иной причине — не желал показывать другим свои слабости. На третий день после похорон он прибыл на могилу и в одиночестве оплакивал ее смерть. Воеводе Апраксину о своем горе Петр сообщил кратко и выразительно: «Беду свою и последнюю печаль глухо объявляю, о которой подробно писать рука моя не может, купно же и сердце».
