Петр и раньше располагал сведениями о тайных связях сына с матерью, поэтому бегство царевича дало повод царю заподозрить в причастности к нему инокини Елены. 9 февраля 1718 года царь отправил собственноручно написанное распоряжение капитану-поручику Скорнякову-Писареву: «Ехать тебе в Суздаль и там в кельях жены моей и ее фаворитов осмотреть письма, и ежели найдутся подозрительные, по тем письмам, у кого их вынут, взять за арест и привесть с собою, купно с письмами, оставя караул у ворот».

Скорнякову-Писареву понадобилось всего три дня, чтобы прискакать в Суздаль, произвести обыск, изучить переписку, взять под стражу заподозренных лиц и доложить через курьера обо всем царю. 12 февраля Петр из Преображенского отправил следователю повое распоряжение: «бывшую жену и кто при ней, также и кто ее фавориты, и мать ее, привезти сюда, а перво розыщи, для чего она не пострижена, что тому причина, и какой был указ в монастырь о ней, как ее Семен Языков привез, и кто в то время был, и кто о сем ведает, всех забери и привези с собою».

Привлеченные к следствию лица, вхожие в келью Елены, показали, что она «многажды к себе пускала днем и по вечерам Степана Глебова». Не отпирался от этого и Глебов. Бывшей царице ничего не оставалось, как признать: «Я с ним блудно жила в то время, как он был у рекрутского набору; и в том я виновата».

Розыск был нацелен на то, чтобы добиться от Глебова признания, что он осуждал поведение царя, вторично женившегося при живой супруге, и пытался поднять бунт. Глебов, однако, перенес три жестокие пытки, каждый раз отрицал все обвинения, за исключением прелюбодеяния. Но и этого было достаточно, чтобы подвергнуть любовника мучительной казни — его посадили на кол. Следствие не установило причастности матери к бегству сына. Именно поэтому инокине Елене была сохранена жизнь — ее отправили в Ладожский монастырь, где она находилась под строгим надзором до 1728 года, когда из заточения ее освободил внук — Петр II.

В дни между 26 июня, когда умер царевич, и 30 июня, когда состоялись его похороны, уклад жизни двора в Петербурге нисколько не изменился. «Смерть эта, — читаем в донесении дипломата, — не помешала отпраздновать на следующий день (то есть 27 июня) с обычным торжеством годовщину Полтавской битвы, знаменитого поражения шведов, послужившего началом их упадка и величия царя; по этому случаю в почтовом доме был великолепный обед и бал». А вот протокольная запись, внесенная в гарнизонный журнал, регистрировавший важнейшие события в жизни столицы от 29 июня: «Пополудни в 7 часу спущен в Адмиралтействе новопостроенный корабль, именуемый „Лесной“, который построен его величества собственным тщанием, где изволил быть и его величество и прочие господа сенаторы и министры, и веселились довольно». На следующий день царь присутствовал на похоронах сына.

Через месяц после смерти царевича Петр, находясь в Ревеле, отправил Екатерине загадочное письмо, смысл которого трудно уяснить: «Что приказывала с Макаровым, что покойник нечто открыл (расскажу), когда бог изволит вас видеть; я здесь услышал такую диковинку про него, что чуть не пуще всего, что явно явилось».

Что за «диковинку» довелось услышать царю в Ревеле? Не подразумевались ли под «диковинкой» полученные царем сведения о том, что Алексей предпринимал шаги к тому, чтобы из Неаполя бежать в Швецию и добывать престол при помощи войск Карла XII? Догадка на этот счет подтверждается донесением барона Герца, руководителя шведской делегации на Аландском конгрессе, в котором он сетовал на то, что с отдачей Алексея в руки Толстого и Румянцева упущена возможность получить выгодные условия мира.

Было бы ошибкой усматривать в отношениях между Петром и Алексеем только семейную трагедию, порожденную различными темпераментами, складом характеров, духовным обликом отца и сына. Суть непримиримых противоречий состояла и не в том, что Алексей, одолеваемый честолюбием, не брезговал самыми гнусными средствами, чтобы взойти на престол. Все это, разумеется, имело значение, создавало во взаимоотношениях накаленную атмосферу.

Но в данном случае друг другу противостояли не только отец и сын, а две концепции настоящего и будущего России: одну из них претворял в жизнь отец, другую, диаметрально противоположную, намеревался осуществлять сын, как только окажется у власти. Ставка была велика, а дороги расходились круто, определялась судьба страны на века. Как дальше пойдет Россия: по пути ли преобразований, которые выводили ее в число могущественных стран Европы и мира, или по пути все большего отставания.

Нетрудно, наконец, обнаружить в конфликте между отцом и сыном столкновение двух представлений о роли монарха в государстве. Отец считал себя слугой государства и в процессе службы, как он заявлял сам и как подтверждал эти заявления своими делами, «живота своего не жалел», в то время как сын готов был довольствоваться пассивной ролью «помазанника» бога, не обременяющего себя трудом, ратными подвигами, инициативой и участием в управлении государством.. Смерть Алексея не разрешила волновавшего царя вопроса о своем преемнике. Дело в том, что вслед за Алексеем в 1719 году умер и сын царя от брака с Екатериной — четырехлетний Петр, объявленный наследником. Утрата эта вывела из равновесия царя, ибо, как записал современник, «по мнению многих, царица вследствие полноты вряд ли в состоянии будет родить другого царевича». Глубокие переживания Петра сопровождались конвульсивными припадками, он заперся в кабинете и в течение трех дней никого не принимал, отказываясь от пищи.