9 сентября Меншикова лишили всех чинов и наград и сослали с семьей в крепость Ранненбург под Воронежем. У него также конфисковали большую часть имущества и даже отобрали личный перстень с большим яхонтом. Он должен был покинуть Петербург в тот же день после обеда. Семейство бывшего «полудержавного властелина» выехало из столицы в четыре часа пополудни. Впереди огромного обоза двигались четыре кареты с членами семьи Меншиковых: самим светлейшим князем, его женой, свояченицей и деверем, сыном и двумя дочерьми. Все были одеты в простые черные наряды, подчеркивавшие скорбные обстоятельства отъезда. Имущество Меншиковых везли на 100 подводах. Ссыльных сопровождал отряд солдат из 120 человек во главе с гвардейским капитаном.

По дороге к месту ссылки светлейшего князя и его семью ждало еще одно унижение. Их поезд догнал курьер, которому было приказано вернуть Марии Меншиковой ее кольцо и забрать у нее кольцо императора. Так Петр II давал понять, что его помолвка с княжной расторгнута окончательно и бесповоротно. Священникам в храмах дано было распоряжение больше не поминать Марию Александровну как великую княжну и царскую невесту.

В ранненбургской ссылке у Меншикова еще оставалась надежда, пусть и весьма призрачная, на возможное возвращение милости императора. Но весной 1728 года последовал новый указ Петра II, в котором Александр Данилович обвинялся в государственных преступлениях, достойных смертной казни. По милости императора казнь заменялась новой ссылкой – в городок Березов Тюменской области, место по тем временам гиблое и безнадежное. Там Меншиков потерял любимую жену и дочь Марию, которую в мечтах видел русской императрицей. Там он и сам скончался 12 ноября 1729 года. «Полудержавный властелин», бывший генералиссимус и адмирал, ближайший друг и сподвижник Петра Великого и всесильный регент-фаворит его внука, несостоявшийся тесть императора был похоронен тихо, без всяких почестей возле скромной деревянной церкви, которую срубил своими руками в последние годы жизни. Возможно, орудуя топором на ее постройке, всеми забытый и покинутый герой Полтавы и Гангута вспоминал, как когда-то со своим царственным товарищем и покровителем учился плотницкому делу в Саардаме, а потом строил первые русские боевые корабли и походные крепости.

Падение всесильного Меншикова вызвало в столице всеобщую радость, по наблюдениям иностранцев, даже несколько неумеренную. Как остроумно заметил в свое время С. М. Соловьев, «многие, разумеется, радовались от души; другие же показывали радостный вид, чтобы угодить радующимся от души». Но эта радость быстро сменилась новым общим беспокойством. Император все еще был слишком молод и просто нуждался в сильных фаворитах, которые могли бы оказать ему поддержку в управлении страной.

В связи с опалой и ссылкой Меншикова оживились императорские родственники, которых ранее всесильный фаворит держал на расстоянии от трона. Наконец-то получила возможность приехать в Россию двоюродная тетка Петра II, курляндская герцогиня Анна Ивановна, она была приглашена в Москву на предстоящую церемонию коронации государя. Рвалась увидеть «любимого внука» и бабушка императора Евдокия Федоровна Лопухина, которая, несмотря на свое уже давнее пострижение в монастырь под именем инокини Елены, продолжала считать себя царицей и законной вдовой Петра I. Внук освободил ее из Шлиссельбургской крепости и поселил в московском монастыре. Но ей хотелось если не полного, то хотя бы частичного реванша, почестей, богатства, комфорта. Петр и Наталья, никогда не видевшие свою бабушку, не особенно стремились сближаться с почтенной старушкой, а тем более слушаться ее распоряжений. Но во время коронационной поездки в Москву избежать встречи было невозможно из соображений приличия. Брат и сестра посетили Евдокию Федоровну в монастыре. Но при этом демонстративно взяли с собой царевну Елизавету Петровну, чтобы бабушка не увлекалась политическими фантазиями. Тем не менее Петр II терпеливо выслушал наставления Евдокии, касавшиеся его поведения и необходимости жениться и жить в честном браке. Паче чаяния Лопухиной, ее не взяли ко двору, но она получила от внука весьма солидное годовое содержание в 60 тысяч рублей и 2 тысячи дворов с крепостными крестьянами. Не была забыта Петром и его вторая бабушка, с материнской стороны. Герцогиня бланкенбургская получила от внука пенсию в 15 тысяч рублей в год. Любопытно, что в письмах императору и его приближенным обе бабушки, и русская и немецкая, одинаково выражали обеспокоенность тем, что юный император совсем не бережет свое здоровье и порой ведет себя недостойно монарха великой державы.

После отъезда Меншикова в ссылку довольно быстро стали налаживаться отношения императора и с его старшей теткой, голштинской герцогиней Анной Петровной, недавней соперницей в борьбе за обладание троном. В феврале 1728 года у Анны родился сын Петр (ему будет суждено стать русским императором Петром III), и к Петру II обратились с просьбой стать его крестным. Голштинский посол, майор Дитмар, доставивший радостное известие, получил в награду от императора 300 червонных, при российском дворе был устроен роскошный бал. А придворный епископ Феофан Прокопович, словно предвидя императорское будущее новорожденного, писал его родителям:

«Родился Петру Первому внук, Второму – брат, августейшим и державнейшим сродникам и ближним – краса и приращение, Российской державе – опора и, как заставляет ожидать его кровное происхождение, великих дел величайшая надежда».

Но рождение нового члена императорской семьи оказалось сопряжено и с очередной утратой. Анна Петровна так радовалась рождению наследника, что проявила излишнее легкомыслие по отношению к своему здоровью. В день крещения новорожденного голштинского герцога в Киле она захотела во всей красе увидеть праздничную иллюминацию и фейерверк и, вопреки советам фрейлин, велела открыть окна в своих покоях. Ночь была сырой и холодной, герцогиня, простоявшая довольно долго у широко распахнутого окна, сильно простудилась и скончалась через десять дней после крестин своего сына. Перед смертью она просила похоронить ее в Петербурге, возле родителей. Ее последнюю волю племянник-император выполнил. За останками Анны Петровны были отправлены корабль «Рафаил» и фрегат «Крейсер», которые и перевезли тело герцогини на родину. Ее маленький сын остался пока в Голштинии на попечении своего отца – герцога.

По странному стечению обстоятельств очередная неприятность произошла в том же году с одним из бывших женихов Анны Петровны, родственником императорской семьи Александром Львовичем Нарышкиным. За участие в заговоре Девиера он отбывал ссылку в своем селе, подмосковном Чашникове. Молодой император охотился неподалеку, в царских угодьях. Придворные намекнули Нарышкину, что ему стоило бы явиться к государю с поклоном. Но он не воспользовался случаем вновь наладить родственные отношения, а вместо этого повел себя гордо и заносчиво. Императору передали его слова, сказанные в запальчивости: «Что мне ему, с чего поклоняться? Я и почитать его не хочу; я сам таков же, как и он, и думал на царстве сидеть, как он; отец мой государством правил; дай мне выйти из этой нужды – я знаю, что делать!». Александр Нарышкин, видимо, совсем забыл, что случилось с его предками, пожелавшими царского престола в малолетство деда императора – Петра I. Но ему очень повезло, что Петр II был еще юн и не успел испортить характер излишней жестокостью. Император приказал не подвергать своего родственника пытке и, не разглашая обстоятельств дела, дабы не смущать лишний раз народ, отправить Нарышкина в новую ссылку, на сей раз в отдаленную от обеих столиц деревню.

Самыми близкими из родни для Петра II оставались сестра Наталья и тетка Елизавета. Но от рождения слабая здоровьем Наталья Алексеевна все чаще болела. Летом 1728 года она занемогла всерьез, не вставала с постели и уже не участвовала в развлечениях брата и придворных праздниках. 22 ноября великая княжна скончалась, оставив брата в одиночестве. Отношения же с Елизаветой стали более прохладными. Одной из причин этого было взаимное увлечение царевны и нового фаворита императора – молодого красавца Ивана Алексеевича Долгорукого. При дворе поговаривали, что из-за него Елизавета Петровна отказала жениху всех европейских венценосных старых дев – принцу-бастарду Морицу Саксонскому, а незаконнорожденность принца послужила только удобным предлогом, ведь и сама царевна была рождена до официального церковного брака своих родителей.