Хотя условия работы тыла 1-го и 2-го Дальневосточных фронтов были более благоприятными, здесь имелись свои трудности. Значительное влияние на организацию тылового обеспечения оказывали горы, а также резкое колебание уровня воды в реках, которые в сухое время года мелеют, а во время дождей выходят из берегов. Во время августовских и сентябрьских дождей даже небольшие речки, особенно в горах, превратились в бурные потоки, которые нередко затапливали многие долины и сносили все, что встречалось на их пути (склады, мосты и т.д.). Требовалось немало усилий, чтобы восстановить нормальную работу тыла после этого стихийного бедствия.

Крупные реки — Амур, Сунгари, Нонни повсюду вышли из берегов. В результате ряд районов, намеченных для размещения армейского и войскового тыла в ходе наступления войск 1-го и 2-го Дальневосточных фронтов, были затоплены или отрезаны от дорог, подходивших к ним. Преодоление этих рек войсками, тыловыми частями и учреждениями в ходе наступления было сопряжено с серьезными трудностями. На правом фланге 15-й армии 2-го Дальневосточного фронта еще в начале операции (11 августа) командование фронта вынуждено было перенести главную армейскую переправу из района устья протоки Кукелевская в Средне-Ленинское, так как дожди размыли единственную дорогу Биробиджан — Новое — Биджан — Благословенное в нескольких местах. Мосты, построенные в период подготовки к операции через реки Добрая и Биджан, оказались отрезанными водой от дорог, а дорога Кукелевская — Баржевый Уголь (устье протоки Кукелевская) была затоплена в четырех местах. Такие же явления имели место и в долинах рек Сунгари, Нонни и других.

В результате непрерывных дождей и интенсивного движения по раскисшим дорогам автомобильного транспорта и боевой техники, особенно танков и артиллерии, войсковые пути подвоза и армейские военно-автомобильные дороги стали труднопроходимыми, а местами совершенно непроезжими. Для обеспечения бесперебойного подвоза материальных средств войскам в ходе наступления во многих пунктах были организованы специальные команды из дорожных и инженерных войск с приданными им тракторами. Они строили и ремонтировали мосты и гати в местах затопления дорог, вытаскивали из грязи застрявшие автомобили с грузами.

Одной из особенностей организации тылового обеспечения войск 2-го Дальневосточного фронта являлось широкое использование водного транспорта. В районе пристаней Ленинское и Благовещенск были организованы фронтовые перевалочные базы, где снабженческие грузы с железной дороги перегружались на речные суда, которые подвозили их затем войскам. В район ст. Ленинск, где дислоцировалась армейская база 16-й армии, органы управления тылом фронта выдвинули фронтовые склады по основным видам материальных средств. Фронтовой склад с запасами до одного боекомплекта боеприпасов был погружен на плавсредства и двигался за наступавшими войсками по Сунгари. Такое выдвижение фронтовых складов по направлениям действий войск создавало благоприятные условия для бесперебойного их обеспечения. 15-я армия также погрузила отделения армейских складов на баржи, которые следовали по р. Сунгари за наступающими войсками и обеспечивали их всем необходимым.

Особую сложность представляло материальное обеспечение войск 16-й армии, действовавшей на Сахалине.

Поверхность Южного Сахалина большей частью гориста. Отдельные хребты достигают от 300 до 1000 м над уровнем моря. Они тянутся в виде узких и длинных горных цепей почти вдоль всего острова. Наступление наших войск велось в широких долинах рек Тим и Поронай и далее в районе Найро, а затем вдоль железной дороги с выходом их к административному центру Тейохара.

С фронтовых складов до распорядительного порта Николаевск-на-Амуре подвоз осуществлялся речным транспортом. Здесь производилась перегрузка на морские суда, которые следовали в порт Арково (Северный Сахалин). Почти полное отсутствие железных и крайне неудовлетворительное состояние грунтовых дорог в северной части Сахалина ставило под угрозу своевременное перемещение полевой армейской базы и бесперебойный подвоз войскам материальных средств. В связи с этим в портах Александровск и Арково были скомплектованы три морских транспорта с необходимыми запасами. На эти суда был посажен и личный состав отделений армейских складов. Двигаясь вдоль западного побережья Сахалина, это своеобразное плавучее отделение полевой армейской базы обеспечивало войска всем необходимым для жизни и боя. Для подвоза материальных средств из портов выгрузки широко использовались узкоколейные дороги, которые были захвачены у противника в малоразрушенном состоянии.

Всего в ходе операции войскам 2-го Дальневосточного фронта водным транспортом (морским и речным) было подано свыше 100 тыс. т различных грузов.

В связи с широким использованием водного транспорта фронтовые автомобильные части здесь использовались главным образом для обеспечения работы перевалочных баз и перемещения тыловых частей и учреждений, а основные усилия дорожных частей были направлены на подготовку и обслуживание подъездов и причалов на перевалочных базах и переправах. Всего в районах переправ и перевалочных баз до завершения наступательной операции было сосредоточено более половины дорожных войск 2-го Дальневосточного фронта. Из имевшихся в составе фронта на 22 августа четырнадцати дорожных частей для дорожного обеспечения войск и тыла в Маньчжурию было переброшено всего лишь шесть⁴⁹⁸.

В полосе действий 1-го Дальневосточного фронта в отличие от других фронтов имелась относительно развитая сеть железных дорог. Железнодорожными войсками и спецформированиями НКПС с достаточно высоким темпом (около 19,7 км в сутки) велось восстановление восточной части КВЖД в направлении Пограничная — Харбин. Для передачи грузов на остальную часть железнодорожной сети, восстанавливавшуюся под руководством органов ВОСО фронта местными силами, были подготовлены перегрузочные станции в районах Ананьси (Цицикар), Харбин, Муданьцзян.

Наличие железных дорог значительно облегчило подвоз, уменьшило нагрузку на автомобильный транспорт, что позволило широко использовать его для временной моторизации стрелковых войск. Только незначительная часть фронтового автотранспорта привлекалась для обеспечения подвоза. Например, из состава 2-й автомобильной бригады фронта на подвозе материальных средств был задействован лишь 10-й автомобильный полк. Остальные силы бригады использовались для передвижения 187-й стрелковой дивизии. Из автомобилей «виллис» был сформирован внештатный батальон, который использовался передовым отрядом дивизии для преследования поспешно отходящего противника.

Материальное обеспечение войск в ходе операции осуществлялось главным образом за счет запасов, созданных в подготовительный период. В целом объем подвоза в связи со скоротечностью боевых действий и захватом значительных трофеев был относительно невелик. 2-й Дальневосточный фронт, например, израсходовал за операцию всего 0,1–0,3 боекомплекта к наземной артиллерии, около 0,3 боекомплекта танковых выстрелов и 0,1–0,2 боекомплекта к стрелковому оружию. Несколько больший расход боеприпасов был в Забайкальском и 1-м Дальневосточном фронтах, которые вели более напряженные боевые действия и имели большую численность артиллерии. Однако в связи с тяжелыми условиями подвоза отдельные армии и соединения в ходе операции испытывали нужду в некоторых видах боеприпасов, и их пришлось доставлять военно-транспортной авиацией. Так, соединениям 6-й гвардейской танковой армии Забайкальского фронта воздушным транспортом в середине августа было доставлено 186 т боеприпасов, танковым соединениям 1-го Дальневосточного фронта — 75,3 т, а танковым частям 2-го Дальневосточного фронта — 302 т. В связи с близким окончанием войны и незначительным расходом боеприпасов часть транспортов с ними была переадресована обратно на центральные склады. По состоянию на 22 августа 1945 г. из 1900 вагонов, занаряженных на Дальний Восток, лишь 600 следовало к месту назначения⁴⁹⁹.