До нас дошло также интересное описание Геродотом укреплений Вавилона, относящихся к концу VII века до н. э. Данные, которые приводятся в этом описании, подтверждены раскопками. Теперь известно, что Вавилон был окружен тремя стенами толщиной соответственно 7, 7,8 и 3, 3 метра. На одной из стен было около трехсот башен, расположенных одна от другой на расстоянии сорок четыре метра. Стены опоясывал глубокий и широкий ров, наполненный водой. Каждая стена имела большое количество ворот, окованных медью. Город Вавилон был самой мощной крепостью своего времени.

«Наказание реки», которое Геродот представляет как самодурство, было на самом деле вполне обдуманным предприятием – снова спустить воду с затопленной местности и сделать её проходимой. Только после этого Кир продолжил поход. Вавилонское войско встало лагерем у города Опис, прикрывая переправы через Тигр. Но Кир в 20-х числах сентября неожиданно обошел Мидийскую стену с запада. Посланный Киром корпус Угбару осадил Вавилон, в котором находился сильный гарнизон во главе с сыном Набонида Валтасаром. Сам же Кир ударил в тыл стоящей у Описа армии Набонида. В сражении у Описа, которое произошло в самом конце сентября, вавилонская армия потерпела жесточайшее поражение и бежала. Набонид с немногими приближенными хотел отступить к Вавилону, но путь туда был отрезан войсками Угбару, и Набонид укрылся в Борсиппе. 10 октября был захвачен без боя Сиппар, а 12 октября, согласно вавилонским источникам, Угбару вступил в Вавилон. Как пишет Геродот, Кир велел отвести реку и вступил в город по её руслу, в то время как жители справляли какой-то праздник. Но современная событиям Вавилонская хроника ничего об этом не говорит, и поэтому многие историки считают сообщение Геродота недостоверным. Валтасар, пытавшийся оказать сопротивление персам в центре города, был убит.

Согласно Библии, в ночь взятия Вавилона персами на устроенном Валтасаром последнем пиру, он святотатственно использовал для еды и напитков священные сосуды, вывезенные его отцом из Иерусалимского храма. В разгар веселья на стене появились начертанные таинственной рукой слова на иврите: «мене, мене, текел, упарсин». Пророк Даниил истолковал надпись, в переводе с иврита означающую: «Исчислено, исчислено, взвешено, разделено», – и расшифровал ее как послание Бога Валтасару, предсказав скорую гибель ему и его царству. В ту же ночь Валтасар погиб.

Угбару, наместник Гутиума, который командовал персидскими войсками, вступившими в Вавилон, немедленно принял меры по предотвращению в городе резни и грабежей. Набонид, узнав о падении Вавилона и гибели Валтасара, покинул Борсиппу, вернулся в Вавилон и добровольно сдался в плен. 29 октября 539 года до н. э. в город вступил и сам Кир, которому была устроена торжественная встреча. «3-го арахсамну (29 октября), – продолжает хроника, – Кир вступил в Вавилон. [Улицы] перед ним были устланы ветвями. Мир в городе был установлен. Кир объявил мир всему Вавилону». Пленный Набонид без лишнего шума был отправлен в почётную ссылку в отдаленную Карманию на востоке Ирана, где и окончил свои дни.

В официальной вавилонской историографии события были изображены так, будто вообще никакой войны с персами не было, а если и имели место отдельные инциденты, вроде битвы при Описе, то в них повинен был только Набонид, но никак не Вавилон. Кир охотно принял эту версию вавилонской олигархии, ибо она вполне отвечала его интересам, и постарался подкрепить её делами. Жителям вавилонских городов были обещаны мир и неприкосновенность. Сначала Кир назначил царём Вавилона своего старшего сына и наследника Камбиса, но спустя несколько месяцев, видимо, по политическим мотивам, Кир отстранил сына от власти и короновался сам.

Захватив Месопотамию, персидский царь формально сохранил Вавилонское царство и ничего не изменил в социальной структуре страны. Вавилон стал одной из царских резиденций, вавилоняне продолжали занимать преобладающее положение в государственном аппарате, а жречество получило возможность возродить древние культы, которым Кир всячески покровительствовал. В надписях на кирпичах он выступает и почитателем вавилонских богов, и благодетелем Эсагилы и Эзиды. Более того, власть Кира в Вавилоне не рассматривалась как чужеземное господство, так как он получил царство «из рук бога Мардука», исполнив древние священные церемонии, и принял титул «царь Вавилона, царь стран». Однако фактически Вавилония из самостоятельного царства превратилась в сатрапию державы Ахеменидов и лишилась всякой независимости во внешней политике, да и внутри страны высшая военная и административная власть теперь принадлежала персидскому наместнику (по-вавилонски bel-pahati – «областеначальник») Вавилона и Заречья, то есть всей Нововавилонской империи. Этим «областеначальником» Кир назначил Угбару, которого греки звали Гобрием.

После захвата Вавилонии все западные страны до границ Египта – Сирия, Палестина и Финикия – подчинились персам добровольно. Торговые города Финикии так же, как вавилонские и малоазийские купцы, были заинтересованы в создании большого государства с безопасными дорогами. Так возникает грандиозная персидская мировая держава, протянувшаяся от Балкан до Индии. Вавилон стал, наряду с Персеполем, Сузами и Экбатанами, одной из четырех столиц персидского царя.

Битва при Марафоне была первым крупным военным столкновением двух великих цивилизаций: античной (эллинской) и древневосточной (персидской). Она стала преддверием одного из величайших военных событий мировой истории – греко-персидских войн. В определенном смысле, эта битва, как и последовавшие за ней Саламин и Платеи, определила саму судьбу европейской цивилизации, задала базовый вектор ее развития.

Марафонской битве предшествовали следующие события. В 491 году до н. э. персидский царь Дарий отправил посольство в Грецию, требуя от греков покорности. Некоторые греческие полисы признали власть персов, но Спарта и Афины отказались это сделать и убили персидских послов. После этого, летом 490 года до н. э., персидский флот, состоявший из шестисот судов (включая особые корабли для перевозки лошадей), был собран в Киликии и отплыл оттуда для покорения Греции. Покорив Наксос, персы высадились на Эвбее. После шести дней осады главный город Эвбеи, Эретрия, был сдан в результате измены, разграблен и сожжен, а жители обращены в рабство. Затем персы переправились через пролив и, по совету перешедшего на сторону персов бывшего афинского тирана Гиппия, высадились на равнине под городом Марафон. Согласно современным данным, армия персов насчитывала около двадцати тысяч человек, из них половину составляла конница. Командовали персидским войском два полководца – Датис и Артаферн.

Как только было получено известие о том, что персы высадились на Марафонской равнине, афиняне спешно отправили скорохода просить о помощи спартанцев. Однако спартанцы медлили, и девяти– или десятитысячное афинское ополчение поддержала только тысяча воинов из соседнего городка Платеи. Афинянами командовали десять стратегов, сменявшихся по обычаю каждый день, однако в чрезвычайных обстоятельствах все стратеги отказались от своих прав в пользу Мильтиада, как самого опытного и лучше всех знавшего персидские воинские порядки.

Мильтиад выступил в поход и привел афинское войско во Франскую долину, соединенную довольно узким проходом с более обширной Марафонской равниной. Эта небольшая долина имела непосредственное сообщение с Афинами через горы. Здесь, во Франской долине, недалеко от ее выхода на равнину Марафона, там, где горы еще давали обоим флангам прикрытие, которое было к тому же усилено вырубкой деревьев, он построил свое войско так или велел ему стать лагерем таким образом, чтобы при первом известии о приближении врага оно могло выстроиться в боевом порядке. Ввиду того что долина, несмотря на искусственную преграду, все еще оставалась слишком широкой, Мильтиад не имел возможности дать своей фаланге желательную глубину, и поэтому он ослабил центр и укрепил оба фланга, чтобы они могли, даже выйдя из-за укрытия, оказать мощное давление на персидскую конницу в случае фланговой атаки.