Ерофей Павлович понял, что спорить, протестовать, доказывать свою правду бесполезно. Надо пока умолкнуть и смириться. А там, обдумав всё, действовать: писать обличительную жалобу в Сибирский приказ или даже на имя государя.
Тюремные избы Якутска были переполнены. Документы свидетельствуют, что общее число заключённых превышало тогда сотню человек. Им всё же удавалось общаться со своими близкими, остававшимися на свободе. Хабарова посещали и его друзья, и соватажники, они приносили ему еду и снабжали бумагой. Написал Ерофей Павлович подробную жалобу на воеводу. Письмо это получилось отчаянное, слезливое. Автор жаловался, что воевода «разорил его до конца», что он, Ерофей Хабаров, начисто лишён возможности заводить дальнейшие хозяйства, пашню и снимать урожай. Отчаянное письмо Хабарова было не единственным письмом подобного рода. Жалобы из Якутска в Москву шли целым потоком и не могли не привлечь внимания.
Несмотря на свой конфликт с воеводой, Хабаров всё же полагал, что у того нет никаких оснований держать его в тюрьме, ведь потерпевшей стороной был он, Ерофей Павлович, ведь ему были нанесены убытки, он лишался собственности и подвергался оскорблениям. Однако воевода, затеявший дело Хабарова, продолжал мстить ему, причисляя к своим политическим противникам и тем людям, которые чем-либо вызвали его недовольство.
Находясь в тюрьме, Хабаров написал московским властям вторую челобитную, в которой жаловался на все перенесённые им испытания и несправедливости, сообщал о злоупотреблениях воеводы Головина, о конфискованной пашне в районе Усть-Кута, а потом на Киренге, об отобранной у него соляной варнице, увеличении поборов с его хозяйства и, наконец, о своём аресте и тюремном заключении. Челобитная заканчивалась слёзной просьбой Хабарова дать ему возможность поехать в Соль Вычегодскую к семье. Ерофей Павлович предвидел, что жена его, оставаясь, долгое время без мужа, жила в нужде и должна была выплачивать накопившиеся немалые долги. Поэтому он писал о своём желании «женишко своё и детёшко с правежа освободить... и в государевых податях и долгах расплатиться».
Сибирский приказ в Москве в числе многих подобных челобитных получал немало жалоб на злоупотребления Головина. Это, в конце концов, насторожило московские власти, и рассмотрению был дан ход. Расследование вёл дьяк Сибирского приказа Григорий Протопопов, потом судья приказа боярин Никита Одоевский. Воевода Головин был смещён с должности. Сыграли роль многочисленные жалобы на его злоупотребления.
Якутское воеводство возглавили Василий Пушкин и Кирилл Супонев. Они получили предписание из Сибирского приказа разобраться в сложившейся обстановке в Якутске и в обоснованности содержания под стражей Ерофея Хабарова. Новые воеводы учинили разбирательство, допрашивали Ерофея Павловича и многих свидетелей, затем послали в Москву подробную отписку о его результатах. Через два года воеводы получили из Сибирского приказа ответ на свою отписку. В ней действия Головина были названы неправильными, а Пушкину и Супоневу предписывалось возместить Хабарову его убытки и в их возмещение выдать ему из казны пятьсот рублей. Однако это предписание не было выполнено, так как денег в воеводской казне не оказалось.
С отъездом Петра Головина Ерофей Павлович Хабаров вышел из тюрьмы, возвратился на Киренгу и смог снова энергично взяться за своё хозяйство. Здесь, на Киренге, он создал поселение земледельцев по опыту крестьянских поселений. Они обычно назывались слободами, а их жители — слободчиками. Такие слободы сначала появились в Западной Сибири, а потом стали возникать и в Восточной Сибири. В середине XVII века таких сельских поселений в Сибири насчитывалось около двадцати. Государство было вынуждено мириться с созданием таких слобод частными лицами и на их средства, поскольку само оказалось не в состоянии обеспечить всех переселенцев.
Кипучая, деятельная натура Ерофея Павловича проявилась во всех своих лучших качествах. Он продолжал организовывать пашенное хозяйство на Киренге и получал хороший для условий южной Якутии урожай, используя многое из опыта земледельцев Русского Севера. Хабаров выступил в роли организатора сельского поселения. Источники иногда называют его слободчиком, в данном случае слово это употреблялось как «глава», «инициатор» создания поселения или его «староста».
Вот что пишет биограф Хабарова Леонтьева Г.А.: «Как слободчик, он брал на себя инициативу «кликать» всех желающих, обеспечивать их за свой счёт ссудой и подмогой — деньгами, скотом, инвентарём. Поскольку слободы организовывались не на государственные, а на частные средства, господствующей рентой в них был оброк, натуральный и даже денежный. Вероятно, создаваемая Хабаровым слобода привлекала много желающих».
Читатель вправе спросить, как удалось Ерофею Павловичу Хабарову восстановить разрушенное прежним воеводой хозяйство, поднять его на былую высоту и не только сделать прибыльным, но и привлечь новых земледельцев.
Видимо, Хабаров всё-таки располагал средствами, которые ему удалось утаить от Головина. Вероятно, пришёл к нему на помощь брат Никифор, успешно промышлявший пушного зверя. И наконец благодаря неустанному труду Ерофею Павловичу удалось за сравнительно короткий срок поднять хозяйство и сделать его прибыльным.
Отношения с новыми воеводами у Хабарова складывались непросто, но Ерофей Павлович был уже научен горьким опытом и вёл себя с ними осмотрительно, осторожно, не давая поводов для нападок. Попытались воеводы внедрить в слободу на Киренгу и своих людей, от которых было бы мало проку в хозяйстве, но Хабаров воспротивился этому, оградив себя царской грамотой, которая давала ему право по своему усмотрению нанимать людей в слободу.
Своим независимым поведением Хабаров раздражал Пушкина и Супонева. Их неприязнь к Ерофею Павловичу разделил и дьяк Стеншин. Успехи Хабарова кроме зависти вызывали у них и стремление придраться к чему-либо, нанести ему внезапный удар. Случай представился, когда Ерофей Павлович не проявил выдержки и разругался с одним служилым человеком. Тот, по наущению Стеншина, подал воеводам жалобу на Хабарова. Его вызвали в приказную избу, а с ним заодно и свидетелей ссоры.
— С огнём играешь, Хабаров, — зловеще сказал Стеншин. — Пошто служилого человека обидел? По тюрьме соскучился?
— Намерения обидеть служилого человека у меня не было, — сдержанно ответил Хабаров. — А ежели сорвалось с моих уст грубое слово, пусть простит меня добрый человек. Вовсе не желал я его обидеть. Но и вы, други мои, не раздувайте дело. И тюрьмой не пугайте. Испытал уже сие. И коли не знаете, напомню вам, что меня охраняет государева грамота.
Хабаров вынул из-за пазухи лист пергамента — царскую грамоту — и протянул Стеншину.
— Принимаю извинение Ерофея Павловича. Посчитаем, что ссоре нашей положен конец, — сказал обиженный Хабаровым служилый человек.
— Какой добренький, — проворчал Стеншин, которому вовсе не хотелось, чтобы произошло примирение. Воеводы предпочли отмолчаться.
После того конфликта Хабаров стал проявлять большую сдержанность и осмотрительность. Он исправно выплачивал хлебный оборок со своего хозяйства, без большой нужды не появлялся в Якутске и старался не дать повода воеводской администрации для каких-либо придирок. Воеводы старались не замечать Хабарова, а дьяк Стеншин иногда открыто выражал своё нерасположение к Ерофею Павловичу.
Крупным событием, возбудившим воеводство, стало возвращение Пояркова с отрядом из дальнего похода. Казалось, что все забыли о Василии Даниловиче, оказавшемся после отстранения от власти Парфёна Ходырева временным правителем края.
Человек нрава крутого, даже жестокого, охваченный честолюбивыми планами, Поярков не захотел оставаться в Якутске и довольствоваться третьестепенной ролью при воеводе Головине, о деспотизме и неуравновешенном нраве которого имел полное представление, поэтому добился назначения главой экспедиции, которая направлялась из Якутска на юг, к Амуру.
И вот в середине 1646 года Поярков возвратился с Амура, проведя в странствиях без малого четыре года. Хабарову тоже приходила в голову мысль об участии в таком походе, его влекли края, расположенные к югу от Лены, где мог оказаться более мягкий климат, а земли более плодородными и благоприятными для хлебопашества. Встреча в Поярковым, расспросы его об амурских впечатлениях и практических результатах похода не могли не заинтересовать Ерофея Павловича. Он отправился в Якутск для встречи с Василием Даниловичем. Однако до этого ему удалось встретиться и побеседовать с несколькими членами экспедиции Пояркова. Словно сговорившись, все они скверно отзывались о нём.
