Больше всего костных останков было обнаружено в раковинных кучах Ота (69), префектура Хиросима, Цугумо (166), префектура Окаяма, Йосиго (332), префектура Осака, и Камеяма (26), префектура Айти, а также при раскопках в Ко (74), префектура Осака. В других археологических памятниках — в основном это кьёккемёдинги — тоже были найдены останки людей Дзёмон, однако, поскольку их там было немного, они не подвергались тщательному исследованию с целью выделения их в отдельные типы. Такие находки были сделаны в кьёккемёдингах Тодораки, Атака и Уки на севере острова Хонсю; Цубуэ и Хасима в префектуре Окаяма в Тюгоку, а также в Камегаоке и Корекаве в префектуре Аомори в Тохоку.

Самый древний скелет доисторического человека был обнаружен в раковинной куче Хирасака в городе Йокосука. Это хорошо сохранившиеся останки человека, жившего в период самого раннего Дзёмон, когда в ходу была керамика Инаридаи. Этот взрослый человек мезоцефалического типа, рост которого составлял 161 сантиметр, был слишком высоким для тогдашних обитателей Японии.

По останкам из Ота и Ко можно понять, какими были люди раннего Дзёмон — правда, следует отметить, что речь идет только об обитателях Тюгоку и Кансая. Почти все они были представителями мезоцефалического типа, а, судя по останкам людей из Ко, люди того времени немногим отличались от нынешнего населения именно этого региона. Должно быть, эти люди являлись своего рода связующим звеном между древнейшим человеком и человеком более поздних периодов, облик которых говорил о сильном влиянии корейцев и других народов. Черепа из Ота очень похожи на черепа из Йосиго и Цугумо, но отличаются от черепа современного японца. Черепа из Камеямы (средний период эпохи Дзёмон) также относятся к мезоцефалическому типу, и они тоже очень похожи на черепа из Йосиго и Цугумо (конец эпохи Дзёмон). Рост человека из Цугумо составлял чуть более 158 сантиметров; его современник из Йосиго был значительно ниже — почти таким, каким был средний рост человека эпохи Дзёмон. Интересно сравнить эти показатели с ростом современного айна — примерно 159 сантиметров, и современного японца (если вообще можно говорить о таком понятии, как средний японец) — примерно 165 сантиметров.

Эволюция физических типов не лишена логики. Й. Имамура и Д. Икеда считают, что между физическими типами современных японцев на острове Кюсю, в Тюгоку и Кансае и доисторических жителей Японии существует определенное сходство. По мнению этих исследователей, ближе всего к современному человеку находится доисторический человек из Ота, а дальше всего — человек из Цугумо.

В человеке эпохи Дзёмон монголоидные черты были выражены очень слабо; позже, во времена больших миграций эпохи Яёй, они проявились сильнее и со временем стали единой определяющей характеристикой японского народа. Однако эта общая для всех характеристика включает в себя большое количество различных типов внешности: продолговатые лица и круглые, северный и южный типы, темная кожа и светлая, тип городского жителя и тип сельского — некоторые из этих типов сознательно культивировались на протяжении последних веков. Однако порой случается такое сочетание этих характеристик, что сразу же возникает вопрос: можно ли утверждать, что все японцы принадлежат к одной расе? Ведь и облик доисторических жителей Японских островов не был единообразным. Существенные различия во внешности наблюдались уже у доисторических людей — это объяснялось смешиванием коренного населения островов с прибывающими в ходе миграции с континента, причем к тому моменту в мигрантах уже было намешано немало кровей. Таким образом, и доисторические люди не были единой расой.

В китайских хрониках династии Хань упоминается «страна ста царств» — хотя в количестве царств, возможно, есть некоторое преувеличение. В более поздних по времени хрониках «Вэй Ци» приводятся названия этих царств. Их точное местонахождение, скорее всего, не совсем соответствует действительности, однако, согласно этому источнику, в числе самых важных регионов того времени были: Ну (На), который, вероятно, находился неподалеку от современной Накаты; Иту (Ито) — местность, протянувшаяся до Карацу; Пуми (Фуми) около Иидзуки. Все они расположены на севере острова Кюсю — там, где Японские острова ближе всего подходят к континенту. Археологические находки, относящиеся к эпохе Яёй и к последующим периодам, не дают практически никакой информации относительно территориального деления этих царств, но характер артефактов в целом и уровень специализации, необходимый для производства каждого их вида, свидетельствуют о наличии классового общества. В эпоху Яёй правящие классы контролировали ремесленников-кузнецов и продажу изделий из металла; производство гончарных изделий в большинстве мест было поставлено на коммерческую основу, а выращивание риса требовало наличия класса крестьян и, возможно, других работников, занимавшихся его продажей или обменом. Железо всегда оставалось металлом простонародья; бронза вскоре после проникновения с континента ее новой разновидности стала использоваться для церемониальных целей, в том числе и религиозного характера.

Состав общества к этому времени значительно изменился и расширился; его основой были иммигранты, из них же, вероятно, состояла и его верхушка. Иммиграцию ничто не сдерживало, и относительно быстрая и повсеместная монголоидизация юга Японии свидетельствует о том, что число переселенцев было весьма значительным. Во многие существовавшие еще в эпоху Дзёмон поселения проникла новая культура; тем не менее, несколько регионов, к числу которых относятся юго-восток острова Кюсю и север острова Хонсю, где, как отмечается в хрониках, по-прежнему жили первобытные народы, удивительно долго не принимали чужеземных обычаев и традиций. Кроме того, судя по немногочисленным кьёккенмёдингам эпохи Яёй, в отдельных регионах, в которых еще какое-то время отдавали предпочтение традиционным способам добывания пищи, постепенно переходили на новые методы — в частности, занялись выращиванием риса. Прекрасный пример этого — Нисигата, префектура Айти.

В начале III столетия до нашей эры, когда еще достаточно сильно ощущалось влияние культуры эпохи Дзёмон, ей на смену постепенно начала приходить культура эпохи Яёй. Следует отметить, что своим существованием культура Яёй обязана влиянию культуры азиатского континента. Собственно говоря, керамика, орудия труда, погребальные обычаи и другие характерные особенности раннего периода эпохи Яёй довольно трудно отличить от артефактов и прочего эпохи Дзёмон, которые к началу Яёй начали приходить в негодность. Мощная экспансия династии Хань ускорила процесс смены одной культуры другой, а с появлением гончарного круга и началом местного производства бронзы в среднем Яёй уклад жизни всей западной части страны претерпел полную трансформацию; сельским хозяйством там стали заниматься по образцу существовавшего на континенте. Распространение керамики Яёй на равнине Ямато в Кансае и на равнине Канто по времени совпадает со все большим привыканием населения к рису как к основной составляющей рациона питания. Прогресс шел от века к веку (хотя, возможно оглядываясь назад, его нельзя назвать очень значительным), продвигаясь от острова Кюсю к Тюгоку и затем к Кансаю, до которого он добрался примерно к 200 году до нашей эры. Еще через сто лет новые веяния захватили Токай, юг префектуры Айти и Сидзуока, а еще через одно столетие, прямо к началу нашей эры — и равнину Канто. В итоге где-то к 100 году до нашей эры они добрались и до средней части Тохоку.

По мере того как влияние континента усиливалось, новая культура все прочнее закреплялась в Японии. В конце концов это привело к тому, что к середине III столетия нашей эры центр культуры эпохи Яёй переместился с острова Кюсю на равнину Ямато, где и оставался более полутора тысячелетий. Средний Яёй охватывает последнее столетие до нашей эры и I столетие нашей эры. Без сомнения, это период самых активных контактов Японии с континентом. В ходе этих контактов некоторым местным правителям присылали с континента различные дары, об отдельных из них даже сохранились упоминания в хрониках. В захоронениях знати находят зеркала, монеты, оружие, браслеты и бусы — это свидетельствует о том, что богатство сосредоточивалось в руках ограниченной группы людей. Вероятно, значительная часть этих вещей попала в Японию из колонии Лоланг в Корее, где китайские товары были представлены очень широко. Их корейские копии, в свою очередь, служили образцами для изготовления аналогов этих товаров в Японии.