Однако подлинное понимание хронологии каменного века, основанное на типологии керамики, появилось в 1937 году — тогда, когда Сугао Яманучи выделил пять классов, которые подразделялись на четко определенные и последовательно сменявшие друг друга типы. С этого времени при датировке находок периода неолита ученые с успехом пользовались системой С. Яманучи. Этот период получил название Дзёмон — от названия техники украшения керамики шнуровым орнаментом. Особенно много памятников этого периода находится в северной части Хонсю, на равнине Канто, где была обнаружена почти тысяча раковинных куч, а также в центральных горах. Наличие сравнительно тонкого культурного слоя в южной части островов, возможно, объясняется более ранним переходом этих регионов к использованию бронзы и железа и более важным значением, которое имели эти периоды для местного населения.

В 1884 году в Яёймати, находящемся в Токийском районе Хонго, была обнаружена керамика еще одного типа. Эти изделия, изготовленные на гончарном круге и почти всегда лишенные каких бы то ни было декоративных украшений, были обнаружены в археологических ассоциациях с керамикой бронзового века. Данная находка дала толчок началу исследований, которые помогли определить характерные черты керамики данного периода, носящего название Яёй. Для получения информации об этом времени было необходимо провести раскопки ряда объектов, зачастую расположенных на достаточно удаленных друг от друга участках. Работы велись в деревнях, на остатках древних рисовых полей, кладбищ и в местах обнаружения кладов. К счастью, многие находки были сделаны в 30-х годах XX века и позже — тогда, когда археологи уже взяли на вооружение более современные научные методы. При таких широкомасштабных исследованиях особо эффективным оказалось умение японских ученых работать единой командой. Отчеты о результатах раскопок публиковались Комиссией по охране культурных ценностей при правительстве страны.

Исследования железного века и доисторического периода в определенном смысле были сопряжены с различными сложностями. Возможно, это объяснялось сакральным характером хроник, повествовавших о жизни императорского двора в течение этих веков, а также отсутствием необходимости или желания вникать в суть этих записей. К 1920 году Косаки Хамада из университета города Киото, используя сравнительный анализ материалов дальневосточных культур, вывел замкнутые на изучении местной культуры археологические исследования на международный уровень. В эти годы начались первые систематические изучения сотен могильных курганов — наглядных свидетельств жизни привилегированных классов раннего периода истории страны. Данные работы проводились учеными из Киото под руководством Суёдзи Умехары. Итогом четырех десятилетий активных исследований Умехары стало появление сотни книг, посвященных археологии Дальнего Востока, и в девять раз большего числа статей. Правительства префектур со своей стороны спонсировали изучение и раскопки находящихся на их территории захоронений и других памятников древности. Сейчас все крупные университеты имеют отделения археологии, где работают квалифицированные преподаватели. Они проводят раскопки на регулярной основе, кроме того, к ним обращаются и со случайными находками. Археологические памятники охраняются государством — это ученые считают очень важным, однако полностью проблему вандализма так и не удалось решить. Как и во многих других странах, в Японии бурные темпы послевоенного строительства негативно отразились на сохранности археологических памятников, и вопрос их спасения по-прежнему стоит очень остро.

Наличие гор — это самая яркая географическая характеристика Японии. В стране три основные горные системы: Сахалинская гряда начинается на острове Хоккайдо, проходит через остров Хонсю, как своего рода позвоночный столб этого острова, переходит в высокие центральные горы в районе Нагано, огибает префектуру Сидзуока восточнее города Нагоя. Другая горная цепь пересекает острова Кюсю и Сикоку, проходит южнее Осаки и Киото и почти смыкается с Сахалинской грядой в районе Нагано и Сидзуоки. Примерно под прямым углом к ним, фактически деля Японию пополам, протянулась горная система Фудзи. Полуострова Ису и Ното, соответственно на востоке и на западе, являются конечными точками этой системы, которую часто называют японскими Альпами. Наверное, не стоит напоминать, что многие горные системы по-прежнему имеют действующие вулканы.

Наличие аммонитов и других ископаемых указывает на то, что в палеозойскую эру территорию большинства районов Японии покрывало море. Вероятно, этот период отличался наиболее, активной вулканической деятельностью, в результате которой к концу палеозойской эры над поверхностью моря поднялись большие участки земли и начали формироваться горные системы. Хотя подъем и опускание суши с тех пор не прекращалось, в мезозойскую эру Японские острова, вероятно, составляли единое целое с континентом — с Корейским полуостровом, Маньчжурией и южными дальневосточными районами России. Некоторые факты указывают на то, что с юга Япония имела сухопутную границу с Филиппинскими островами и Явой. В миоцене и плиоцене кайнозойской эры вновь началось опускание суши — судя по всему, оно произошло в результате двух крупных тектонических сдвигов. Случающиеся время от времени находки останков ископаемых животных, главным образом семейств слонов и оленей, говорят о том, что формирование суши в те времена происходило совсем не так, как сейчас. Большие участки центральных и северо-западных районов острова Хоккайдо, западной части острова Хонсю и полуостровов восточного побережья, скорее всего, были под водой. В плейстоцене эти участки постепенно заполнялись отложениями и поднимались над поверхностью моря, в настоящее время этот процесс по-прежнему продолжается. Если он будет идти и дальше, то обширные охотничьи угодья первых млекопитающих когда-нибудь могут вновь оказаться на суше. Например, со дна Внутреннего Японского моря сети рыбаков неоднократно приносили остатки ископаемых слонов. Кости этих животных были также обнаружены в самых разных районах страны — в таких удаленных друг от друга префектурах, как Аомори, Тотиги, Токио, Вакаяма и Хиого. Животный мир плиоцена и более поздних периодов, кроме жирафа, включал в себя следующие, достаточно широко распространенные и на континенте виды семейства слонов: Stegodon orientalis, Stegodon sinesis, Parelephas protomammonteus, Elephas trogontheri, Elephas namadicus, Elephas indicus. Арктический покрытый шерстью мамонт (Elephas primigenius) пришел сюда из Сибири во второй половине плиоцена; его ископаемые останки были обнаружены на Сахалине и Хоккайдо, на Хонсю они пока не встречались — вероятно, климат более южных островов был для него слишком жарким. Если теплый климат подходил для слонов, то обильные дожди создавали максимально благоприятные условия для растительности, которая была необычайно богатой. Наверное, именно буйная растительность вынудила человека в поисках наиболее подходящих для жизни мест выбраться из глубины леса на его опушку и на морское побережье. Если в палеолите на территории Японии людей было настолько много, что следы их жизнедеятельности достаточно заметны, то сейчас эти следы, вероятно, находятся на дне нынешних морей. Чтобы жить на Японских островах, люди должны были переселиться туда во времена, когда еще был возможен переход по суше. С другой стороны, путешествие людей неолита на своих выдолбленных из стволов деревьев лодках в любом случае проходило бы вблизи берега, независимо от того, перебрались они на эти острова с более южных островов, с Корейского полуострова или же с Сахалина и Хоккайдо.

В 1949 году в местечке Ивадзуку, префектура Гумма, из слоя, оказавшегося ниже того, в котором на равнине Канто обычно находили керамику, были извлечены каменные орудия труда. Это открытие ознаменовало собой начало поисков остатков культуры палеолита в Японии. Но еще до этого некоторые ученые были убеждены в том, что на территории Японии можно обнаружить материальные свидетельства древнего каменного века. Тем на менее, найденные на тот момент разрозненные предметы, зачастую достаточно спорного происхождения, не могли служить убедительными доказательствами справедливости этой точки зрения, поэтому их значение было признано далеко не сразу.