В нижнем слое раковин, а то и в нижнем слое земли часто встречаются захоронения, сохранившиеся именно благодаря раковинам. Вероятно, покойников клали в специально вырытые в раковинных кучах неглубокие ямы — их делали даже несмотря на то, что подготовка таких ям была трудным и малоприятным делом. Считается, что эти захоронения производились в то время, когда куча уже существовала. А погребения и ямы от жилищ, находящиеся под слоем раковин, возможно, по времени очень близки к началу закладки кьёккенмёдинга, или, как считают некоторые, остались от ранее живших на этом месте людей. Когда раковинная куча устроена непосредственно на полу постройки, это говорит о том, что она была заложена сразу же после того, как дом был покинут его обитателями. Люди могли оставить его по целому ряду причин, однако иногда создается впечатление, что кьёккенмёдинги просто вытесняли жилые дома и люди вынуждены были переносить свое жилье подальше от раковинных куч.
Значительную часть года древние люди жили в полуземлянках. Это было вызвано необходимостью: в Тохоку и на Хоккайдо, где к настоящему моменту найдено много таких жилищ, довольно холодный климат. Нет сомнения, что в дальнейшем при раскопках будут обнаружены и другие жилища. В горах Канто и Тюбу люди обычно строили себе именно такое жилье. Типичная полуземлянка имела длину от 4,5 до 6 метров и почти такую же ширину, пол находился на глубине более 70 сантиметров от поверхности земли. В землю вкапывали 4 или больше столба, между собой их соединяли поперечными балками в количестве 4 или более штук. Затем по сторонам будущего дома устанавливали жерди. Их вкапывали под наклоном, так, что верхние концы одного ряда жердей скрещивались с верхними концами противоположного ряда. Сверху на скрещенные концы горизонтально клали еще одну жердь (рис. 3). Жерди и балки связывали между собой и покрывали корой или листьями деревьев, а иногда землей. Вход в дом в ранних жилищах представлял собой обычный лаз, а в более поздних — дверной проем, оборудованный при помощи двух жердей и имевший выступавший над ним навес. Изнутри дома к выходу вела наклонная насыпь. Снаружи постройку окружали водоотводной канавкой. Как правило, существует закономерность: чем сложнее устроен вход в жилище, тем к более позднему периоду оно относится. В некоторых домах полы вымощены большими гладкими камнями (этот вариант особенно предпочитали в гористых районах). В среднем периоде эпохи Дзёмон и позднее рядом с центром дома делали очаг. Жилища этого периода находят чаще всего, обычно это небольшие поселения из 15 и более домов.
Жилищ раннего Дзёмон известно очень мало, причем необязательно это объясняется более теплым климатом в тот период. Скорее причина состоит в меньшей численности населения и, соответственно, в целом в небольшом количестве сохранившихся археологических памятников. Также нельзя не принимать во внимание, что люди раннего Дзёмон пользовались самыми примитивными орудиями труда, с помощью которых они рыли свои полуземлянки, и, соответственно, результаты их труда оказались менее долговечными. В Хаямидзудаи в префектуре Оита найдена яма от полуземлянки площадью около 4,5 квадратных метров, относящаяся, вероятно, к очень раннему периоду. В период Каяма на равнине Канто жилища имели примерно квадратную форму и закругленные углы, очагов в них еще не было. В период Мороисо дома впервые приобрели округлую форму, однако многие хозяева предпочитали придерживаться более традиционных форм (рис. 3, б). Количество ямок от столбов и шестов в прямоугольных жилищах раннего Дзёмон сильно варьируется — их бывает от 20 до 40 (рис. 3, а). Судя по всему, длина построек иногда увеличивалась — вероятно, это было связано с ростом числа членов семьи или было вызвано какими-то чрезвычайными обстоятельствами. Яма жилища D из группы В в деревне Фукуока, графство Ирума, префектура Сайтама, принадлежала одной из самых больших известных на данный момент жилых построек, ее размеры — 7,4 метра в длину и 6,7 метра в ширину. Строение имело сложную систему канавок и входов и, вероятно, неоднократно достраивалось — об этом можно судить по тому, что переносились места очагов. Четыре раза расширяли и другое жилище, обнаруженное под раковинной кучей Симайбата на территории Большого Токио. В остатках строения размерами всего 4,5 х 4,2 метра была найдена керамика раннего Дзёмон нескольких типов (Ханадзуми, Секияма и Мороисо), а также 9 очагов различной формы. Очевидно, все это означает, что прямоугольная форма многих жилищ не была результатом воплощения первоначальных планов строителей и стихийно появлялась в процессе жизни. Судя по остаткам немногих сохранившихся жилищ раннего Дзёмон, частью внутреннего убранства помещения были деревянные полки, которые устанавливались на деревянных опорах. Очаги, которые находят сравнительно редко, имеют овальную форму и обложены камнями, обычно они расположены в западной или центральной части помещения. Квадратные жилища обычно ориентированы с востока на запад.
В общинах среднего периода эпохи Дзёмон в центральной и западной частях равнины Канто и в центральных горах, вероятно, существовало своеобразное разделение труда: кто-то занимался охотой, кто-то рыболовством, кто-то собирательством, а при возникновении необходимости, возможно, были и специальные группы для защиты поселения. Большинство общин располагалось на высоких берегах рек, поблизости от источников воды, но вот одна община в Кусабане, княжество Ниситама, неподалеку от Большого Токио, находится далеко от источника воды — реки Хираи. Вероятно, жить в этом месте было не очень удобно. Поэтому невольно приходит мысль о том, что люди поселились там не по своей воле и что это было своего рода изгнание.
Для того чтобы получить возможно полное представление о поселениях периода среднего Дзёмон, рассмотрим несколько примеров классических деревень. Под кьёккенмёдингами Убаяма были обнаружены ямы от жилищ 6 различных типов. Принимая во внимание то, что почти все они находятся практически на одном уровне над поверхностью материковой почвы, а также то, что найденная там керамика относится примерно к одному хронологическому периоду, можно сделать выводы об отсутствии строгих канонов в проектировании жилья и о том, что во многом дизайн жилища определялся личными предпочтениями его обитателей. Едва ли есть основания предполагать, что на него влияли социальный статус, размер семьи или время возведения дома. Формы жилища варьируются от овальной до квадратной и прямоугольной. Конечно, необходимо оговориться, что речь идет не о строгом соответствии формы жилища этим геометрическим фигурам, а лишь о приближенном сходстве, так как в действительности полуземлянки имели закругленные углы и неровные стены. Археологов поразила находка на полу одного из жилищ — 6 человеческих скелетов. Необычным было их положение: в отличие от аккуратного трупоположения при захоронении останки имели нехарактерный вид. Они были разбросаны как попало, что могло произойти только в случае внезапной насильственной смерти людей. Останки принадлежали двоим взрослым мужчинам, трем взрослым женщинам и одному ребенку. Исключив возможность того, что погибшие были хозяевами дома и заглянувшими к ним на огонек гостями, и приняв во внимание высокую степень вероятности совершения массового убийства членов одной семьи, это жилище было принято за образец: ученые пришли в выводу о том, что оно является наглядным примером потребности в жизненном пространстве для семьи из шести человек. Исходя из размеров жилища (4 метра длиной, 3,5 метра шириной, около 70 сантиметров глубиной) и числа членов данной семьи, с помощью сложных подсчетов была определена примерная численность всей общины. Даже учитывая огромное количество «если», над этой гипотезой интересно поразмышлять. Возможно, этот дом обрушился раньше остальных. Ямки от обычных, поддерживающих крышу столбов отсутствуют — следовательно, можно сделать вывод, что по конструкции строение отличалось от обычных жилищ и даже что его крыша была довольно тяжелой. Как бы то ни было, гениальный архитектор среднего Дзёмон изобрел постройку без центрального опорного столба. Благодаря такому новшеству очаг можно было разместить в наиболее подходящем для него месте, а остальное пространство помещения использовать максимально эффективным образом. Входы некоторых жилищ Убаямы обращены на юг, а около них сделаны канавки. Место входа указывают также сохранившиеся ямки от жердей. В северо-западном углу одной из построек обнаружена яма диаметром около одного метра, в которой находились керамический сосуд и череп собаки. Похоже, что в этом доме тоже была крыша, не опиравшаяся на землю.
