Во дворце в Угличе находился в заточении и шведский принц Густав, которого сослал сюда Борис Годунов за то, что тот не согласился на брак с его дочерью Ксенией. Во дворце принц Густав занимался химией, за что и прослыл среди городских жителей чародеем.

А 15 мая 1591 года во дворе каменных палат пролилась кровь невинно убиенного царевича Дмитрия.

В эпоху Смутного времени княжеский дворец находился в полном распоряжении польских панов, захвативших Углич и учинявших во дворце разного рода пытки и казни. В сентябре 1609 года отряды М.В. Скопина-Шуйского освободили Углич от польского гарнизона, но через полтора года войско пана Ягана снова завладело городом.

Во время приступа многие богатые боярыни и горожанки со своими детьми и сокровищами укрылись во дворце в надежде на твердость его стен и небесное заступничество царевича Дмитрия. Но всех их постигла страшная участь, ибо красота и богатство их воспламенили неистовых поляков на самые ужасные мучительства. Как сказано в летописи, здесь «было изрублено столько женщин, что погреба наполнились кровью».

Много еще пронеслось над древним Угличем страшных бедствий, которые оставили от княжеского дворца только каменную его часть без крыши и теремов, без пристроек и хозяйственных служб. В царствование Михаила Федоровича дворец очистили от мусора и обнесли стеной, после чего в таком состоянии он оставался еще более 50 лет.

В 1709 году угличане захотели исправить дворец, о чем и подали прошение, но оно было отклонено. К 1753 году здание княжеских палат уже настолько обветшало, что архитектор князь Д.В. Ухтомский признал его негодным для ремонта. В своем донесении Сенату он предлагал ветхий дворец вообще сломать, а на его месте построить новый. Однако Сенат не стал ломать старый дворец, а Угличской городской канцелярии поручил положить на него новую деревянную крышу.

К концу XVIII века каменные палаты пришли уже в такую негодность, что крыша провалилась внутрь, полы сгнили, а в каменных стенах появились трещины. В 1802 году угличский купец А. Кожевников на собственные средства отремонтировал жилище удельных князей: его покрыли железной кровлей, вместо старого крыльца к северной стороне дворца приделали новое, внутренние стены верхнего этажа расписали живописью. На крыше дворца был водружен герб российского государства, а сам дворец обнесли каменной оградой с железной решеткой.

К сожалению, живопись, сделанная неискусно, закрыла изображения Притчей, которыми изнутри были расписаны своды верхнего терема. Сейчас от древней живописи осталось только одно изображение нерукотворного образа Спасителя, находящееся на южной внутренней стене дворца. Кроме того, пока внутренняя часть этого этажа оставалась нетронутой, на стенах оставались следы перегородок, разделявших дворцовые покои. Но потом стены были заштукатурены.

После ремонта, произведенного А. Кожевниковым, дворец еще 90 лет простоял почти пустой, отчего снова пришел в ветхость. И только после того как ярославский губернатор А.Я. Фриде при посещении Углича высказал мысль, что утрата княжеских палат была бы горестна России и легла бы тяжким бременем на совесть угличан, в 1890 году приступили к новой реставрации. Она была закончена через два года, и в июне 1892 года состоялось торжественное освящение дворца, а вместе с тем и открытие в нем музея.

Угличский дворец еще раз подвергся реконструкции, которая проходила под руководством архитектора Н.В. Султанова. В этот раз часть обветшавших стен была разобрана и восстановлена заново, вновь возвели разрушившиеся своды дворца, старые керамические украшения заменили новыми, все здание покрыли медной крышей. Однако реставрация не во всем прошла удачно, что лишило дворец обаяния старины. Так, например, к северной стене пристроили крыльцо, которое по своим формам (как и некоторые детали крыши) плохо сочетается со сдержанными фасадами княжеских палат.

В настоящее время в музейных экспозициях «Палат царевича Дмитрия» располагается коллекция предметов прикладного искусства (изразцы, щиты и др.), а также предметов по истории XVII–XIX веков.

Есть в Музее и богатое собрание резной деревянной скульптуры.

Значение итальянского архитектора Донато Браманте для дальнейших судеб архитектуры высокого Возрождения настолько велико, что часто, характеризуя какой-то новый стиль в этом виде человеческой деятельности, его называют «брамантеско». Д. Браманте определил пути развития не только итальянского зодчества, но и мирового. Величественность — основа архитектуры высокого Возрождения — впервые появилась и получила свое дальнейшее развитие именно в его творчестве. Да и не одна только идея величественности, все характерные приемы стиля высокого Ренессанса возникли раньше всего в архитектурной манере Д. Браманте.

Все свои основные сооружения архитектор возвел в Риме, именно римский период в жизни Д. Браманте создал ему славу величайшего архитектора своего времени. К 1503 году, когда на папский престол взошел Юлий II, Д. Браманте был уже самым крупным и авторитетным архитектором в Риме. Естественно, что его пригласили к работам по расширению Ватикана, и ватиканские сооружения стали высшим достижением творчества этого зодчего.

На Донато Браманте папе Юлию II указал великий Рафаэль, и архитектору поручили составить проект реконструкции Ватикана, который до того времени представлял собой ряд разрозненных сооружений, не скрепленных общим замыслом и единством архитектурного стиля. Дж. Вазари в своих «Жизнеописаниях» сообщает, что папа Юлий II задумал благоустроить участок между Бельведером и дворцом так, «чтобы он принял форму прямоугольного театра… между старым папским дворцом и каменным зданием, которое воздвиг для проживания пап Иннокентий VIII. Предполагалось также, чтобы по двум коридорам с лоджиями, которые окаймляли бы лощину, можно было пройти из Бельведера во дворец и из дворца в Бельведер и чтобы из лощины по разнообразно расположенным лестницам можно было бы подняться на площадку Бельведера».

По существу архитектору предстояло создать совершенно новое, колоссальных размеров сооружение, умело введя в него уже существующие здания. Донато Браманте предложил папе проект целостного ансамбля, задуманный очень широко, так как он хотел виллу Бельведер соединить не только с папским дворцом, но и с базиликой Святого Петра. Кроме того, архитектор намеревался разбить сад и создать двор для развлечений и празднеств.

Увлекшись грандиозностью поставленной задачи, архитектор еще больше расширяет ее рамки и создает необычайный архитектурный ансамбль. По замыслу Д. Браманте, огромный и сильно вытянутый с севера на юг двор должен был располагаться на террасах в трех разных уровнях. Коридоры по обеим сторонам двора должны были связывать Бельведер и папский дворец, а лестницы, соединявшие террасы двора, превращали Бельведер и папский дворец в единую композицию, замкнутую с севера поперечной стеной.

По словам современников, полет фантазии Д. Браманте «не имел пределов», его замыслы были признаны столь прекрасными, что казалось, Рим с древнейших времен не видывал ничего лучшего. Для их практического осуществления даже потребовалось срыть несколько кварталов, за что многочисленные враги зодчего называли его разрушителем.

Но задача осложнялась еще и тем, что рельеф местности от виллы Бельведер к папскому дворцу сильно «падал». Кроме того, архитектура подлежащих объединению зданий была очень различна. Большинство сооружений, с которыми должен был считаться Д. Браманте, относились ко второй половине XV века. Именно тогда были построены «апартаменты Борджиа», а при папе Сиксте IV архитектор Дж. де Дольчи возвел Сикстинскую капеллу.

Нельзя было забывать и о защищенности Ватикана с востока, так как существовавшие с этой стороны укрепления по проекту Д. Браманте должны были быть снесены для возведения нового двора. Помимо всего этого, при вилле Бельведер зодчий должен возвести и двор для размещения античных статуй.