В марте 1802 года Каролина отправилась к мужу в Берлин выяснять отношения. Они решили окончательно разойтись. 17 мая 1803 года брак был наконец расторгнут. Теперь ничто не держало Шеллинга в Иене. Побывав в Веймаре и простившись с Гете и Шиллером, Фридрих и Каролина уехали в маленький швабский городок Мурхардт к его родителям. Радушный прием обеспечили тактичные письма Шеллинга. Его отец был расположен к Каролине также и потому, что она была дочерью известного ориенталиста профессора Михаэлиса, которого он знал и чтил.
26 июня Шеллинг и Каролина поженились. Медовый месяц молодые провели в Канштадте. Вернулись в Мурхардт и отбыли в Штутгарт. Затем переехали в Тюбинген. Наконец, получив назначение в Вюрцбург, Шеллинг на долгие годы обосновался в Баварии. Его учение о природе развилось в эпоху естественнонаучных открытий Вольты, Гальвани, Кулона, Лавуазье, что и нашло свое выражение в таких сочинениях философа, как «Первый набросок системы натурфилософии для лекций» (1799), «Введение к наброску системы натурфилософии, или О понятии спекулятивной физики и о внутренней организации системы этой науки» (1799), «Общая дедукция динамического процесса» (1800).
На формирование натурфилософских взглядов Шеллинга оказали непосредственное влияние исследования И. Риттера, К. Кильмейера, К. Эшенмайера. Мы не только мыслим природу, доказывает Шеллинг, и не только воображаем ее, но и практически взаимодействуем с ней. Он развивает динамическое воззрение на природу, согласно которому природа в своем развитии проходит ряд качественно отличных ступеней, которые Шеллинг называет потенциями. Сущность природы составляет так называемая «полярность», или единство противоположных сил полюса магнита, положительное и отрицательное электричество и т. п.
Картина природы, построенная таким образом, получает у Шеллинга название натурфилософии. И это была новая для того времени форма знания. В сущности, натурфилософия представляла собой учение о природе, где последние данные опытного естествознания дополнялись чисто умозрительными, спекулятивными, как было принято тогда выражаться, понятиями. Это была попытка синтеза опытного естествознания и спекулятивной философии.
Природа выступает у Шеллинга как «видимый дух» — это живой, связный во всех своих частях единый организм. Эстетическое видение, которым был щедро одарен мыслитель, упрочивало такой подход к природе как к целостному, гармонично организованному устройству, прекрасному образцу для творческого художественного воспроизведения. Учение Шеллинга возвестило о наступлении новой эпохи. Ибо хотя любовь немецких романтиков к природе и была велика, но они любили ее как бы заочно, в мечте. Неудивительно поэтому, что прямая ориентация «лицом к природе» — завоевала многочисленных сторонников и восторженных последователей.
Шеллинговская концепция быстро завоевывала признание и в кругах ученых. В лице крупного исследователя в области минералогии норвежца Генриха Стеффенса Шеллинг обрел в 1798 году первого значительного союзника из среды естествоиспытателей. Найдя в философии природы обоснование медицинских взглядов на Броунову теорию раздражимости, бамбергская школа врачей признала Шеллинга своим главой, и медицинский факультет баварского университета избрал его своим почетным доктором (1800).
Лекции Шеллинга стали сенсацией. Слава и успех сопутствовали ему, число слушателей на его лекциях заметно увеличивалось. Их посещали будущий естествоиспытатель и натурфилософ Лоренц Окен и один из первых русских шеллингианцев, петербургский натурфилософ Данило Михайлович Велланский.
В1800 году появляется работа Шеллинга «Система трансцендентального идеализма». Автор говорит о натурфилософии и трансцендентальной философии как о двух науках, с необходимостью дополняющих друг друга. Если смотреть на мир, исходя из природы, как это делает натурфилософия, то на первом плане оказывается объективная, материальная сторона действительности. Но чем выше мы поднимаемся по лестнице природных форм, указывает Шеллинг, тем организованнее природа, тем больше в нее «проникает закономерность», а значит, ее «необходимой тенденцией» является «одухотворение». Природное развитие завершается появлением человеческого сознания.
В январе 1801 года вышел очередной номер «Журнала умозрительной физики» со статьей Шеллинга «Об истинном понятии натурфилософии». «Как будто идешь в сумерках по знакомой дороге, ориентируешься безошибочно, хотя окружающих предметов не видно», — отозвался Гете об этой статье. Гегель, исчезнувший из поля зрения Шеллинга однокашник, вновь дал о себе знать осенью 1800 года. Шеллинг принял живое участие в судьбе университетского друга. Помог переехать в Иену, поселил у себя. Гегель прошел габилитацию (первым оппонентом на диспуте был Шеллинг) и в качестве приват-доцента начал читать курс.
Для Шеллинга Гегель оказался находкой. К тридцати годам ничем себя в науке не проявивший, усердный, без амбиций, противник Фихте, вроде бы единомышленник — лучшего соратника трудно себе представить. Способности у них различны (Шеллинг продуцирует идеи, Гегель углубляет их, доводит до конца, систематизирует), характеры несхожи (Шеллинг импульсивен, Гегель рассудителен), но это не мешает им сотрудничать.
Работа Гегеля «Различие между системами философии Фихте и Шеллинга» (1801) поддержала и укрепила Шеллинга в мысли о том, что его натурфилософия не просто ветвь фихтианской теории познания, но содержит в себе новой принцип, и что тождество мышления и бытия есть как основной предмет, так и принцип его подхода. В различных сферах философии и разными способами прокладывает Шеллинг дорогу своей философии тождества в лекциях по философии искусства (читанных в Иене в 1802–1803 годах и в Вюрцбурге — в 1804 и 1805 годах), в курсе лекций «О методе академического изучения» (1802), в философском разговоре «Бруно, или О божественном и естественном начале вещей» (1802), в своем гносеологическом и историко-философском подходе — повсюду проводит он один и тот же принцип.
Шеллинг публикует курсы читаемых им лекций, издает «Журнал спекулятивной физики» (1800–1802) и — в соавторстве с Гегелем — «Критический журнал философии» (1802), печатается даже в таком журнале, как медицине кий ежегодник. Настойчивость Шеллинга в распространении им своих воззрений примечательна в той связи, что саму философию он считает принципиально недоступной «многим», эзотеричной по самому ее существу. Его статья «Иммануил Кант» (1804) появилась сначала просто как газетный очерк. Он пробует различные стили математический (опыт изложения «Философии искусства» по образцу спинозовской «Этики»), диалогический («Бруно»), афористический («Изречения, служащие введением в натурфилософию»), наконец, публицистическо-полемический стиль.
Личные контакты также играют немаловажную роль в деле распространения им своих взглядов, непосредственное общение и переписка с ним оказали большее или меньшее воздействие на таких людей, как Г. Стеффенс, Л. Окен, Д. Велланский, П. Чаадаев. Это стремление сделать свое учение доступным и понятным многим, притом без снижения теоретического уровня, сочеталось у защитника философии тождества, точнее, постоянно боролось в нем с непомерным самомнением и аристократизмом. Излюбленной поговоркой его была строка из Горация «Ненавижу толпу невежд и держусь от нее вдалеке».
Если в ранние годы своего творчества он свободно использовал вошедший в обычай у романтиков способ софилософствования, замечательным примером чего было издание им «Критического журнала философии» совместно с Гегелем без разграничения авторства, то позднее Шеллинг стал ревностно охранять свои идеи, отстаивать право собственности на них. «Мои идеи», приговаривал он, жалуясь на «похищения». После смерти друга своей молодости Гегеля (1831) он не упустил случая ввязаться в спор об истинном авторстве стародавней статьи «Об отношении философии природы к философии вообще», напечатанной без подписи в «Критическом журнале философии» (1802), заявив, что статья написана им, Гегелю же не принадлежит в ней «ни буквы».
