Изменение отношения к Гегелю очень показательно для философской эволюции Шеллинга. Получив от Гегеля экземпляр только что напечатанного первого крупного его произведения «Феноменология духа», Шеллинг 2 ноября 1807 года посылает в ответ текст своей знаменитой речи об отношении изобразительных искусств к природе, произнесенной в мюнхенской Академии художеств, и краткое письмо, из которого видно, что между двумя главными защитниками философии тождества возникли разногласия. После этого переписка старых университетских товарищей навсегда обрывается и их дружеские связи прекращаются.

Уже в годы преподавания в Вюрцбургском университете (1803–1806) в Шеллинге зрел внутренний «переворот», наложивший печать на все последующее направление его мышления. Его мучат теперь проблемы добра и зла. Философия природы не отвечает на вопросы о смысле жизни и о страданиях в этом мире. Есть более основательный центр, на кругах которого вращаются миры разума и гармонии, — это религия. В сочинении «Философия и религия» (1804) поворот в миросозерцании мыслителя становится уже заметным, а в «Философском исследовании о сущности человеческой свободы» (1809) в основу кладется уже иррациональный принцип сотворение мира из божественной «темной основы».

Жизнеутверждающий оптимизм сменяется пессимистическим миросозерцанием, рационализм — мистикой, учение о природе меняет свою первоначальную натуралистическую окраску на религиозную. Все эти перемены происходят в рамках философии тождества, принципов которой Шеллинг придерживался на протяжении первого десятилетия XIX века.

С 1806 года Шеллинг живет в Мюнхене, где становится членом Академии наук и секретарем Академии изящных искусств. Осенью 1807 года умирает его жена — Каролина. Это был тяжелейшей удар для Фридриха. Каролина была не просто любимой женщиной, другом, она была частью его самого, сокровенным возбудителем творчества. Он проживет еще много лет, больше, чем прожил. Его будут посещать оригинальные мысли, но все останется незавершенным, из печати не выйдет ничего значительного. В истории культуры трудно найти другой пример того, чтобы женщина значила так много в творческой жизни философа.

Именно после ее смерти он становится глубоко верующим человеком и пытается разрабатывать позитивную философию, или философию откровения, в которой откровение ставит выше разума. Местный юрист Эбергард Фридрих Георгии предлагает Шеллингу рассказать о своей философии в узком кругу заинтересованных лиц. Шеллинг соглашается, просит только, чтобы слушателей было как можно меньше, чтобы встречи носили характер не лекций, а собеседований. Так начинаются «Штутгартские беседы». «Шеллинг вернул Бога миру, откуда его изгнали своим умничаньем ученики Канта», — писал королю Вюртемберга куратор Тюбингенского университета Вангенгейм, участник «Штутгартских бесед».

Избавленный от необходимости преподавать, он посвящает свободное время упражнениям в магии и размышлениям над ее тайнами. Во время продолжительного отпуска в 1810 году, проведенного им в Штутгарте, Шеллинг развивает в частных лекциях учение о личном бессмертии. На сдвиг в мировоззрении мыслителя указывает его (последняя из изданных им самим) работа «О самофракийских божествах» (1815), появившаяся в качестве приложения к более значительной, но так и не опубликованной им работе о мировых эпохах.

Шеллинг занят теперь проблемами божественной истории, которая переживается человеком как самооткровение Бога сначала в мифологических воззрениях древних, а затем в христианской религии, соответственно чему новая система его так называемой позитивной философии подразделяется на философию мифологии и философию откровения. После ухода из жизни Каролины Шеллинг уверовал в бессмертие и при этом сохранил свою оппозицию идеализму. Как совместить противоположные позиции?

В Германии в XVIII веке существовало целое философское направление, сочетавшее естественнонаучный материализм с учением о личном бессмертии душа состоит из материальных атомов и именно поэтому вечна и нетленна, Шеллинг был убежден в нерасторжимости духа и материи. Помимо литературной работы, помимо чтений, он находит успокоение в переписке с Паулиной Готтер, дочерью близкой подруги Каролины. Она называла его жену второй матерью. Довольно долго они переписывались, прежде чем Шеллинг назначает ей свидание. Девушка производит на него приятное впечатление. 11 июня 1812 года она выходит за него замуж». Я нашел то, что мне было нужно», — сказал он в первый же год своей новой супружеской жизни и от этих слов никогда не отрекался.

Что касается Паулины, то она была без ума от своего мужа «Я счастлива без меры, — признается она своей доверенной подруге, — Шеллинг самый дорогой, самый лучший человек на свете, у нас взаимная сердечная склонность, наши желания и стремления едины, мы живем каждый в другом и только для другого». Паулина подарила ему шестерых детей — троих сыновей и троих дочерей.

В Баварии, где Шеллингу покровительствовал сначала король Максимилиан-Иосиф, а затем вступивший на престол наследный принц Людвиг, философ нашел наиболее благоприятные условия для беспрепятственной проповеди своих новых, созревших в тиши взглядов, взращенных под влиянием учения герлицкого мистика XVII века Якова Беме о порождении Бога в Боге, а также под воздействием мифологическо-христианских представлении гностиков и александрийских неоплатоников о познании как откровении человеку глубочайших тайн божественной сущности.

В мае 1827 года его назначают генеральным хранителем научных коллекций государства с окладом 4500 флоринов. В августе — президентом Академии наук, это дает надбавку еще 500 флоринов. Но дело даже не в надбавке он возведен на высший пост в стране. Однако Шеллинг оказался в стороне от главного направления философского развития, инициативой в котором решительно завладел Гегель.

Между первоначальными идеями Шеллинга и гегелевской системой явно прослеживается преемственность и настоящий прогресс, тогда как позднейшее учение Шеллинга означает скорее расхождение его с прежними своими убеждениями и с гегелевскими взглядами. «Позитивная философия», разрабатывавшаяся приблизительно с 1815 года, была изложена Шеллингом в 90 лекциях, представлявших собой содержание позднейшего учения, которого он придерживался до конца своих дней.

Решающим испытанием этих новых взглядов стало чтение им лекций в 1841–1842 годах в Берлинском университете, куда он был приглашен королем, чтобы «разделаться» с учением покойного уже Гегеля и с беспокойными его учениками. Курс философии откровения слушали одновременно А. Гумбольдт, С. Кьеркегор, М. Бакунин и Ф. Энгельс, который проходил в Берлине срочную службу в качестве королевского бомбардира. В своей критической статье «Шеллинг — философ во Христе» Энгельс характеризовал этот курс следующим образом: «Первое, что сделал Шеллинг здесь на кафедре, было то, что он прямо и откровенно напал на философию и вырвал из-под ее ног почву — разум».

Недовольны были и другие гегельянцы, когда лектор потревожил тень их учителя. Шеллинг старался быть сдержанным, он не ругал, он хвалил Гегеля, но как «Только Гегель спас для будущего времени основную мысль моей философии и сохранил ее в чистоте». Однако возложенную на него прусским правительством миссию Шеллинг не выполнил. Он прекратил читать лекции в 1846 году. Потом перед началом каждого семестра к нему приходили студенческие депутации с просьбой начать курс, но он отказывался, ссылаясь на то, что в Пруссии нельзя отстоять свое авторское право. Он был недоволен правительством и общегерманской политической ситуацией.

В феврале 1848 года собеседник Шеллинга записал следующие его слова «Немец вселенский осел. Судьба его не щадит. Мелкодержавье устарело и изжило себя. Вы увидите через 30 лет все будет иначе». Жизнь втягивала его в политику. Король Максимилиан обращался к нему за советами, и он давал их. Шеллинг был противником революции, любой государственный переворот называл «отцеубийством», но изъяны монархии ему тоже очевидны. «Я категорически отрицаю, что на этом свете вообще может быть идеальное государственное устройство», — пишет он баварскому королю.