К этому времени наметилась тенденция к образованию на основе программы И. 1-го первых самостоятельных партий рабочего класса в отдельных странах. В сентябре 1868 в Германии Нюрнбергский съезд Союза рабочих просветительских обществ, на котором было представлено 14 тыс. рабочих, заявил о своем присоединении к программе И. 1-го. В августе 1869 на съезде в Эйзенахе была основана Социал-демократическая рабочая партия Германии.
Четвёртый конгресс состоялся в Базеле (Швейцария) 6—11 сентября 1869. На нём присутствовало 78 делегатов из Великобритании, Франции, Германии, Бельгии, Швейцарии, Италии и Испании. Приехал и представитель американских рабочих — делегат Национального рабочего союза Э. К. Камерон. Решения Базельского конгресса, подтвердившие брюссельские резолюции об обобществлении земли, нанесли окончательный удар правым прудонистам и сыграли решающую роль в определении аграрной программы И. 1-го; в основе этой программы лежал марксистский принцип союза рабочего класса с крестьянством. Уже здесь между сторонниками Маркса и бакунистами обозначились коренные разногласия по вопросу о пролет, революции и диктатуре пролетариата, сделавшие в дальнейшем невозможным пребывание бакунистов в рядах И. 1-го. По вопросу о праве наследования, отмену которого Бакунин выдвигал как средство для скорейшего перехода земли от частных владельцев к обществу, Маркс составил для конгресса «Доклад Генерального совета о праве наследования»; в нём была подвергнута критике утопическая идея Бакунина о достижении социализма посредством этой меры и показано, что она могла лишь оттолкнуть крестьянство в момент, когда перед И. 1-м встала практическая задача расширения своего влияния в деревне.
Зимой 1869—70 секции И. 1-го развернули пропаганду решений Базельского конгресса по аграрному вопросу. В Великобритании по инициативе Маркса и при участии английских членов Генерального совета была основана Лига земли и труда; в программу Лиги наряду с требованием национализации земли входило чартистское требование всеобщего избирательного права. Женевские секции И. 1-го опубликовали составленный И. Ф. Беккером «Манифест к с.-х. рабочим», который получил большое распространение в Германии и Австро-Венгрии и был тогда же переведён на русский язык. Стремясь помочь немецким социал-демократам (эйзенахцам) выработать революционную тактику в аграрном вопросе, Энгельс в предисловии к новому изданию своей работы «Крестьянская война в Германии» указал на необходимость дифференцированного подхода к различным категориям крестьян и ориентации на прочный союз промышленного рабочего класса с с.-х. пролетариатом и трудовым крестьянством (см. там же с. 412—20).
После Базельского конгресса Бакунин и его сторонники, стремясь взорвать И. 1-й изнутри, начали кампанию против Генерального совета. В женевской газете «Эгалите» («Egalité») они опубликовали ряд статей, в которых клеветнически обвиняли Генеральный совет в нарушении устава, в том, что он якобы, увлекшись ирландских вопросом, навязывает его международному рабочему движению в ущерб интересам пролетариата. В циркулярном письме ко всем секциям И. 1-го, известном под названием «Конфиденциальное сообщение», Маркс опроверг все обвинения Бакунина в адрес Генерального совета, показав, в частности, международное значение борьбы за поддержку ирландского национально-освободительного движения в противовес шовинистической позиции английских тред-юнионистских лидеров в ирландском вопросе и национальному нигилизму самих бакунистов.
Поддержку в борьбе против бакунизма Маркс и Энгельс получили со стороны Русской секции 1-го Интернационала , основанной в конце 1869 — начале 1870 в Женеве. По просьбе членов секции её представителем (секретарём-корреспондентом для России) в Генеральном совете стал К. Маркс.
Франко-прусская война 1870—71 помешала созыву очередного, 5-го конгресса И. 1-го, который должен был собраться в сентябре 1870 в Майнце. В воззваниях от 23 июля и 9 сентября 1870, выпущенных от имени Генерального совета, Маркс проанализировал характер войны на её двух этапах. В соответствии с этим определялась и тактика европейского пролетариата в отношении войны. В документах Генерального совета буржуазному шовинизму противопоставлялись интернациональное единство рабочего класса, братство немецких и французских рабочих. Благодаря И. 1-му во время войны впервые в истории развернулись широкие антивоенные выступления рабочего класса различных стран. Пример подлинного пролетарского интернационализма показала германская Социал-демократическая рабочая партия (эйзенахцы). В рейхстаге 21 июля 1870 В. Либкнехт и А. Бебель отказались голосовать за военные кредиты. 5 сентября, наследующий день после крушения Второй империи во Франции, ЦК эйзенахской партии выпустил так называемый Брауншвейгский манифест, в котором требовал немедленного заключения с Французской республикой почётного мира без аннексий и контрибуций.
Французским рабочим Маркс настоятельно рекомендовал использовать буржуазно-демократические свободы для создания самостоятельной партии; он предостерегал парижских рабочих от несвоевременного восстания в момент, когда неприятельские войска стояли у стен Парижа. Маркс предвидел, что французская буржуазия, не задумываясь, призовет на помощь против повстанцев прусских интервентов.
К моменту революции 18 марта 1871 парижские секции были слишком слабы теоретически и организационно, чтобы возглавить французский рабочий класс, но члены И. 1-го различных национальностей (Э. Варлен, Л. Франкель, Я. Домбровский, Е. Л. Дмитриева и др.) играли выдающуюся роль в Коммуне; многие из них пали на баррикадах. Огромную деятельность в поддержку Коммуны развернул Генеральный совет, разъясняя рабочим всех стран истинный смысл парижских событий, призывая их оказать коммунарам моральную и материальную помощь. Маркс поддерживал тесную связь с Коммуной, получал информацию, давал практические советы, касавшиеся экономической, политической и военной деятельности Коммуны. По поручению Генерального совета К. Маркс написал Воззвание ко всем членам Товарищества в Европе и Соединённых Штатах — «Гражданская война во Франции», в котором вскрыл сущность Коммуны как первого в истории опыта диктатуры пролетариата, проанализировал её ошибки и причины поражения и дал глубокое теоретическое обобщение уроков Коммуны.
Выступления И. 1-го в защиту первого в истории пролетарского государства навлекли на него ненависть международной буржуазии. Во всех странах начались гонения на И. 1-й, простая принадлежность к которому почти повсюду была объявлена государственным преступлением. Именно в этот момент бакунисты возобновили свою подрывную деятельность.
17—23 сентября 1871 состоялась Лондонская конференция делегатов И. 1-го, работой которой руководили Маркс и Энгельс. Необходимо было сделать выводы из уроков Парижской Коммуны, закрепить эти выводы в программе И. 1-го, нанеся удар по сектантству и анархизму. В центре внимания стояли вопросы о политической борьбе пролетариата, о диктатуре пролетариата, о партии. Конференция приняла важнейшее решение о необходимости создания в каждой стране самостоятельной политической партии пролетариата, как решающего условия победы пролетарской революции, призвала секции усилить работу в профсоюзах, среди женщин, а также в сельских местностях.
В ответ на лондонские решения бакунисты на сепаратном конгрессе в Сонвилье (Швейцария) 12 ноября 1871 выпустили так называемый Сонвильерский циркуляр, в котором призывали упразднить Генеральный совет и провозгласить полную автономию секций. Стремясь парализовать вредное воздействие анархистской пропаганды, Маркс и Энгельс составили циркуляр, утвержденный Генеральным советом 5 марта 1872 и известный под названием «Мнимые расколы в Интернационале», в котором разоблачили интриги Бакунина и вскрыли мелкобуржуазную сущность его эклектических взглядов.
Пятый конгресс состоялся в Гааге 2—7 сентября 1872 при непосредственном участии Маркса и Энгельса; на нём развернулась ожесточённая борьба, в результате которой бакунистам, вступившим в блок с реформистскими лидерами английских тред-юнионов, был нанесён сокрушительный удар. Линию Маркса поддержали члены Генерального совета — бланкисты (Э. Вайян и др.), делегаты конгресса Ф. А. Зорге, И. Ф. Беккер, П. Лафарг и др. Конгресс подтвердил решение Лондонской конференции о политическом действии рабочего класса и включил в Устав И. 1-го соответствующий новый пункт. Бакунин и его сторонник Дж. Гильом были исключены из И. 1-го. Конгресс постановил опубликовать доклад Генерального совета о расследовании тайной деятельности бакунистов внутри И. 1-го. Доклад, составленный Марксом и Энгельсом при участии П. Лафарга, был опубликован в 1873 под заглавием «Альянс социалистической демократии и Международное Товарищество Рабочих». В связи с неблагоприятной обстановкой на континенте, где господствовала реакция, и угрозой, что английские реформисты и бланкистские сектанты смогут захватить руководство Генеральным советом, последний по настоянию Маркса и Энгельса был переведён в Нью-Йорк. Генеральный совет был полностью обновлен: основное ядро образовали руководители Североамериканской федерации — Ф. А. Зорге, Ф. Больте и др.