Ввиду незначительного влияния на морские качества и существенного улучшения боевых качеств корабля кораблестроительный отдел счел допустимыми перегрузку от установки 120-мм орудий длиной ствола 45 калибров (массой со станком и щитом 9,1 т, а с запасом из 100 патронов 12,7 т) и уменьшение метацентрической высоты на 50 мм. Соответствующей перегрузки потребовали и подкрепления корпуса и фундамента под установку орудия, отдача которого доходила до 29,5 т, а также и переоборудование кормового 75-мм погреба под новые, удлиненные до 1,3 м, 120-мм фугасные снаряды. Сами орудия, ввиду нежелательности их переделок в случае передачи со строящихся линейных кораблей типа "Андрей Первозванный", срочно заказывались на Обуховском заводе.
Тем временем постройка корпусов кораблей, начатая одновременно 24 января 1906 г., быстро продвигалась вперед. На день официальной закладки 3 сентября 1906 г. корабли имели до 40% готовности (по отношению к полной стоимости постройки). Наибольшее продвижение 46,75% было на "Лейтенанте Шестакове", в корпусе которого установили около 100 т материала, включая и закрепленный 200-кг форштевень. В марте 1907 г. на всех четырех кораблях установили 1,7 т ахтерштевни, в июле-августе 3,4 т кронштейны гребных валов. Шла установка пиллерсов, машинных и котельных фундаментов, светлых люков, леерных стоек, якорных шлюзов. Начали навешивать рули, крепить румпеля, отводы гребных винтов.
В августе 1907 г. на "Шестакове" появилась и надпись названия корабля. Первым он и был спущен на воду. За ним последовали 1 сентября "Капитан Сакен", 16 октября "Лейтенант Зацаренный" и последний 23 октября "Капитан-лейтенант Баранов". От завода судостроительными работами на миноносцах руководил морской инженер (выпускник Петербургского политехнического института) С Т. Каменский, наблюдающими до апреля 1907 г. были корабельные инженеры А.А. Терентьев и В.Е. Карпов, а затем штабс-капитан корпуса корабельных инженеров А.Э. Влашимский.
Вместе с энергичной достройкой на плаву продолжалась корректировка целого ряда проекто-технических решении. В связи с решением об установке на миноносцах радиостанций наблюдавший за постройкой корабельный инженер взамен предусматривающихся по контракту легких (17 м от ватерлинии) мачт в 1907 г. спроектировал новые длиной 21 м, но и их в 1908 г. пришлось переделывать в связи с требованием заведующего радиотелеграфным делом в Черноморском флоте капитан-лейтенанта В.Н. Кедрина.
Только в мае 1909 г. после опытов на "Лейтенанте Шестакове" грот-мачту по его образцу высотой 16,3 м начали устанавливать на остальных миноносцах серии. Дополнительными были выстрелы для шлюпок, специальные сигнальные огни (быстроходных кораблей, адмиральский и кильватерный), барбеты и подкрепления под 75-мм орудия (взамен 47-мм). Металлическую мебель вместо уже начатой деревянной изготовили по образцам, разработанным корабельным инженером Н.И. Егоровым для 350-т миноносцев. Отделку жилых помещений усовершенствовали парусиновыми щитами на рамах по указанию главного командира Черноморского флота Р.Н. Вирена.
Увеличили емкости цистерн питательной и питьевой воды. Кроме ручной подачи 75-и 120-мм боеприпасов, заводом была изготовлена также и элеваторная с приводом от ручных лебедок. Менялся и способ покрытия верхних палуб кораблей. Предлагавшаяся по спецификации толстая просмоленная лаком парусина была признана непрактичной по опытам в Балтийском флоте, но только после официальной сдачи кораблей их уже начинавшие ржаветь палубы решили покрыть линолеумом.
В августе 1908 г. перешедший первым в Севастополь "Лейтенант Шестаков" начал ходовые испытания, но контрактной 25-уз скорости добиться не удалось. Диаметр винтов уменьшили с 2,83 до 2,5 м, а площадь развернутой поверхности каждого с 2,3 до 1,9 м . Но и с этими измененными винтами вступивший в испытания "Капитан Сакен" достиг лишь 22-уз скорости. Частота вращения составляла только 300 об/ мин., вместо контрактных 350-360. Советы из Петербурга известного инженер-механика В.И. Афанасьева помогли добиться лишь 310 об/мин., и обескураженный завод заявил, что "наши миноносцы вследствие своеобразного образования корпуса не соответствуют условиям для определения формы и размеров винтов".
Для привлечения к делу "авторитетов морской техники" в Петербург со всей документацией отправился представитель завода А.Н. Харкевич. Винты пришлось проектировать вновь, и лишь в мае 1909 г. скорость каждого корабля подошла к контрактной: 24,26 уз у "Лейтенанта Зацаренного", 24,4 у "Капитан-лейтенанта Баранова", 24,58 у "Лейтенанта Шестакова", 24,78 у "Капитана Сакена". Проектная (6500 л.с.) мощность была перекрыта на каждом корабле, составив соответственно 6963, 6675, 7136, 7310 л.с. В недостатке скорости повинна была и перегрузка. Водоизмещение кораблей на испытаниях, даже за вычетом "министерской", принятой на себя заказчиком перегрузки 16 т и с контрактным запасом угля составило от 639 до 645 т, вместо 605 по контракту. При полных угольных ямах (вместимость до 214 т) водоизмещение соответственно увеличивалось.
Еще не вступившие в строй корабли, продолжая интенсивные испытания (включая прогрессивные на Лукульской мерной миле и 42-часовые пробеги в море) и доделочные работы в Севастополе и на Николаевском заводе, часто привлекались к маневрам и учениям флота. Вместе или порознь они совершали плавания в Николаев. Ялту, Феодосию, Одессу, участвовали в конвоировании царской яхты "Штандарт", а "Лейтенант Шестаков" под императорским брейд-вымпелом 3 сентября принимал смотр миноносцев флота. 18 сентября 1909 г. председатель приемной комиссии капитан 1 ранга И.Г. Васильев (он же начальник образованного кораблями дивизиона строящихся эскадренных миноносцев) подписал акт о приеме в казну "Лейтенанта Шестакова", за ним 30 сентября были приняты "Капитан Сакен" и "Капитан-лейтенант Баранов", а 3 октября "Лейтенант Зацаренный". Надежность их конструкции и доброкачественность работ лично в Севастополе проверяли председатель МТК генерал-майор по адмиралтейству А.Н. Крылов и товарищ морского министра контр-адмирал И.К. Григорович, под брейд-вымпелом которого "Лейтенант Шестаков" 17 октября 1909 г. совершил 20-узловой скоростью переход из Севастополя в Ялту и обратно.
И.К. Григорович, согласившись с предложением А.Н. Крылова принять миноносцы в казну, в своем докладе морскому министру подчеркивал, что на кораблях "исполнение работ отмечается законченностью и тщательностью при общей правильности и рациональности деталей конструкции".
Эскадренный миноносец "Капитан Сакен" в Севастополе.
Приказом по Морскому ведомству от 12 ноября 1909 г. корабли зачислили в действующий флот Черного моря. Они образовали второй дивизион эскадренных миноносцев и вместе с первым дивизионом (миноносцы 350 т серии "3" и "Ж") были сведены в минную бригаду. Но и после этого до конца года продолжалась энергичная "доводка" кораблей силами Севастопольского военного порта. Неоценимой была помощь командированных заводских специалистов, из которых И.К. Коносович, например, бессменно проплавал на "Капитане Сакене" 1,5 года сначала наблюдающим машинистом, потом гарантийным механиком. В течение декабря 1909 г. на каждом из четырех эсминцев взамен 75-мм пушки, временно смонтировали кормовой фундамент, установили по одному 120-мм орудию и приступили к их регулировке и испытаниям стрельбой. Орудия снабдили оптическими прицелами и начали осваивать ручные дальномеры системы Мякишева. Одновременно заканчивали оборудование радиорубок, подогнали в доке запасные винты, окрасились в защитный шаровой цвет, переделывали подачу к 120-мм орудиям, для которых элеваторы были признаны излишними.
