Более полувека гностицизм успешно соперничал с ортодоксальным учением церкви, пытаясь по-своему синтезировать и обобщить достижения эллинской философской науки и содержание новозаветного Благовестия. Борьбе с гностицизмом посвятили себя большинство выдающихся богословов второй пол. II — нач. III в.; среди них выделяются имена Иустина; Иринея Лионского; Ипполита Римского и Квинта Септимия Тертуллиана. Окончательно гностицизм как особый феномен позднеантичной религиозной и философской культуры исчезает к V в., однако отдельные элементы учения гностиков позже легли в основание манихейства (возникшего в III в.) и многочисленных ересей христианского Средневековья (павликиане, богомилы, катары).

Первым центром формирования спекулятивных универсальных богословских систем на христианском Востоке стала Александрийская богословская школа. Первым известным главой этой школы был некий Пантен; он не оставил после себя никаких сочинений. Учениками Пантена были крупнейшие представители школы — Климент Александрийский и Ориген.

Тит Флавий Климент Александрийский(ок. 150 — 216 гг.) родился в языческой семье и получил прекрасное образование. После принятия христианства и многолетних скитаний Климент оказывается в Александрии (ок. 180 г.), где приблизительно в 200 г. сменяет Пантена в должности руководителя местной церковной (т. н. огласительной) школы. В 202 г. из-за начавшихся в Александрии преследований христиан Климент был вынужден тайно бежать изЕгипта и отправиться в Каппадокию (область в северной части п-ва Малая Азия), где он и прожил свои последние годы.

В историю патристической мысли Климент вошел как создатель первой универсальной системы христианского воспитания и одновременно первой универсальной теоретической богословской системы. Целью Климента было превратить христианское вероучение в прочное здание христианской науки и разработать методику для ее адекватного усвоения. Основные сочинения Климента составляют своеобразную «трилогию», объединенную общим педагогическим замыслом. «Протрептик» (или «Увещание к эллинам») изучается на подготовительной ступени; задача этого сочинения — отвратить от суеверий и приблизить к вере. «Педагог» — вторая ступень, служащая исцелению страстей и воспитанию души. Высшую ступень, ступень богопознания составляют «Строматы» (букв. «лоскутные покрывала») — самое значительное произведение Климента; здесь излагается сумма христианского знания, истинный «гносис».

Развивая общие принципы богословия апологетов, Климент приходит к тезису о гармонии между верой и разумом. Вера, по утверждению Климента, является первой ступенью к достижению совершенства и непременным условием для продвижения к «гносису»: ни достоверное знание, ни счастливая жизнь невозможны в отсутствии веры. С помощью метода истолкований иносказаний (аллегорический метод) разум способствует прояснению содержания веры. Предназначение философии состоит в осуществлении перехода от веры к истинному знанию. Вся совокупность человеческих знаний о мире служит фундаментом для построения истинной философии, подобно тому, как сама философия служит подспорьем для построения истинной теологии: «Философия нужна была грекам ради праведности до прихода Господа, и даже сейчас она полезна для развития истинной религии, как подготовительная дисциплина для тех, кто приходит к вере посредством наглядной демонстрации... Ибо Бог — источник всякого добра: либо непосредственно, как в Ветхом и Новом Заветах, либо косвенно, как в случае философии. Но возможно даже, что философия была дана грекам непосредственно, ибо она была «детоводителем» (Гал., 3:24) эллинизма ко Христу — тем же, чем и Закон был для евреев. Таким образом, философия была приготовлением, проложившим человеку путь к совершенству во Христе» (Климент Александрийский. Строматы, I, 5).

Истинный «гносис» включает в себя две составляющие: богопознание (теологию) и достижение высшего нравственного совершенства. Знание сущности Бога в терминах позитивного, катафатического богословия (греч. κατάφασις — «утверждение»), с точки зрения Климента Александрийского, не достижимо в своей полноте; знать с достоверностью можно о Боге лишь то, чем Бог не является, и поэтому, чтобы выразить сущность неизъяснимого, возникает нужда в богословии негативном, апофатическом (греч. άπόφασις — «отрицание»). Бог превыше всего существующего, выше самой своей единичности; он бесконечен, безвиден и не имеет названия. Бог познается лишь в собственном Разуме, т. е. божественном Логосе, Сыне, который есть «сила» и «мудрость» Отца; он существует от века, рожден, но не-тварен. Логос-Христос — это «энергия» Бога Отца, неизменный посредник между Творцом и мирозданием в целом. Логос в структуре божественной иерархии располагается ниже Отца, и чем дальше от Логоса вниз, тем слабее становится связь с первоединым первоначалом. Достижение высшей ступени богопознания,по утверждению Климента Александрийского, сопровождается нравственным совершенством: в истинном «гностике» происходит слияние теоретической искушенности и аскетической безупречности; платонический идеал созерцания сущностей (вечных и неизменных) отождествляется с христианскими идеалами веры, надежды, любви.

Вторым выдающимся представителем Александрийской школы был Ориген(ок. 185 — 263/264 гг.), которого можно назвать без особого преувеличения родоначальником спекулятивного христианского богословия. Ориген родился в зажиточной христианской семье в Александрии и с самого раннего детства стал посещать начальные классы прославленной школы, руководимой Пантеном и Климентом. С течением времени Ориген изменил свое первоначальное негативное отношение к философии: приблизительно в 210 г. он становится учеником знаменитого пифагорейца Аммония Саккаса (ок. 175 — 242 гг.), у которого несколько позже учился Плотин, основатель неоплатонизма. Почти 30 лет Ориген плодотворно трудился в Александрии, после чего из-за конфликтов с властями он покидает Египет и отправляется в Палестину, в г. Кесарию, где учреждает новую богословскую школу. Погиб Ориген при гонениях на христиан во времена императора Декия.

Личность и творчество Оригена были во все времена окружены необычайным почетом и уважением. Многие важные элементы богословия Оригена были положены в основание разнообразных учений, и еретических, и православных. Вместе с тем многое в этой теории вызывало сомнение у церковных властей, что в конечном итоге и привело к осуждению взглядов александрийского богослова при императоре Юстиниане (553 г.). Из числа 2000 произведений, написанных Оригеном, одни сочинения (большая часть) безвозвратно погибли, другие дошли до нас в переводах восторженных учеников и поклонников, зачастую искажавших смысл его богословских воззрений.

В христианском учении Ориген видел вершину греческой философии: образцом для него (как и для всей патристической мысли после него) стал языческий платонизм. Здесь находит свое объяснение интерес Оригена к строгой методике доказательств, к математике, логике и числовой символике. Главным средством истолкования текстов Священноого Писания провозглашается аллегорический метод, выделяющий в каждом фрагменте три уровня смысла: буквальный (телесный), душевный (этический) и духовный (отвлеченно-теологический) . Принципы богословской теории излагаются в сочинении «О началах». В первой книге говорится о Боге как вечном источнике всего существующего; во второй — об устройстве Вселенной и сотворении мироздания; в третьей — о человеке и его назначении; и, наконец, четвертая книга трактует об Откровении и способах его постижения. Все истины веры, по утверждению Оригена, делятся на существенные (т. е. важнейшие принципы вероучения, сведенные в Символы веры) и не являющиеся таковыми (о которых в Писании сказано недостаточно четко или вовсе не сказано). Применительно к рассмотрению первых, существенных истин никакая свобода суждений, приводящая к разномыслию, недопустима, тогда как по частным вопросам (касающимся тварных вещей несовершенного мироздания) богословы вольны полагаться на собственный разум. Бог Оригена — это единство, или «монада», которая превышает все то, что можно о Боге сказать и помыслить. Ориген также часто использует выражение «Троица» и в рассуждениях об отношениях между Лицами Троицы впервые в истории христианского богословия употребляет понятие «единосущный» (греч. ομοούσιος). Сын Божий,который есть Божья Премудрость и божественный Логос, уподобляется световому лучу, который исходит из вечного неистощимого первоистока и при этом содержит в себе (потенциально) все мироздание. Логос есть вечное отражение первообраза, сверхсущей «монады», Бога Отца, но в отношении тварного мира он является первообразом, или «идей идей», и все вещи суть отображения Логоса, но не высшего Бога. Логос является как бы посредником между Богом и миром, через которого Бог, т. е. «монада» — сверхсущая и сверхмыслимая — развертывается во множественность. Дух Святой располагается в самом низу иерархии божественных ипостасей и пронизывает собой все мироздание. Действие Бога Отца простирается на все существующее, Бога Сына (Христа) —на разумное, Бога Духа Святого — на святое (Ориген. О началах, 1,2 — 3). Подобно тому, как в учении неоплатоников Ум вечно рождается из Единого, так и в учении Оригена второе Лицо (ипостась) божественной Троицы вечно рождается, проистекает из первого. Акт сотворения мира, как и рождение Сына от Бога Отца, также является с необходимостью вечным: Бог не может быть ни Творцом, ни Всемогущим. Подлинный мир — это мир «интеллектов» (ангелов, душ, чистых умов), а не материи, — самотождественный и единый. Тварный, чувственный мир существует во времени и не является ни постоянным, ни даже единственным: миры постоянно сменяют друг друга (Ориген. О началах, II, 1; III, 5), и разумные души (умы, «интеллекты») способны переселяться из одного тварного мира в другой (Ориген. О началах, II, 8). Душа представляет собой нечто среднее между плотью и духом (греч. πνεύμα). Она способна, с одной стороны, приблизиться к Богу и стать чистым духом, умом («интеллектом»), и может, с другой стороны, склониться к материи, чистому небытию. То и другое ее состояние обусловлено тем, что любое разумное существо наделено от природы способностью выбора — между достатком и недостатком, благом и злом и т. д. Зло же есть отпадение от полноты бытия к небытию (Ориген. О началах, II, 8; III, 1), т. е. следствие ложного, но свободного выбора. Зло, несчастье, несправедливость, порок, небытие и материя, говорит Ориген, не являются чем-то возникшим по недомыслию Бога —благого и всемогущего; все эти вещи являются следствием ложного выбора наделенных свободой тварных умов. В чувственном мире не может быть субстанциального блага и зла (зло и благо присущи вещам акцидентально), и поэтому нет в мироздании ни одного окончательно падшего и обреченного существа; даже дьявол, по Оригену, способен на благо (Ориген. О началах, I, 8). Все разумные существа образуют совместно единую иерархию бытия, место в которой зависит от степени нравственного совершенства. Целью для каждого человека — т. е. ума («интеллекта»), погрязшего в нечистоте материального мира, — является постепенное возвращение к изначальному состоянию богопознания, единение с Богом, спасение, «восстановление» (греч. αποκατάστασις), что в конечном итоге предполагается неизбежным и для всего мироздания.