Расследованием преступной деятельности на «АвтоВАЗе» занималось самарское отделение МВД. После того как в феврале 1999 года здание самарской милиции сгорело (была уничтожена документация по «АвтоВАЗу», погибло не менее шестидесяти человек), МВД объявило, что начинает уголовное дело против «АвтоВАЗа» по обвинению в мошенничестве и отмывании денег. Одновременно Генпрокуратура начала уголовное преследование Александра Смоленского, главы банка «СБС-Агро». Среди главнейших российских банкиров Смоленский был наиболее близок к Березовскому. «СБС-Агро» был третьим крупнейшим банком в России, официальным банком администрации президента. Самого Смоленского обвинили в растрате в связи с фальшивыми авизо (1992—1993), хотя впоследствии эти обвинения были с него сняты. Прокуратура обвинила в растрате и убийстве Анатолия Быкова, участника сделки с Березовским и Романом Абрамовичем по продаже акций Красноярского алюминиевого завода.
Генеральный прокурор Юрий Скуратов также начал расследование деятельности 780 крупных государственных чиновников, которые подозревались в игре на рынке ГКО с использованием служебного положения. В числе официально названных подозреваемых были Анатолий Чубайс и другие молодые реформаторы. Видимо, правительственные чиновники, знакомые с финансовыми планами правительства, летом 1998 года вывели свои средства с рынка ценных бумаг и перевели их за границу — как раз перед тем, как рынок ГКО завис, а рубль рухнул.
Решимость российского правительства вывести крупных мошенников и преступников на чистую воду не осталась без внимания за рубежом. Обвал рубля убедил Запад: поддерживать российское правительство, которое сквозь пальцы смотрит на то, как горстка новых капиталистов грабит страну, — непозволительная глупость. Правительства западных стран наконец-то взялись за борьбу с отмыванием денег, которые вывезли из России мародеры-олигархи. Осенью 1998 года министерство финансов США совместно с ФБР и Министерством юстиции начало тайное расследование дела о вывозе из России по крайней мере 7 миллиардов долларов через «Bank of New-York». Федеральные структуры обнаружили: как минимум часть этих денег имеет криминальное происхождение, например оплата выкупа за похищенных людей. Источник остальных средств был не так ясен. Но очевидным было другое: даже наиболее почтенные американские институты были заражены вирусом российской организованной преступности.
Деньги наиболее подозрительного свойства на счетах «Bank of New-York» приходили из целого ряда каких-то сомнительных московских учреждений: банк «Фламинго», «Собинбанк», «Депозитарно-клиринговый банк», «МДМ Банк» — все они в той или иной степени принадлежали банку «СБС-Агро». Среди управляющих этими банками было несколько близких друзей Березовского и Романа Абрамовича. Американские следователи не нашли прямых доказательств того, что Березовский, Абрамович или Смоленский знали о сомнительной деятельности принадлежащих им малоизвестных структур, но тот факт, что в расследовании деятельности «Bank of New-York» фигурировал «СБС-Агро», не мог не сказаться на будущем Березовского.
Федеральная прокуратура Швейцарии взялась за несколько дел о растрате и отмывании денег российскими чиновниками высшего эшелона. В частности, стало известно о взятках, которые швейцарско-албанская строительная компания «Мабетекс» якобы давала Павлу Бородину (человеку из ближнего круга Ельцина, отвечавшему за собственность Кремля) и членам семьи Ельцина. Швейцарцы также занялись Березовским и его играми с потоками средств «Аэрофлота». В начале лета 1999 года швейцарские прокуроры нанесли визиты компаниям «Andava», «Forus» и еще нескольким, связанным с именем Березовского. Были заморожены банковские счета этих компаний, а также личные банковские счета Березовского, его партнера по «Аэрофлоту» Николая Глушкова и ряда лиц, имевших отношение к этой операции. В конце лета Березовскому было отказано во въездной визе в Швейцарию, куда он хотел поехать на лечение (сообщалось, что у него гепатит).
Итак, правоохранительные органы России и других стран начали загонять Березовского в угол. Президенту Ельцину снова пришлось выбросить давнего компаньона за борт. 2 апреля 1999 года Березовский был уволен с поста исполнительного секретаря СНГ. 6 апреля, поскольку Березовский и Глушков не явились для дачи показаний по делу «Аэрофлота», российская прокуратура выписала ордера на их арест. Среди обвинений фигурировали «незаконная деятельность» и «отмывание денег». Ордера были переправлены «Интерполу»; правительства иностранных государств должны были арестовать Березовского и Глушкова на месте.
Березовский хранил удивительное хладнокровие. Когда стало известно об ордере на арест, он находился в парижском отеле «Сrillon» на площади Согласия, как раз напротив посольства США. Он дал интервью английской газете «Sunday Telegraph», где категорически отрицал все выдвинутые против него обвинения, назвал их политическими интригами и заявил о своем намерении вернуться в Россию. В этот момент в его защиту выступил высокопоставленный российский чиновник. Министр внутренних дел, старый сподвижник Ельцина Сергей Степашин объявил: если Березовский вернется в страну для дачи показаний прокурорам, арестован он не будет.
Березовский действительно вернулся в Россию и 14 апреля встретился с прокурорами. Ордер на арест был отозван. Березовский сообщил, что его преследуют Примаков и бывший КГБ — по политическим соображениям. Возможно. Но факт остается фактом: правительство Примакова было первым в ельцинскую эру, проявившим решимость призвать Березовского и других новых капиталистов к ответу перед законом. Оно же оказалось и последним правительством времен Ельцина, которое отважилось на такой шаг.
Хотя Ельцин изрядно себя дискредитировал и возможности его были ограничены, в его руках оставалась конституционная власть, позволявшая снимать премьер-министра и его правительство. В январе 1999 года Примаков попытался добиться соглашения между разными ветвями власти с тем, чтобы на ближайшие полтора года гарантировать в стране политическую стабильность. Дума, собиравшая голоса с намерением объявить Ельцину импичмент, дала бы обещание не вести действий против президента. Ельцин, со своей стороны, обещал бы не распускать Думу и не отправлять правительство Примакова в отставку до конца положенного срока. Но окружение Ельцина посоветовало ему такое соглашение не подписывать.
С точки зрения Ельцина, администрация Примакова ускользала из-под его контроля. Возможно, Примаков мог обеспечить политической арене России стабильность, вернуть доверие к России, но для Ельцина были чрезвычайно опасными дела о коррупции, которые велись и в России, и за рубежом — они могли срубить под корень не только капиталистов из ближнего круга вроде Березовского, но и его родную дочь, Татьяну. Примаков не давал достаточных гарантий самому Ельцину — гарантий в том, что после ухода с поста президента его не будут подвергать судебным преследованиям. При всех дипломатичных заверениях, какие Примаков давал Ельцину, он явно жаждал восстановить в стране право закона и наказать виновных. В конце концов, деятельность правительства Примакова подверглась громкой критике со стороны США и других западных стран. 24 марта США и его союзники по НАТО начали бомбить Сербию, чтобы вынудить сербов уйти из провинции Косово. Примаков занял жесткую позицию по отношению к действиям НАТО, и мир внезапно оказался перед перспективой новой холодной войны — противостояния между Россией и НАТО. Президент Клинтон позвонил Ельцину и выразил озабоченность. Для Ельцина, который всегда был весьма чувствителен к мнению Запада, это было еще одной черной меткой в послужном списке своего премьер-министра. Перед Ельциным и его окружением встала ясная задача: помешать расследованиям и подвести к президентским выборам 2000 года лояльного к нынешней власти политика.
12 мая Примаков был отправлен в отставку. На посту премьер-министра его сменил Сергей Степашин — человек, который на посту министра внутренних дел обещал уберечь Березовского от ареста.
