Южная часть этого храма была ограждена при игумении Сергии чугунной на каменном фундаменте решеткой, идущей от Спасских ворот до Екатерининской церкви, в середине которой находились сквозные чугунные ворота для проезда на черный двор монастыря.
В Смутное время, после убийства Федора Борисовича Годунова и его матери, летом 1606 г., в Москву торжественно въехал Лжедмитрий, который низложил патриарха Иова и возвел на его место рязанского архиепископа грека Игнатия, венчавшего Самозванца на царство. По языческому варварскому обычаю Лжедмитрий сделал своей наложницей несчастную царевну Ксению Годунову и насильственно постриг ее в Вознесенском монастыре. По его приказу сюда же перевезли из Углича мать царевича Дмитрия, царицу Марию Федоровну Нагую, в пострижении инокиню Марфу, «признавшую» под угрозами в Самозванце своего сына. Лжедмитрий выстроил ей в монастыре богатые хоромы и, назначив царское содержание, ежедневно приходил к ней на поклон. Он ждал приезда своей невесты Марины Мнишек, блистательное шествие которой с огромной свитой, пройдя через Спасские ворота, остановилось у ворот Вознесенского монастыря. Предполагалось, что до официального бракосочетания Марина будет жить в уединенных кельях монастыря «при матери» будущего царя, изучая русские законы и готовиться к крещению. На деле там, в течение пяти дней, что жила в монастыре Марина, происходили ежедневные празднества в присутствии Лжедмитрия, после чего Марина перешла в царский дворец и торжественно обвенчалась с женихом. Инокиня Марфа после смерти Лжедмитрия 21 мая 1607 г. отреклась от своего ложного сына и жила в монастыре до своей кончины в 1608 г. Она была погребена как бывшая царица в соборном храме. Первый царь рода Романовых Михаил Федорович возложил на ее гробницу в 1628 г. богатый покров (23, с. 256–257).
Местонахождение палат Марии Нагой и Марины Мнишек в монастыре точно неизвестно, тем более что они были скородельными, временными и деревянными, подверженными недоброй памяти и знаменитым московским пожарам. Вряд ли они могли располагаться в западном корпусе, при кельях монастырской игуменьи, напротив главного входа в собор. В северной ограде монастыря оформленных проездов не было, но претензии Вознесенского монастыря на часть усадьбы Голицыных, располагавшейся именно к северу от них, предполагают наличие связи между этими владениями. Кельи Марии Нагой могли занимать и один из восточных корпусов монастыря, наиболее отдаленных от монастырского центра.
В 1613 г. в монастыре поселилась «Великая старица», мать первого царя из рода Романовых Михаила Федоровича, инокиня Марфа Ивановна. Царский дворец, как и многие здания Кремля, были разорены, стояли без кровель, полов, окон и дверей, разобранных поляками на отопление. Первоначально для инокини Марфы приспособили бывшие палаты царицы Марии Нагой в Вознесенском монастыре, но, узнав, что там жила и Мнишек, она отказалась и для нее были выстроены небольшие отдельные палаты позади царицыных хором, называвшиеся «избушкой», где она и жила до своей кончины в 1631 г. и была погребена в родовом склепе Романовых в Новоспасском монастыре.
С 1617 г. в монастыре упоминается деревянная церковь во имя преп. Михаила Малеина, подвизавшегося на афонской горе Малеон, а с 1626 г. церковь мч. Феодора «иже в Пергии Памфилийской», которые считались покровителями царствующего сына Великой старицы – Михаила Федоровича и ее мужа Федора Никитича Романова, затем патриарха Филарета. Первоначально это были приделы в Вознесенском храме. Позднее, по-видимому, был сооружен отдельный деревянный храм во имя этих святых, так как через три года после кончины инокини Марфы и через год после кончины патриарха (1634) царь Михаил Федорович в течение одного лета, от 1 мая до сентября, построил на месте деревянного каменный храм во имя Михаила Малеина с приделом Феодора Пергийского. Строителями храма были подмастерья каменных дел Бажен Огурцов и Семейка Белой (23, с. 262).
Храм был поставлен в юго-восточном углу монастыря у самых Спасских ворот, так что алтарные апсиды подходили вплотную к кремлевской стене (илл. 27). Это была двухэтажная теплая двухпридельная церковь с трапезной и колокольней. Церковь имела в плане 10 саженей в длину, 7 в ширину и в высоту 10 саженей (соответственно 21,4 ? 10,7 ? 21,4 м). Высота колокольни достигала 35 м. Алтарная часть, состоявшая из двух полукруглых апсид, и прямоугольная трапезная имели одинаковую высоту, а находившийся между ними храм был почти на пять метров выше. В нижнем этаже, под алтарем, располагались две кельи, а под храмом были проездные ворота в хозяйственную зону монастыря. Под церковью были обширные подвалы, занятые погребами. Над церковью и приделом в повышенной части здания, на сводах, были устроены два глухих барабана, обработанные аркатурно-колончатым поясом с главками, крытыми железом с морданным золочением и четырехконечными крестами с завитками, сияниями и полулуниями, укрепленные цепями (илл. 28).
Илл. 27. Колокольня и храм Преподобного Михаила Малеина в Московском Вознесенском девичьем монастыре. С западной стороны. Конец XIX в.
Церковь целиком выстроена из большемерного обожженного кирпича на известковом растворе с применением железных связей.
Фасад главной церкви преп. Михаила Малеина был обращен на юг, к Спасской улице, и поэтому его отделка более декоративна, чем у придельного фасада, выходившего во двор и в значительной степени загороженного примыкающим келейным корпусом и хозяйственными постройками. Снаружи стены были гладко оштукатурены. Декоративные детали скромных форм применены только в функциональных местах. Первый этаж отделен от второго поясом из одного ряда кирпича на ребро, обрамленного тонкими штукатурными тягами простых профилей. Аналогично решены карнизы. Центральная часть церкви выделена двойными полуколонками с простыми византийскими базами и капителями типа лопаток. Эти полуколонки в центре продолжены вверх, и на них опирается фризовый пояс центрального объема, поддерживающий пяты трех небольших арок с простым трехчастным профилем под кровлей. В местах опирания арок фриз раскрепован с завершением внизу небольшими висячими замками. На первом этаже прямого продолжения полуколонок не получилось, так как они оказались привязаны к проезду и обрамляют его, опираясь на простой цоколь, проходящий по всей длине здания. Железная кровля над самим храмом шатровая, с резными железными подзорами, над алтарем и трапезной – двускатная.
В алтаре церкви и трапезной по два довольно широких окна с прямыми перемычками и отливами внутрь помещений. Они обрамлены наличниками с сандриками, сведенными дугообразными тягами вверх, опирающимися на пятиступенчатые мелкопрофильные карнизики, поддерживаемые по бокам кувшинообразными полуколонками, стоящими на подоконных плитах с висячими замочками в местах опирания стоек. Окна первого этажа также имели наличники, но гораздо более простой формы.
Илл. 28. Храм Преподобного Михаила Малеина и колокольня в Московском Вознесенском девичьем монастыре. С южной стороны. Конец XIX в.
Над трапезной придела, то есть с северной, дворовой стороны здания, стояла колокольня, построенная в 1694 г. Вход на нее устроен в стене трапезной. Нижний ярус колокольни, возвышавшийся над кровлей до уровня карниза церкви, квадратный в плане, был глухим, с декоративными плоскими нишами с южной стороны и плоскими пилястрами с западной. Углы этого яруса обрамлены тремя полуколонками той же формы, что и у храма. Второй ярус, с колоколами, восьмигранный, с крупными открытыми проемами, завершающимися арками с многоступенчатым, но простым по профилям и изящным обрамлением. На углах восьмигранника поставлено по одной полуколонке той же формы, что в нижнем ярусе и в храме, доходящими до пят арок, и продолженными до карниза плоскими пилястрами с капителями. Над карнизом по периметру восьмигранника проходил невысокий глухой пояс, отделанный приставными полубалясинами. Третий ярус колокольни также восьмигранный, но меньшего размера и высоты с окошками с арочными завершениями и полуколонками, на которые опирался невысокий фриз с карнизом, на раскреповки которого по углам поставлены декоративные маленькие фронтоны треугольной, чуть стрельчатой формы. Завершает верх колокольни невысокий глухой восьмигранный барабан с отделкой в виде плоских ниш, на котором поставлена главка той же формы и размера, но с небольшими ребрами по углам восьмигранника. Крест имеет ту же форму и размеры, что и кресты на главках церкви и придела.