По-видимому, во второй половине XV столетия Троицкое подворье имело монастырский статус и именовалось Богоявленским монастырем, что означало введение должности по меньшей мере строителя, подчинявшегося игумену Троице-Сергиева монастыря. Но, даже получив этот статус, монастырь в документах именуется попеременно без какой-либо четкой закономерности то монастырем, то подворьем.
Еще одна церковь в Богоявленском Троице-Сергиевом кремлевском монастыре была построена во имя св. Сергия, видимо, вскоре после обретения его святых мощей 5 июля 1423 г. и последующей канонизации, следовательно, по мнению Забелина, в первой половине XV столетия (23, с. 426). Если это было так, то Сергиевский храм в кремлевском монастыре-подворье был вообще первым храмом на Руси, построенным во имя прославленного чудотворца. Впрочем, если считать, что Забелин говорит здесь не о самостоятельной церкви преп. Сергия, относительно которой нет никаких упоминаний в это время, а об одноименном приделе в Богоявленском соборе, то такая гипотеза возможна, но пока не подтверждена.
Конечно, храм во имя столь почитаемого святого было необходимо иметь вблизи великокняжеского и митрополичьего дворов для царского моления и служения в дни памяти святого, которые в этих случаях почти всегда проводили митрополиты, а с учреждением патриаршества в 1589 г. – патриархи.
30 октября 1532 г. московский царь Василий III Иванович в Богоявленском соборе на Троицком дворе «крестил новорожденного своего второго сына Юрья, отдавая таким образом новорожденного под покров крепкого заступника и молитвенника за всех государей Москвы. Крещение совершал Троицкий же игумен Асаф Скрипицын да старец Даниил из Переяславля» (23, с. 426–427).
В 1542 г., при девятилетнем Иване IV во время боярской смуты, руководимой князьями Шуйскими, митрополит Московский Иоасаф не поддержал их, за что подвергся великим оскорблениям, «…начаша ему бесчестие и срамоту чинити великую и камением по келье шибати. Святитель невозможе того терпети, сойде с своего двора на Троицкое подворье… Бояре послали за ним детей боярских Новгородцев с неподобными речьми, и с великим срамом поносили его и мало его не убиша, едва у них умолил игумен Троицкий Алексей Сергием чудотворцем да боярин кн. Дмитрий Палецкой. И бысть мятеж велик в то время на Москве; и государя в страховании учиниша» (23, с. 427). После этого митрополит был сослан в Кириллов монастырь.
В 1607 г. Троицкое подворье оказалось косвенно причастным к важному событию российской истории – всенародному покаянию в государственной измене и клятвопреступлениях, совершенных в Смутное время. Очень многие люди всех слоев общества сначала приносили присягу Борису Годунову, затем его сыну Федору, изменив им присягой Самозванцу, которому тоже изменили. Многие уже начали присягать новому Самозванцу – Тушинскому вору. Смута была в душах россиян. Светлая идея о всенародном покаянии исходила от нового царя Василия Шуйского и вновь избранного патриарха Гермогена, поддержанных всем освященным собором. Было принято решение пригласить из Старицы низложенного «при Самозванце патриарха Иова и просить его простить, разрешить, очистить содеянные грехи клятвопреступления» (23, с. 428). Сосланный Лжедмитрием патриарх Иов прибыл в Москву 14 февраля 1607 г. и остановился по царскому повелению на Троицком подворье. 20 февраля в Успенском соборе состоялось торжественное всепрощение, на котором присутствовала «вся посадская Москва, гости и из всех слобод и сотен старосты, сотские, торговые и мастеровые и всякие люди мужеска полу, подавшие бывшему патриарху челобитную от всенародного множества, с великим плачем и неутешным воплем, простить и разрешить всенародные клятвенные грехи. В соборе архидьякон с амвона велегласно прочел эту челобитную, а потом и прощальную разрешительную грамоту, написанную по решению всего духовного собора» (23, с. 428).
В XVII в. Троицкое подворье выполняло несколько функций, ставших для него традиционными, которых не было у других кремлевских монастырей. Так, здесь обычно жили кандидаты в патриархи до их посвящения в сан, затем переселявшиеся на патриарший двор, а также кандидаты в архимандриты Троице-Сергиева монастыря.
Возвратившийся в Москву из польского плена 14 июля 1619 г. отец царя Михаила Федоровича, митрополит Филарет, был поселен на Троицком подворье, где к его приезду были приготовлены каменные кельи, к шести дверям которых для обивки было отпущено сукно.
31 января 1667 г., после ссылки Никона, патриархом был избран архимандрит Троице-Сергиева монастыря Иоасаф. Он жил «на своем Троицком подворье в Богоявленском монастыре» до избрания, которое происходило в царском дворце, в Теремных покоях, а после избрания шествовал «к себе на подворье в святые ворота, в церковь Богоявления, потом в церковь Сергия чудотворца, где слушал обедню, и затем удалился в келью».
Чин поставления в патриархи был достаточно сложен и продолжался несколько дней. После избрания, 8 февраля, состоялось «наречение» у Вселенских патриархов Антиохийского Макария и Александрийского Паисия в палате Чудова монастыря, откуда новонареченный патриарх Иоасаф II торжественно шествовал на свое подворье. На следующий день, в Успенском соборе, после малой вечерни состоялось торжественное провозглашение или «благовестие», в котором Вселенские патриархи провозгласили его на патриаршество «Богоспасаемого града Москвы и всея России». После этого в сопровождении архиереев патриарх Иоасаф II присутствовал на торжественном обеде в палатах у Вселенских патриархов и вновь возвратился к себе на подворье. И только 10 февраля состоялось поставление нового патриарха, после которого, вместо Троицкого подворья, он шествовал уже на патриарший двор (23, с. 430–431).
Подворье посещали также цари с семейством, часто в сопровождении патриархов, в праздник Богоявления или Крещения Господня, 6 января; 25 сентября – на память преподобного Сергия и 5 июля – в день обретения его мощей нетленными; 8 февраля и 8 июня – в дни памяти вмч. Федора Стратилата.
В Кремле была только одна церковь во имя Богоявления – на Троицком подворье, поэтому в этот праздник царь Михаил Федорович всегда слушал в ней литургию после Иорданского крестного хода. Так как на крестный ход царь выходил в большом царском наряде, то, приходя на Троицкое подворье, он переодевался в более легкий наряд, в котором слушал церковную службу. До 1653 г. приходил на подворье в праздник Богоявления царь Алексей Михайлович, а затем стал ходить в Успенский собор. Тем не менее его сын, царь Федор Алексеевич в 1675 г. приходил в праздник Богоявления к вечерне и к обедне на Троицкое подворье. Тогда служил сам патриарх Иоаким и с ним три митрополита, два архиепископа, один епископ, четыре архимандрита, шесть игуменов и протопопы.
В летописях отмечено, что в дни памяти преподобного Сергия, 5 июля и 25 сентября, к литургии на подворье в Сергиевскую церковь приходили по особым внутренним переходам цари Михаил Федорович, Алексей Михайлович, Федор Алексеевич. В особо торжественные дни Алексей Михайлович провожал на подворье иконы с крестным ходом, взятые из его храмов. Приходил сюда и молодой царь Петр Алексеевич с царицей и старшими царевнами, также внутренними переходами.
Эти тайные внутренние переходы, связывавшие царский двор с различными другими территориями, неоднократно упоминаются в летописях и являются одной из загадок Кремля, так как их точное расположение и количество остается неизвестным.
Около Троицкого подворья постоянно обитали нищие «леженки», называемые еще «кибиточными», которые не могли ходить. Их число достигало 14 человек и почитались они почти как юродивые. Все патриархи в праздники памяти св. Сергия при посещении подворья раздавали им милостыню.
Празднование памяти св. Федора Стратилата особо отмечал царь Алексей Михайлович, построивший на подворье особый придельный храм в его честь у Сергиевской церкви, так как этот святой был небесным покровителем его сына, будущего царя Федора Алексеевича, который, естественно, поддерживал эту традицию (23, с. 430–431).