Еще одна новая функция появилась у Троицкого подворья в 1679 г., когда царь Федор Алексеевич повелел поместить здесь школу для изучения греческого языка – зародыш Славяно-Греко-Латинской Академии (24, № 1436).
Об архитектуре храмов Богоявленского монастыря в Кремле этого времени можно говорить только после их радикальной перестройки, осуществленной в связи с пожаром 1 февраля 1565 г., зафиксированной на плане Кремля «Кремленаград» начала 1600-х гг, на котором относительно достоверно изображены кремлевские здания и сооружения.
Во время изготовления этого плана территория монастыря состояла из двух частей, разделенных забором на высоких деревянных столбах. Северная его часть отделялась от Троицкой улицы протяженным корпусом, начинавшимся от церкви св. Сергия и заканчивавшимся небольшим, круглым в плане одноглавым храмом неизвестного посвящения, входа в который со стороны монастырского двора не видно. К этому храму примыкал боковой стеной небольшой корпус с арочным проездом по центру. Дальше к востоку, вплоть до стены царского двора, монастырского ограждения нет, но показана дорога, выходящая из ворот этого двора, скорее всего как раз Куретных, потому что над ними изображена башенка, которой нет на других воротах, находившихся севернее, и которая заканчивает у наружного торца корпуса с арочным проездом. Характерен общий вид северной территории, имеющей форму трапеции.
Южная территория монастырского двора с запада не имеет четкой границы. Там изображены два параллельных, возможно, двухэтажных корпуса, за которыми дальше к западу видны небольшие домики, видимо уже служебной задней части царского двора. Южная граница этой территории и монастыря в целом также не вполне ясна. Скорее всего, на плане она обозначена забором, идущим от маленькой круглой в плане одноглавой церковки до ближнего корпуса на западной границе. По плану «Кремленаград» эта церковь показана относящейся к монастырю. Пространство между южной границей монастыря и двором Годунова в этом случае оказывается проездом, ведущим к Новому царскому двору, на который ориентированы въезды из монастыря и со двора Годунова. В центре южной монастырской ограды показан одноэтажный корпус с арочным проездом посередине. Между ним и западным корпусом показан еще один арочный проем в ограде, и, наконец, в этот проезд выходят двери церковки на углу Троицкой улицы и примыкающей к ней маленькой прямоугольной пристройки типа караульной будки.
На восточной границе этого монастыря, между Сергиевским храмом и угловой церковью, не видно вообще никакой ограды. Возможно, ее не было в 1600-е гг., и монастырские храмы были открыты для всех посетителей, но скорее она все же существовала и не показана просто потому, что на рисунке плана это было сделать затруднительно чисто технически.
Отмеченная выше трапециевидная граница северной территории хорошо видна на «Годуновом чертеже» начала 1600-х гг. (45, с. 54–55, рис. 16б), более подробной и увеличенной частью которого считается план «Кремленаград». По-видимому, там же изображены оба главных храма монастыря и разделяющая северную и южную части его территории перегородка в виде протяженного корпуса. Различима территория монастыря на «Петровом чертеже» (45, с. 50–51, рис. 16а). На «Сигизмундовом» плане читается характерный силуэт церкви преп. Сергия (45, с. 65, рис. 20). Возможно, он изображен на гравюре М. Мериана 1638 г. (45, 74–75, рис. 27а) и хорошо виден на плане А. Мейерберга (45, рис. 27в).
Ближе к восточной границе южной части, вплотную к забору монастыря, разделяющего обе территории, изображен Богоявленский храм. Он показан здесь трехглавым, с повышенной средней частью, с тремя апсидами и позакомарным покрытием. Из рисунка на плане неясно, имелся ли вход в храм со стороны северного двора, но забор показан сплошным, хотя устройство забора позволяло поместить проездные ворота в любом его пролете. Для входа же в Богоявленский храм такой проход мог осуществляться как через северные, так и через западные двери храма. Сведения о первоначальном трехглавом завершении храма подтверждаются летописным свидетельством о пожаре 1565 г., где упоминается, что загорелся в числе прочих зданий и сооружений и Троицкий монастырь с церковью Богоявления, у которой сгорели «три верхи». Однако, как отмечает Забелин, на рисунках XVII в. она изображена одноглавой и шатровой, вследствие чего он предполагает, что церковь была «в таком виде выстроена после этого пожара» (23, с. 427). Тем не менее на плане «Кремленаград» церковь Богоявления показана трехглавой. В связи с этим возникает подозрение, не принял ли Забелин шатровую и одноглавую Сергиевскую церковь на тех планах Москвы XVII в., где не видно изображения Богоявленского собора, за сам Богоявленский собор.
Короткое, но важное документальное свидетельство об этом храме и о других строениях монастыря относится к 1763 г. и содержится в Описи зданий подворья, составленной в связи с готовившимся Указом о секуляризации церковных земель. Среди них в описи значится «каменная церковь Богоявления, длиною 6 саж., шириною 5 саж. 1 арш., крытая железом» (23, с. 435), то есть имела размеры 12,8 ? 11,4 м. Отметим, что ни здания трапезной, ни колокольни, ни приделов при этом храме не отмечено.
Строительство храма во имя преподобного Сергия относится к 1557 г. (45, с. 49, рис. 15в), когда после пожара 1 февраля восстанавливались монастырские сооружения. Храм находился как раз в месте примыкания двух монастырских территорий друг к другу и по центру разделяющего их забора, так что в его южные двери можно было войти с южной монастырской территории, а в западные, как отмечено выше, со стороны примыкающего к нему корпуса на северном дворе. Северного входа в храм с Троицкой улицы не было. Храм на рисунке плана изображен шатровым, одноглавым, трехапсидным, с пристроенной к южной стене колокольней или приделом.
Более подробную информацию об этом храме, как, впрочем, и о других особенностях монастырской застройки, можно увидеть в рисунке «Книги об избрании на превысочайший престол великого государя, царя и великого князя Михаила Федоровича…», созданной в 1672–1673 гг. для увековечения памяти о восшествии на престол династии Романовых (37; 9) (илл. 15, цв. вкладка). Судя по этой миниатюре, с тщательно проработанными деталями, храм был одним из красивейших зданий Кремля. В пространственно-типологическом отношении он завершал хронологическую группу столпообразных шатровых храмов Москвы XVI в., в которую входят построенные до него церковь Вознесения в Коломенском 1532 г., церковь Иоанна Предтечи в Дьякове, сооруженная между 1547 и 1554 гг., собор Покрова, что на Рву, известный также как Троицкий собор, и собор Василия Блаженного работы 1555–1561 гг. Шатровые церкви в Москве обычно строились как памятные храмы в честь важных государственных событий (23, с. 426–427). Сооружение храма в честь «Печальника Земли Русской» на подворье основанного им монастыря – событие необходимое и естественное.
Церковь св. Сергия могла иметь в плане форму греческого креста, – типа плана Вознесенской церкви в Коломенском (без террасы-гульбища). Эту особенность храма пытался отобразить на своем рисунке миниатюрист, хотя и не совсем удачно. Тем не менее на этом рисунке северовосточный угол внутреннего квадрата креста внизу читается вполне отчетливо. Церковь была в целом двухъярусной, причем нижний ярус в форме креста тянулся вверх до уровня полукруглых кокошников в четыре ряда, за которыми следовал невысокий промежуточный квадратный в плане ярус с узкими окошками и двумя рядами кокошников с треугольным завершением, являвшийся основанием для восьмигранного шатра со сходящимися кверху раскреповками. Наверху на низком барабане покоилась аккуратная приземистая главка, увенчанная восьмиконечным крестом. Шатер был облицован цветными изразцами, подобно центральному храму Покровского собора, что на Рву.
Углы стен этой церкви были обработаны лопатками. Центральная апсида несколько выступала из плоскости восточной стены наружу и, не доходя до поля закомар, заканчивалась треугольным фронтоном. В нижней части центральной апсиды показано обрамление проема дверного типа, хотя наружный вход в алтарь вряд ли мог быть, так как в средней его части показано довольно большое арочное окно, а в верхней, до основания завершающего треугольника, – колончатый пояс без аркатур. Подобные пояса проходили в средней части крайних апсид и в верхней части всех трех апсид, где они служили основанием для спаренных пилястр с плоскими капителями, поддерживающих арочные завершения закомар. В средней части боковых апсид, на уровне фронтона центральной, изображены маленькие круглые окошки.
