Только в середине 1942 года капитан Фрэнк Маккой-младший предложил его собственную систему обозначения японских самолетов. В июне 1942 года Маккой стал главой отдела Директората разведки ВВС Союзников в юго-западном секторе Тихого океана со штаб-квартирой в Мельбурне (в 1944 году он был преобразован в подразделение технической разведки ВВС, TAIU). Согласно системе обозначений Маккоя всем идентифицированным самолетам присваивались названия по следующим принципам: все истребители и разведывательные гидросамолеты получали мужские имена: бомбардировщики, пикирующие бомбардировщики, штурмовики, торпедоносцы, разведывательные самолеты и гидросамолеты получали женские имена (как дополнительный признак — названия транспортных самолетов должны были начинаться с буквы "Т"), учебные и тренировочные самолеты — названия деревьев и планеры — названия птиц. Система была проста, ясна и легко понятна: короткие названия было легко запомнить, кроме того, они были очень удобны для радиосвязи.

Система быстро получила одобрение командования Союзников в юго-западном районе Тихого океана и введена для всех армейских подразделений в этом регионе. Вскоре её стали использовать в районе Китая, Бирмы и Индии, а в конце 1942 года она была официально одобрена штабом в Вашингтоне. С этого момента она стала повсеместно использоваться на Тихоокеанском театре военных действий и в юго-восточной Азии. Через несколько месяцев эта система обозначений была принята британским Министерством Авиации

К этому времени Ki-27 был знаком американцам уже несколько лет, поскольку эта машина находилась на вооружении с 1938 года, а её более или менее ретушированные фотографии появились в японской печати перед войной (в 1940 году они были даже в знаменитом справочнике "Джейнс").

После введения новой системы самолет на фотографиях получил имя "Клинт", тогда как реальный Ki-27, с которым сталкивались в воздухе — "Нэйт". К этому времени его уже правильно идентифицировали как Армейский Истребитель Тип 97. Прошло некоторое время, прежде чем выяснили, что "Клинт" и "Нэйт" — это один самолет. Тогда от названия "Клинт" отказались.

В послевоенных работах некоторых историков утверждается, что в районе Китая, Бирмы и Индии Ki-27 назывался "Абдул". На самом деле, это название было придумано разведкой Союзников для никогда не существовавшего (!) Флотского Истребителя Тип 97 — ожидаемого приемника палубного Мицубиси А5М с убирающимся шасси и закрытой кабиной. Когда стало известно, что эта предполагаемая ветвь развития А5М не существовала, а фактическим приемником стал Мицубиси А6А "Зэк", о названии "Абдул" забыли.

Что касается Ki-79, то кажется, что разведка Союзников так и не узнала о его существовании во время войны, хотя возможно из-за сходства с Ki-27 считала его модификацией уже известного ей "Нэйта". Известны случаи, когда американские пилоты идентифицировали Ki-79 как Мицубиси А5М. Так или иначе, но Ki-79 никогда не имел названия по системе обозначений Союзников.

Ветровое стекло Ки-27 крупным планом. Обратите внимание на прицел и зеркало заднего вида.

Кабина Ки-27 была не слишком просторной даже для малорослых японских пилотов.

Все Ki-27, покидавшие заводские цеха, целиком красились в светлый серо-зеленый цвет согласно стандартной схеме окраски, принятой IJAAF в 1937 году. Японские опознавательные знаки Хиномару (Солнечный диск) наносили только на верхнюю и нижнюю поверхности крыла. Отказались от нанесения Хиномару на фюзеляж, название типа самолета больше не наносилось на руль направления, исчез индивидуальный номер с фюзеляжа. Вместо этого ввели обозначения подразделений (для Чутаев и Сентаев), которые могли представлять собой окрашенные в какой-либо цвет (обычно красный, синий, белый, желтый или зеленый) части самолета (например, руль), цветные полосы, символы в виде молний или других фигур, наносившиеся обычно на руль направления или фюзеляж. Со временем эти обозначения стали эмблемами подразделений и сохранились даже после снятия Ki-27 с вооружения.

Многие Ki-27 того периода несли персональные эмблемы пилотов в виде иероглифов кана на руле, обычно это была первая буква имени или фамилии летчика. Некоторые самолеты несли дарственные надписи (называемые айкоку), наносившиеся иероглифами канджи на фюзеляже перед горизонтальным оперением. Обычно они были черного цвета и читались "Айкоку XXX (YYY)", где XXX — порядковый номер арабскими цифрами, a YYY — имя дарителя.

В ходе войны в Китае в конце 30-х годов действовавшие там самолеты получили камуфляж на верхней поверхности фюзеляжа, крыле и горизонтальном оперении. Иногда камуфляж наносился только на крыло и верхнюю поверхность горизонтального оперения, в то время, как фюзеляж и вертикальное оперение оставались в заводской окраске. Эта схема, известная в литературе под названием "китайский камуфляж", состояла из больших нерегулярных пятен двух, трех и даже четырех цветов. Обычно использовались различные комбинации зеленого (например, темно-зеленый и оливково-зеленый) и коричневого (темно-коричневый, охра) цветов, иногда оставались незакрашенные места в заводской окраске. Камуфляж наносился в полевых условиях, так что единой схемы не существовало, хотя было несколько попыток стандартизации.

"Китайский камуфляж" использовался в основном на больших и тихоходных самолетах (таких, как бомбардировщики и разведчики), но его несли и некоторые Ki-27. На части самолетов он сохранялся и на первом этапе Второй Мировой войны (в Индокитае, Малайе, Бирме и на Филиппинах)

В конце 30-х годов все боевые самолеты IJAAF, действовавшие в "районах конфликтов" (тогда это означало Китай и Маньчжурию), включая Ki-27, получили узкую полосу в хвостовой части фюзеляжа, перед хвостовым оперением. В литературе это известно как "боевая полоса" или "боевая маркировка" (японское "сенши хйосики"). Поскольку бои тогда велись только в Китае, эта полоса стала своего рода "маркировкой театра боевых действий", она служила для быстрой идентификации своих самолетов. Введение полосы по времени совпало с отказом от нанесения знаков национальной принадлежности на фюзеляж, но неизвестно, связаны ли между собой эти факты. Белая полоса использовалась ещё в 1942 году, а на некоторых самолетах она возможно сохранилась до конца войны В 1942 году восстановили нанесение знаков Хиномару на фюзеляж самолетов IJAAF, хотя выпущенные прежде самолеты это не очень затронуло — самолеты со знаком национальной принадлежности только на крыле можно было увидеть и в 1944 году. Знаки наносились на фюзеляж между кабиной и хвостом, ближе к последнему. На камуфлированных самолетах Хиномару мог быть обведен белым цветом, но это не было правилом.

С середины 1942 года, после апрельского налета В-25 на Японские острова, истребители частей местной ПВО (Хондо Боей Бутай) стали нести Хиномару на фоне широких белых кругов на фюзеляже и крыле, что стало характерным отличием этих частей. В тоже время ввели окраску передней кромки крыла в красный цвет (от корня, по направлению к законцовкам). Первыми подразделениями, получившими такую окраску (известную как "маркировка защиты дома"), стали 244-й и 246-й Сентаи. После того, как красный цвет через некоторое время заменили желтым, такая окраска стала обязательной для всех самолетов IJAAF.

Учебные Ki-79 были первоначально окрашены по стандартной для всех японских учебных самолетов схеме — целиком в темно-желтый (желто-оранжевый) цвет. Иногда верхняя часть фюзеляжа перед и вокруг кабины (а зачастую капот целиком) окрашивалась в черный или темно-зеленый цвет, чтобы избежать появления бликов. Позже, когда даже тыловые аэродромы японцев стали целями воздушных налетов авиации Союзников, верхние поверхности стали красить в темно-зеленый цвет, оставив желтый только на нижних. К концу войны желтый цвет стали заменять светлым серо-зеленым или вообще оставлять нижние поверхности неокрашенными.