Японцы появились в водах северного Сахалина 10 июля. Отряды их миноносцев обстреляли Арковскую долину, посты Дуэ и Де-Каст-ри. На следующий день к побережью подошла эскадра из 70 судов, в том числе два крейсера – «Ниссин» и «Касаги», 30 миноносцев, несколько канонерских лодок, 30 транспортов. Вражеская эскадра развернулась широким фронтом от села Мгачи до поста Александровского и под прикрытием артиллерийского огня начала высаживать десант севернее Арковской долины. Однако здесь японцев встретили ружейным огнем.
Арковскому отряду с потерями пришлось отойти от береговой черты. Александровский отряд был оттеснен японской пехотой на Жонкиеровские высоты. Генерал-лейтенант Ляпунов распорядительно руководил боем. 12 июля Александровский отряд начал отступать к Пиленгскому перевалу, куда подходил и Дуйский отряд. У села Михайловка русским преградили путь батальон пехоты и кавалерийский отряд противника. Через этот заслон отступавшим удалось прорваться только с помощью пулеметного огня.
Приблизившиеся почти вплотную к берегу, японские канонерские лодки и миноносцы открыли сильный артиллерийский огонь по Михайловским высотам. Под его прикрытием неприятельская пехота большими силами начала наступать. Генерал-лейтенант Ляпунов приказал в конце концов отходить в село Мало-Тымово, надеясь стянуть туда все свои четыре отряда.
13 июля крупные силы японской пехоты начали наступление из села Дербинское на село Рыковское с целью помешать соединению Александровского отряда с Арковским полковника Болдырева. На следующий день русские атаковали с двух сторон село Рыковское и выбили оттуда японских кавалеристов, отбив у них 96 пленных из Тымовского отряда, захваченных ими накануне.
Два русских отряда, соединившись, стали отходить в село Палеево. По пути прошло неск ольк о схваток с японскими разъездами. У Сергиевского станка отряд расположился на ночлег, и японцы лесом смогли незаметно подобраться к расположению русских. Около часа ночи спящий отряд был обстрелян из лесу и потерял около 60 человек убитыми. В начавшейся панике около 500 дружинников разбежалось.
На следующий день в 10 часов утра японцы повторили нападение, открыв по селению Онора частый ружейный огонь. Вновь началась паника, но благодаря стараниям офицеров она быстро улеглась и японцам пришлось отойти. Под вечер в расположение русского отряда прибыл из села Рыковского местный тюремный надзиратель с предложением командующего японскими войсками на острове Карафуто генерала Харагучи сложить оружие.
После военного совета генерал-лейтенант Ляпунов решил сдаться противнику в плен. Принимая такое решение, он ссылался на нехватку боеприпасов и продовольствия. Всего сдалось в плен строевых военнослужащих – 64 офицера, нижних чинов и дружинников – 3819 человек. Японцам достались в качестве трофеев 2 полевых орудия, 5 пулеметов и 281 лошадь.
После этих событий в плен японцам сдалось несколько разрозненных групп дружинников из числа ссыльных, бродивших по сахалинской тайге. Несколько таких «партий» решили избежать плена и сумели переправиться с острова на материк: это были отряды исполнявшего делами военного прокурора на Сахалине полковника Новосельского, командира 2-й дружины капитана Филимонова и артиллерийского штабс-капитана Благовещенского.
Боевые действия отрядов японских кораблей против берегов Приамурского края выразились в бомбардировке с моря военного поста в заливе Де-Кастри и высадки вблизи его десанта. Пост защищался ротой Николаевского крепостного полка под командованием капитана Виноградова с двумя 4-фунтовыми орудиями. Русские попытались завязать артиллерийскую перестрелку с вражескими миноносцами, но безуспешно. Роте пришлось отступить в тайгу. Японцы захватили пост Де-Кастри, оставленные здесь два орудия и разрушили сооружения.
После этого японские миноносцы обстреляли русские военные посты на мысах Лазарева и Джауре. На мысе Лазарева снарядами было сожжено здание телеграфной конторы. Но когда японцы попытались высадить здесь десант, защитники поста (два офицера и 10 солдат) отбили эту попытку ружейным огнем.
Коснулась русско-японская война и далекой от Маньчжурии Камчатки. Здесь оборону полуострова и города Петропавловска возглавил уездный начальник А.П. Сильницкий – исследователь Дальнего Востока, литератор и этнограф. В апреле 1904 года он провел сбор горожан и объявил им о возможности вторжения японцев на Камчатку. Сход решил создать воинскую дружину. Сильницкий, подсчитав возможности русского населения и камчадалов уезда, решил, что в случае ведения партизанских действий против японских войск, можно опереться на две тысячи вооруженных ополченцев.
Японцы появились на Камчатке в самом конце войны. В 20-х числах мая четыре японские шхуны высадили у села Явино, жители которого ушли в горы, десантный отряд из 150 человек под командованием лейтенанта Гундзи с одним полевым орудием. Водрузив в Явино японский флаг, десантники стали грабить село.
Тревожное известие вскоре пришло в Петропавловск. Оттуда в Явино вышло небольшое судно с отрядом дружинников под командой прапорщика Жаба. Из Большерецка, отстоявшего от Явино на сто километров, двинулась дружина унтер-офицера Сотникова. В Усть-Озерной оба отряда соединились: всего набралось 88 человек, из них 71 камчадал и 17 русских, преимущественно казаков.
16 июля дружинники неожиданно напали на неприятельский лагерь. Большая часть японцев на шлюпках бежала на стоявшие у берега шхуны, потеряв при этом в бою 32 человека убитыми и ранеными, а лейтенант Гундзи попал в плен. Потери дружинников составили два человека убитыми и несколько раненых.
Японцы пытались высаживать десантные отряды и в других селениях Камчатки. В Усть-Большерецке местная дружина во главе с казаком Селивановым отбила нападение, в бою погибло 11 японских солдат. Под Карегой японский десантный отряд потерял 30 солдат убитыми, и только пятерым удалось спастись на шхуне. Полной неудачей закончились попытки захватить прибрежные селения Коль, Воровское и Озерное, остров Медный, который успешно защитили местные жители-алеуты.
В конце июля к берегам Камчатки подошли крейсера «Сума» и «Идзуми». Войдя в Авачинскую бухту, «Сума» обстрелял Петропавловск. Когда японцы убедились, что город не обороняется и пуст (местные жители покинули его), на берег был высажен десант в 200 человек. После этого крейсера ушли к Камандорским островам, но из-за штормовой погоды высаживать там десант не стали.
Крейсерский отряд вновь подошел к обезлюдевшему Петропавловску. Японцы оставили в городе грозное письмо с требованием освободить попавшего в русский плен лейтенанта Гундзи, оказавшегося одним из руководителей Патриотического общества на севере Японских островов. Не дождавшись ответа, крейсера «Сума» и «Идзуми» взяли курс на юг.
В ходе обороны побережья Камчатки защитники полуострова в конце войны уничтожили 20 японских шхун и до 200 неприятельских солдат и офицеров. Японцы в дальнейшем больше не предпринимали каких-либо военных действий против Камчатского уезда, опасаясь затяжных боевых и партизанских действий со стороны местных жителей – русских и коряков.
Не обошли японские корабельные отряды и Охотское побережье. Командующий эскадрой вице-адмирал Катаока победно доносил в Токио о проведенной операции против русского старинного, но очень маленького портового города Охотска:
«Согласно донесению начальника отряда, который действует в районе Охотского моря, отряд этот овладел оружием старого образца, 3 винтовками и некоторым количеством боевых припасов в Охот-ске 17 августа (4 августа).
(Вышеупомянутые порты находятся все на сибирском берегу).
Этот же самый отряд… занял также безымянную бухту на Кара-футо (Сахалин), направляясь по пути в Николаевск».
…После Мукденского сражения и отхода русских войск на Сыпин-гайские позиции вооруженное противоборство сторон как бы сошло на нет. Один из участников русско-японской войны в своих воспоминаниях о начале 1905 года писал о последних месяцах войны на полях Маньчжурии: