После смерти Пифагора его школа постепенно распалась, но те, кто был облагодетельствован его учением, хранили память о великом философе так же, как они во время жизни почитали человека. Прошло время, и Пифагор стал считаться уже не человеком, а богом, и его рассеянные по свету ученики были объединены общим восхищением. Эдуард Шуре в своей книге «Пифагор и дельфийские Мистерии» приводит эпизод, показывающий узы братства членов пифагорейской школы:

«Один из них впал в нищету, заболел и был подобран хозяином постоялого двора. Перед смертью он нарисовал таинственные знаки (несомненно, пентаграмму) на двери постоялого двора и сказал хозяину: «Не беспокойся, за меня заплатит мои долги один из моих братьев». Через год один человек, проходя мимо этого постоялого двора, увидел знаки и сказал хозяину: «Я пифагореец; один из моих братьев умер здесь и наказал мне заплатить за него».

Фрэнк Хиггинс дает отличную сводку пифагорейских доктрин:

«Учение Пифагора имеет огромную важность для подвизающихся в самопознании, потому что оно было результатом его контактов с ведущими философами всего цивилизованного мира того времени и представляло то, в чем они все были согласны, вырвав с корнем все сорняки разногласий. Таким образом, аргументы Пифагора в защиту чистого монотеизма являются достаточным свидетельством того, что единство Бога было высшим секретом всех древних инициаций. Гипотеза о том, что эта традиция была доминирующей, может считаться оправданной. Философская школа Пифагора была в известной мере также серией инициаций, поскольку он заставлял учеников проходить через различные ступени и никогда не вступал с ними в личный контакт, пока они не достигали определенной степени совершенства. Согласно его биографам, степеней было три. Во-первых, это касалось «Математики» — его ученикам вменялось в обязанность знание математики и геометрии, которое было тогда и могло бы быть сейчас, если бы масонство было должным образом внедрено, основанием, на котором воздвигалось все знание. Во-вторых, это касалось «Теории», которая имела дело с искусными приложениями точных наук. Наконец, речь шла о степени «Избранности», которая присваивалась кандидату тогда, когда он постигал свет полного просвещения, какого только можно было достичь. Ученики пифагорейской школы разделялись на «экзотериков», или учеников внешних степеней, и «эзотериков», тех, кто проходил третью степень инициации и был допускаем к секретной мудрости. Молчание, секретность и безусловное повиновение были кардинальными принципами этого великого ордена. Со временем братство пифагорейцев стали именовать масонским».

Когда медитирующий забывает и о себе, и о том, что он погружен в медитацию — это самадхи.

Изучение геометрии, музыки и астрологии считалось существенным для понимания Бога, человека или Природы, и никто не мог полагать себя учеником Пифагора до тех пор, пока он не овладевал в достаточной степени этими науками. Каждый претендент проверялся по этим трем предметам, и, если обнаруживалось его невежество, он быстро изгонялся.

Пифагор не впадал в крайности. Он учил скорее умеренности во всех вещах, нежели излишеству в чем-либо, поскольку полагал, что избыток добродетели — уже порок. Одним из его любимых выражений было: «Мы должны всеми силами стремиться к истреблению во всех вещах излишеств и огнем и мечом изгонять из тела болезни, из души — невежество, из живота — обжорство, из городов — призывы к бунту, из семьи — раздоры». Пифагор верил, что нет большего преступления, нежели анархия.

Все люди знают, чего они хотят, но мало кто знает, что им нужно. Пифагор предупреждал своих учеников, что они не должны молиться за себя; что, когда они просят у богов что-нибудь, они не должны просить для себя, потому что человек не знает, что для него хорошо, и поэтому неразумно просить то, что по получении может принести вред.

Богом Пифагора была Монада, или Единое, которое есть Все. Он описывал Бога как Верховный Ум, рассредоточенный по всем частям Вселенной, как Причину всех вещей, Разум всех вещей и Силу всех вещей. Он далее говорил, что движение Бога является круговым, тело Бога состоит из световой субстанции, а природа Бога должна состоять из субстанции Истины.

Пифагор говорил, что поедание мяса затемняет умственные способности, разжигает желания и ухудшает карму и здоровье. Хотя он не запрещал его есть горожанам, он говорил, что судья должен воздержаться от поедания мяса перед судом для того, чтобы представшим перед ним вынести наиболее честное и проницательное решение. Когда Пифагор решал (а это делалось часто) удалиться в храм Бога на продолжительное время для медитации и молитвы, он брал с собой заготовленный запас пищи и питья. Пища состояла из равных частей мака и кунжута, шкурок морского лука, из которого выдавливался сок, цветков нарцисса, листьев мальвы, ячменя и гороха. Сюда же добавлялся дикий мед. Для приготовления питья он использовал семена огурцов, изюм без косточек, цветы кориандра, семена мальвы и портулака, тертый сыр, молоко и масло, смешанные вместе и услащенные диким медом. Пифагор говорил, что это диета Геркулеса. Когда богатырь скитался по ливийской пустыне, то этот рецепт был дан Гераклу самой богиней Церерой.

Любимым методом лечения у пифагорейцев были припарки. Эти люди знали также волшебные свойства огромного числа растений. Пифагор высоко ценил лечебные свойства Морского лука, и, говорят, он написал по этому поводу целую книгу. К сожалению, и эта книга сгорела при разгроме школы. Пифагор открыл, что музыка может иметь терапевтическое значение, и составлял различные специальные гармонии для различных болезней. Он экспериментировал также с цветом и как будто достиг больших успехов. Один из его уникальных методов лечения заключался в декламировании стихов из «Илиады» и «Одиссеи» Гомера, их нужно было читать больному человеку. Пифагор противился хирургии во всех ее формах. Он не допускал изменения человеческого тела, поскольку это было, с его точки зрения, святотатством в отношении богов, поскольку при этом нарушалась миссия человека на Земле, задача его воплощения. Пифагор учил, что дружба является самым истинным и почти совершенным из всех человеческих отношений. Он говорил, что в Природе все дружит со всем: боги с людьми, душа с телом, рационализм с иррационализмом, философия с теорией, человек с другими людьми. Он говорил также, что дружба существует между людьми незнакомыми, между мужчиной и его женой, его детьми и слугами. Все узы без дружбы являются просто оковами, и нет никакой добродетели в их поддержании. Пифагор верил, что человеческие отношения являются по своей природе больше умственными, нежели физическими, и что незнакомец, ему симпатичный с интеллектуальной точки зрения, ближе к нему, нежели кровный родственник, не разделяющий его точку зрения. Пифагор определял знание как плоды умственного накопления опыта. Он считал, что оно может быть добыто множеством путей, но главным считал наблюдение. Мудрость есть понимание источника или причины всех вещей и может быть достигнута только поднятием интеллекта до той точки, где он интуитивно осознает невидимые проявления, направленные через видимое, становясь, таким образом, способным к общению скорее с духами вещей, нежели с их формами. Окончательным источником, который должен быть постигнут мудростью, была Монада, таинственный вечный атом пифагорейцев.

Пифагор учил, что человек и Вселенная сделаны по образу Бога. И поскольку образ этот один, то знание об одном является знанием и о другом. Он, далее, учил, что есть постоянное взаимодействие между Большим Человеком (Вселенной) и человеком в теле (малой вселенной).