В официальном обвинении, предъявленном позднее Марии, говорилось, что она сама выбрала Кирк о' Филд как резиденцию для Дарнлея. Это, судя по всем данным, не соответствует действительности. Показания людей, принадлежащих к различным партиям, свидетельствуют, что Мария первоначально собиралась перевезти больного Дарнлея не в Кирк о'Филд, а в Крейгмиллер. Кирк о'Филд был избран самим Дарнлеем (на это обращали внимание многие исследователи, писавшие в XIX в., — француз Ж. Готье, немцы Б. Зепп, О. Карлова и др.). Г. Кардаунс высказывает предположение, что именно Балфур предложил Дарнлею остановить свой выбор на Кирк о' Филде. Во всяком случае выбор был сделан Дарнлеем вполне добровольно и вопреки желанию Марии. Другие историки, например французы Ж. Пти (Пти Ж. История Марии Стюарт. Т. 2. Париж. 1875) и Л. Меневаль, соглашаются с мнением некоторых современников, что Кирк о'Филд был выбран Дарнлеем по совету Мерея. Надо учесть, что Кирк о'Филд был расположен на высоком месте, а не в низине, как замок Холируд, и поэтому мог больше подходить для больного.

В обвинении указывалось, что порох был сложен в спальне королевы. Это помещение было расположено непосредственно под комнатой Дарнлея, и Мария провела в своей спальне две ночи. А в покрытых мраком событиях 9 февраля по крайнем мере очевидно одно — Кирк о'Филд, по единодушному свидетельству очевидцев, взрывом был буквально поднят на воздух, весь, включая стены, вплоть до камней фундамента. Поэтому в первые дни после взрыва господствовало мнение, что под дом была подведена мина. Об этом говорилось в письме, отправленном от имени Марии в Париж. Об этом же доносили английские дипломаты и агенты в Лондон. Мерей также сообщал, что дом «целиком подорван». По-видимому, брату королевы, вскоре снова возглавившему группировку, враждебную его сестре, ещё не пришло в голову, насколько это заявление не согласуется с утверждением, что порох находился не в подвале, а в опочивальне Марии Стюарт. Непонятно также, почему заговорщики так долго медлили со взрывом, ставя под угрозу все предприятие: ведь порох в комнате королевы мог быть обнаружен в любую минуту. Размеры взрыва невольно заставляют задать вопрос, действительно ли заговорщики метили только в Дарнлея? Не проще ли было избавиться от него с помощью яда — ведь доказать преступление при тогдашнем состоянии медицины было бы фактически невозможно и подозрения (которые часто сопровождали в те времена даже естественную смерть влиятельных политических деятелей) так и остались бы подозрениями.

Значительно легче объяснить известные факты, предположив, что целью заговорщиков был не только Дарнлей, но и сама королева. Были ли у лордов в начале 1567 года основания стремиться к ее устранению? Ответ может быть только положительным. Да, основания были, и большие, чем во время убийства Риччио, когда по крайней мере часть заговорщиков предполагала избавиться также и от Марии. Рождение сына в известном смысле ослабило позиции королевы, теперь ее смерть не вызвала бы споров о наследовании престола. Более того, она обеспечивала интересы протестантской партии — Якова воспитали бы сторонником реформированной церкви, а не католиком, как это предполагала, конечно, сделать его мать. Малолетство Якова позволяло честолюбцам вроде Мерея долгие годы управлять страной. Убийцы Риччио рассчитывали, устранив королеву, править, прикрываясь именем недалекого Дарнлея. Теперь же, вернувшись из изгнания, не решили ли они осуществить старый план с тем только изменением, что, убрав с пути королеву и Дарнлея, воспользоваться куда более удобной марионеткой — Яковом? Мысль, что мишенью заговорщиков был не только Дарнлей, но и королева, казалась очень правдоподобной современникам. Ее высказывали не только сторонники Марии Стюарт, вроде упомянутого архиепископа Бетона, но и английская агентура в донесениях Уильяму Сесилу.

Возможно, конечно, что целью убийц могли быть наряду с Дарнлеем и Марией и какие-то другие враждебные им заговорщики — лорды, которые вместе с королевой находились в Кирк о'Филде за несколько часов до взрыва. Но здесь мы вступаем уже в область ничем не подкрепляемых домыслов, тем более что некоторые из предполагаемых заговорщиков сопровождали королеву в здание, которое могло в любую минуту взлететь на воздух.

В исторической литературе высказывалась и гипотеза, что сам Дарнлей был участником заговора, жертвой которого он пал. Согласно этой гипотезе, Дарнлей хотел — как и при убийстве Риччио — избавиться от жены и захватить корону. При этом Дарнлей, продолжают сторонники этой версии, рассчитывал на поддержку католической партии и католических держав. Эта гипотеза опирается на тот факт, что Дарнлей действительно пытался завязать связи с Испанией и Римом, представляя себя поборником дела католицизма, к которому, мол, проявляет равнодушие Мария Стюарт. Предположение об участии Дарнлея помогает объяснить обстоятельства, кажущиеся в других случаях загадочными, включая, конечно, то, что заговорщики рискнули довольно длительное время держать порох в Кирк о'Филде.

Во всяком случае расчеты Дарнлея, очень сомнительного католика в глазах Филиппа II и нового папы Пия V, были шаткими. И испанский король, и римский первосвященник, и его нунции в западноевропейских странах, вне всякого сомнения, считали Марию оплотом католицизма и очень нелестно отзывались о Дарнлее. Лишь епископ Мондови в августе 1566 года писал из Парижа в Рим, что, хотя Дарнлей ныне заигрывает с еретиками, он достаточно беспощаден и сможет, в отличие от королевы, решиться на истребление вождей протестантской партии. Вероятно, предложения, с которыми собирался обратиться Дарнлей к руководящим силам католической контрреформации, даже не были ими получены. При небыстрой тогда передаче сообщений и медлительности Филиппа II и римской курии при принятии политических решений кажется невероятным, чтобы заговорщики выступали агентами этих сил.

Немецкий историк Е. Беккер подчеркивает в книге «Мария Стюарт, Дарнлей, Босвел» (Гессен, 1881), что в Мадриде, Париже и Лондоне в первые дни после убийства Дарнлея давали взаимоисключающие объяснения этому событию. Это явно не свидетельствует о том, что там были заранее извещены о покушении. Английский посол в Париже доносил 5 апреля 1567 года, что смерть Дарнлея ведет свое «происхождение» из Парижа. Однако, во-первых, это замечание слишком неясно, чтобы решить, имел ли британский дипломат в виду заговор Марии против Дарнлея или заговор против их обоих. А во-вторых, не следует преувеличивать возможности и осведомленность британских агентов во Франции: они должны были питаться слухами или чаше обрывками слухов, циркулировавшими при дворе. А в это время во Франции распространялись различные, в том числе явно неправдоподобные, известия о взрыве Кирк о'Филда, которые и воспроизводили в своих донесениях иностранные дипломаты. Очень вероятно, что это было отражение слухов, шедших из Англии, а не какая-то тайная осведомленность правительств католических держав.

Конечно, все это не исключает того, что Дарнлей сам, без участия внешних сил, организовал заговор. Однако странно, что такая мысль возникла у историков лишь через четыре столетия и не была высказана ни одним из современников, даже тех, кому это было бы явно выгодно. Конечно, лордам, обвинявшим Марию и Босвела, незачем было выдвигать эту версию, но почему этого тогда же не сделали сама королева и ее новый муж? Граф Мортон в своей предсмертной исповеди тоже не пытался обелить себя, свалив вину на Дарнлея. К тому же больному Дарнлею, проведшему всего десять дней в Кирк о'Филде и до этого, по всей вероятности, не знавшему, что он будет помешен в этом здании, вряд ли было по силам организовать незаметно доставку большого количества пороха. Вдобавок надо учесть, что Дарнлей, по общему мнению, был болтуном, неспособным сохранить никакой секрет, а его недавнее предательство сообщников после убийства Риччио вряд ли располагало их снова вступить с ним в тайный сговор.

Правда, в «Истории» известного ученого Джорджа Бьюкенена, близкого к семье Дарнлея и ставшего после его гибели ярым врагом королевы, есть одна фраза, заслуживающая особого внимания. В этом сочинении — заранее отметим, содержащем немало явных противоречий и намеренной лжи, — Бьюкенен пишет, что большинство слуг Дарнлея успело выйти из обреченного здания, заранее зная о готовившемся покушении. Слова эти очень странны в книге, где доказывается, что существовал заговор королевы и Босвела против Дарнлея. Непонятно, почему слуги не предупредили об опасности своего хозяина. Неясно, откуда они узнали о ней: если от самого Дарнлея, то почему он сам предпочел до последней минуты оставаться в доме. Остается предположить, что слуги были встревожены каким-то просочившимся слухом о надвигавшейся опасности.