«Письма из ларца» были использованы против королевы только через несколько месяцев после ее отречения, в декабре 1567 года. Именно тогда шотландский тайный совет постановил, что парламент должен оправдать восстание лордов против королевы, поскольку собственноручно написанные ею письма безусловно уличают Марию как участницу убийства Дарнлея. Таким образом, у лордов было целых полгода для подлога. Возможно, что шлифовка подделки продолжалась еще до лета 1568 года. По крайней мере при неофициальной передаче корреспонденции членам английской комиссии там определенно находились письма, не включенные в окончательный набор (это явствует из свидетельства английской стороны, что ей были показаны письма, содержащие сведения, которые не фигурируют в опубликованных позднее «письмах из ларца»).

Вопрос о том, насколько были искажены письма, попавшие в руки лордов, был предметом бесконечных споров исследователей. «Среди всех вызывающих споры исторических сюжетов историю Марии Стюарт уже много лет считают поразительно сложной, запутанной и продолжают считать таковой и поныне», — писал в 1754 году шотландский историк У. Гудел в книге «Анализ писем, как утверждают, написанных Марией, королевой шотландской, графу Босвелу». В это время известный философ и историк Д.Юм в своей «Истории Англии» целиком встал на сторону противников Марии Стюарт. Юма поддержал У. Робертсон, едва ли не самый известный шотландский историк, автор уже упомянутой «Истории Шотландии в правление королевы Марии».

Одну из наиболее основательных попыток доказать подложность писем предпринял в середине XVII века цитированный выше У. Гудел. Он признавал, что задача подделки писем королевы была очень сложной. Поэтому сначала сфабриковали письма и любовные стихи по-шотландски, а лишь потом их перевели на французский и латинский языки. Гудел пытался путем лингвистического анализа доказать, что французский текст является переводом с шотландского оригинала. Иногда переводчик даже не вполне понимал тонкости стиля оригинала. Шотландские идиомы и пословицы переводились механически, при этом терялся их смысл. У. Гудел выдвинул идею, что речь могла идти не только о подделке, но и о частичном изменении текста писем королевы. Теория Гудела через сто лет была модернизирована Д. Хозеком.

Нередко доводы основывались на совершенном игнорировании нравов эпохи. Современник У. Гудела У. Татлер в 1767 году заявлял, что письма, «кажется, сами составляют презумпцию невиновности, поскольку не только королева, но любая женщина, у которой можно предполагать хоть немного благоразумия и самое слабое чувство скромности, не могла бы написать подобные письма». Татлер отмечал, что даже если письма в основном были написаны королевой, то это еще не значит, что они целиком вышли из-под ее пера. Он подтвердил мнение Гудела, что, вопреки уверениям врагов, французский текст писем явно не является оригиналом, а перевод с английского (вернее, с шотландского). Точно так же как и та часть писем, которая якобы была написана по-латыни. Сам же Гудел, считая полностью подорванной веру в аутентичность писем, добавлял: «Я не могу не поражаться и не удивляться тому, что существует столь много писателей, и католиков и протестантов, считающихся лицами учеными и способными к здравому суждению, которые позволили убедить себя в правильности столь неправдоподобных, вернее, не заслуживающих доверия, и бессмысленных россказней».

В XIX в. был найден французский текст писем, ранее известных лишь в их шотландской или латинской версии. И тогда выявилось, что в некоторых из них существует обратное отношение — французские идиомы грубо переведены на шотландский язык. Д. Хозек в книге «Мария, королева Шотландии, и ее обвинители» (Лондон, 1870) считает, что отдельные французские письма были адресованы Дарнлею (но он не доказал, что Дарнлей вообще знал французский язык).

В конце XIX в. в дискуссию активно включились немецкие исследователи. Историк Г. Бреслау предлагал считать подлинными часть писем (Гердес Г. История Марии Стюарт. 1885); Г. Гердес (Спорные вопросы истории Марии Стюарт. 1886) выдвинул теорию, что часть одного из писем (№1) была написана Дарнлеем Марии, а часть другого письма (№2) — Марией Мерею. В 1882 году Б. Зепп в книге «Дневник несчастной шотландской королевы Марии Стюарт» высказал предположение, что большинство писем представляют собой перефразировку дневника, который вела Мария. Как подчеркнул в 1886 году немецкий историк О. Карлова (Карлова О. Мнимые письма Марии Стюарт графу Босвелу. Гейдельберг. 1886), по существу подлинность писем удостоверяется лишь свидетельством под присягой Мортона — ярого врага Марии, участника убийства Риччио и заговора против Дарнлея. Его никак нельзя считать незаинтересованным свидетелем. Будущий шотландский регент был человеком небрезгливым в средствах. Так, он предлагал после восстания в английских северных графствах выдать Елизавете за деньги его предводителя графа Нортумберленда, оказавшего Мортону немало услуг, когда тот находился изгнанником в Англии. Письма, представленные шотландскому парламенту, не имели подписи Марии, вопреки позднейшим утверждениям ее врагов. При разборе дела королевы в Англии оригиналы писем были показаны членам английского тайного совета, которые, сравнив их с другими, несомненно написанными королевой, признали их аутентичность. По мнению О. Карлова, подделку, вероятно, осуществили лорды Мортон, Мерей и Леннокс — отец Дарнлея, возможно, с участием секретаря Мерея Джона Вудса. Мейтленд был в курсе всей этой махинации. Основу «писем из ларца», возможно, составляли какие-то письма и заметки Марии Стюарт, захваченные у нее или другим путем попавшие в руки ее врагов, а также письма Дарнлея к королеве.

Приводились и самые различные доводы в пользу аутентичности писем — вплоть до ссылок Юма и Робертсона на то, что эти бумаги не вызвали сомнения у шотландского парламента или комиссии, назначенной Елизаветой. А. Петрик в книге «Письма королевы Марии Стюарт графу Босвелу» (вышедшей в 1873 году на немецком языке в Петербурге), защищая версию о подложности писем, тем не менее приводит и аргументы в пользу их подлинности: отказ посла Марии Стюарт Лесли, епископа Росского, сравнивать подписи королевы, содержание писем, в которых — будь они фальсификацией — находилось бы больше фактов, призванных свидетельствовать о ее виновности, стиль писем, с трудом поддающийся подделке, упоминание различных побочных обстоятельств и тайных переговоров, которые действительно имели место, и т.д. Одно из наиболее веских доказательств в пользу подлинности писем, полагал Т.Гендерсон в книге «Письма из ларца и Мария, королева Шотландии» (Лондон, 1889), — это молчание, которое хранили о них сама Мария Стюарт и ее сторонники. Во время следствия в Англии Мария в конце концов заняла позицию отрицания, но ведь она не признавала позднее подлинность и других написанных ею писем.

Возможно еще одно решение загадки. Допустим, что письма подлинные, но действительно ли это письма Марии Стюарт, а не какой-либо другой женщины, авторство которых лорды приписали королеве (все равно — зная или не зная, что совершают подлог)? Более того, может быть, письма, копии которых были представлены комиссии, назначенной Елизаветой, даже принадлежат нескольким лицам, в числе которых была и сама шотландская королева? А поскольку отношения между Марией Стюарт и Босвелом, ее роль в убийстве Дарнлея нам известны прежде всего на основании «писем из ларца», то, если они, хотя бы частично, написаны другими людьми или обращены к другим адресатам, вся эта история предстанет совсем в ином свете.

Подробный анализ содержания писем заставляет усомниться в том, что их мог написать один и тот же человек. Английский посол Рэндолф утверждал, что у Босвела была «другая жена» во Франции. Не исключено, что часть писем исходила от нее. Добавим, что возможным кандидатом на роль подлинного автора писем является и норвежка Анна Трондсен, с которой Босвел был обручен, если не обвенчан. Ее почерк не напоминал почерк королевы, но письма Трондсен могли быть переписаны. Женой Мейтленда была Мария Флеминг, фрейлина Марии Стюарт, воспитывавшаяся вместе с королевой во Франции. Подпись Марии Флеминг — сохранились ее образцы — почти не отличима от подписи королевы. При отсутствии оригиналов «писем из ларца» — судьба их осталась неизвестной — вряд ли вопрос о подлинности получит когда-либо однозначное решение…