В апреле 1588 года Филипп II пришел к выводу, что пробил долгожданный час для отплытия армады. Это было невиданное еще собрание судов по размерам и по числу пушек, и по количеству находившихся на борту солдат. Эскадра состояла из 130 военных кораблей и вооруженных транспортов, имевших две с половиной тысячи орудий, свыше 27 тыс. солдат и матросов. Ее возглавил взамен умершего опытного моряка адмирала Санта-Круса герцог Медина Сидония. На торжественной религиозной церемонии в Лиссабонском кафедральном соборе кардинал эрцгерцог Португалии от имени короля вручил новому командующему знамя армады, вышитое знатными дамами и освященное самим римским папой (христианскому воинству незачем было знать, в каких крепких выражениях Сикст V отзывался об «английском деле» короля). Чтобы еще больше подчеркнуть значение нового крестового похода, среди толпы вельмож стояли потомки конкистадоров — завоевателей Нового Света — Кортеса и Писарро. Жерла трехсот пушек извергли грохот приветственного салюта, когда пышная процессия доставила святое знамя армады на адмиральский корабль «Сан Мартин».

На эскадре поддерживалась строгая дисциплина. После отплытия каждый вечер палубы оглашались пением благодарственных гимнов. Многочисленные священники и монахи без устали служили обедни. Были изгнаны божба и азартные игры и уж совсем вопреки всем обычаям не было разрешено брать на корабль веселых девиц, составлявших компанию морякам в таком далеком и трудном плавании. Впрочем, этот последний запрет соблюдался далеко не на всех судах.

Отплытию «Непобедимой армады» предшествовала длительная тайная война. Еще за десятилетие до этого Елизавета поставила во главе английской секретной службы сэра Френсиса Уолсингема (его начальником стал прежний руководитель разведки Уильям Сесил лорд Берли — первый министр королевы). Недоверчивый пуританин, не привыкший брезговать никакими средствами, Уолсингем повел упорную борьбу против всех противников Елизаветы, связанных с Мадридом, в частности против иезуитов. Поединок секретных служб становился все более напряженным по мере того, как выявлялись планы подготовки армады.

В целом испанская разведка много уступала секретной службе Уолсингема. Однако дело было вовсе не в качестве информации, притекавшей в Мадрид от испанских шпионов в Англии. Хотя они и передавали сведения о военных приготовлениях и политических мерах Английского двора, но ни они, ни сам их коронованный повелитель не могли осознать главного. А главное сводилось к тому, что экономически наиболее могущественные классы Англии — новое дворянство, разбогатевшее на конфискации монастырских земель, и городская буржуазия — твердо решили не допустить губительной для их интересов католической реакции. Еще больше они не желали, чтобы она была насаждена в Англии с помощью иностранной «папистской» армии. В отражении испанской угрозы эти классы опирались на полную поддержку английского народа; даже значительной части католического населения не улыбалась мысль об установлении испанского господства. В результате правительство Елизаветы могло с полным успехом объявить о созыве по сути дела всеобщего ополчения и, что еще более важно, опереться на лояльную поддержку всех органов местного самоуправления в городах и графствах, принявших на себя расходы по обучению и обеспечению оружием и продовольствием выставленных ими военных отрядов. Портовые города выделили средства и приложили все усилия к снаряжению боевых судов. Лондонское Сити предоставило в распоряжение правительства 2 тыс. солдат и 30 кораблей. В результате Елизавета получила столь серьезные ресурсы, что могла принять решение не нанимать ни иностранные корабли, ни иноземных моряков. Более того, английское правительство отказалось от денег, кораблей и матросов, которых предложили прислать протестантские страны — Дания и Швеция. Испанская дипломатия пыталась и здесь найти хорошую сторону. Она видела луч надежды для своего повелителя в том, что королева и ее советники из-за своих успехов стали слишком самонадеянны и слишком уверены, что справятся с любой армией, которая высадится в Англии. Неизвестно, насколько эти утешительные соображения успокоили дона Филиппа, но они очень показательны. Даже испанские дипломаты порой понимали весь авантюризм предприятия и предпочитали закрыть на это глаза.

Весьма характерно, что Англия смогла в короткий срок снарядить флот, превосходивший по мореходным качествам боевых кораблей, по дальнобойности артиллерии и по выучке матросов армаду, созданную напряжением всех ресурсов огромной Испанской империи. После длительного ожидания попутного ветра 29 мая 1588 года армада покинула устье реки Тахо и двинулась на север. Неблагоприятные ветры сделали продвижение очень медленным, а буря у мыса Финистер рассеяла ее корабли и заставила их поспешно укрыться в гавани Лa-Корунья. Три недели ушло на починку. Впрочем, эти же ветры помешали английскому флоту, посланному навстречу армаде, встретиться с ней по пути. Лишь в конце июля армада стала приближаться к английским берегам. Тщетно опытные моряки советовали герцогу Медина Сидония атаковать английские эскадры — ему было предписано Филиппом вступить в сражение не ранее, чем он примет на борт и благополучно доставит в Англию испанские войска Александра Пармского. В результате сами испанцы уступили инициативу англичанам, имевшим значительно меньшие по объему, но более маневренные и лучше вооруженные для морского боя суда. Терпя многочисленные потери, 27 июля армада прорвалась через Ла-Манш и вошла в гавань Кале в Северной Франции. Еще через два дня она передвинулась в Дюнкерк, а в Ньюпорте должна была производиться погрузка на транспорты солдат Александра Фарнезе. Многодневные атаки английских кораблей измотали и совершенно лишили испанских капитанов уверенности в своих силах. Неприятель, пустив в дело в три раза меньше кораблей, чем имела армада, все время был нападающей стороной.

В такой обстановке вдруг 29 июля на эскадре стало известно о приближении на всех парусах английских брандеров — груженных порохом судов, при взрыве которых погибали и находившиеся неподалеку вражеские корабли. Воцарилась паника. Капитаны приказывали рубить канаты якорей, чтобы побыстрее рассредоточить сгрудившуюся массу армады. Несколько кораблей столкнулись друг с другом, а поднявшаяся буря погнала оставшиеся суда обратно, в сторону Кале, куда эскадра добралась к 31 июля, расстроив свои боевые порядки. В стычках с англичанами и в результате кораблекрушений было потеряно полтора десятка кораблей, значительная часть остальных расстреляла без толку свой запас пороха и ядер, имела серьезные поломки. Вокруг находились опасные песчаные мели. Военный совет армады решил, что у нее нет возможности высадить десант в Англии и что она не сможет вернуться старым путем в Испанию. Чтобы избежать сражения с английским флотом, было решено взять курс на север и, обогнув берега Англии, Шотландии и Ирландии, возвратиться на родину.

Это было началом конца. Долгий путь по неизвестным морям, изобиловавшим опасными рифами и скалами, отсутствие продовольствия, ураганные ветры и непогода довершили разгром армады, начатый пушками Фрэнсиса Дрейка, Хокин-са, Фробишера и других британских адмиралов. Из 120 кораблей, прибывших к Ла-Маншу, 63 было потоплено, в том числе 26 самых крупных боевых судов. 10 сентября в Сантандер прибыл корабль адмирала Медина Сидония, а за ним постепенно и другие суда — жалкие остатки эскадры, отправленной покорить Англию во славу контрреформации и ради вселенских притязаний испанского короля.

Во время обратного пути армады ее по-прежнему не оставляло своим вниманием ведомство Уолсингема. Отдельные испанские суда бросали якорь около берегов Шотландии и в тех районах Ирландии, которые еще слабо признавали или вовсе отказывались подчиняться власти английской королевы.

13 сентября испанский галеон появился в заливе Табирмори на Гебридских островах, надеясь пополнить запасы воды и съестных припасов. Английский посол в Шотландии Уильям Эшби немедля получил известие о прибытии корабля водоизмещением в 1400 т с 800 солдатами на борту и послал срочное донесение Уолсингему. По-видимому, судно село на мель, или же по другим причинам оно долгое время не могло выйти в море, 8 ноября Эшби сообщил Уолсингему, что испанцы все еще находятся в заливе. Это очень мало устраивало королевского министра. Как раз в эти дни среди жителей появился приятный в обращении незнакомец, одетый в шотландскую юбочку — традиционный костюм горца. 8 ноября ему удалось под каким-то предлогом оказаться на борту галеона, а вскоре после его посещения на судне вспыхнул пожар, раздался оглушительный грохот — взорвался пороховой склад, и корабль погрузился в морскую пучину вместе с командой. Спастись удалось лишь немногим. А приятного джентльмена называли потом то «французом», то Смолеттом, то «лицом, известным Вашей светлости», как писал Эшби Уолсингему.