После основания в Пекине постоянной Российской дипломатической миссии во главе с посланником, духовная миссия была освобождена от выполнения дипломатических функций и должна была стать собственно миссионерским учреждением. В ноябре 1863 г. вышел указ императора Александра II о передаче Российской духовной миссии в Пекине «в полное распоряжение духовного ведомства». В 1861 г. поднимался вопрос о создании епископской кафедры в Пекине, и в 1863 г. решение было практически принято, но не нашлось средств, а возможно, не оказалось человека, способного воплотить это решение в жизнь.

Первую в новых условиях, 14–ю Российскую духовную миссию (1858–1864) возглавил архимандрит Гурий (Карпов), уже имевший опыт работы в Пекине и владевший китайским языком. Члены миссии под руководством своего начальника также прошли в России предварительную языковую подготовку [308]. Члены миссии внесли большой вклад в решение дипломатических задач, были участниками событий, связанных с оформлением новой системы русскокитайских отношений в середине XIX века. Они также выполнили немало переводов, издали несколько словарей и учебных пособий по китайскому языку. С завершением работы 14–й миссии закончилась и вся эпоха, когда духовная миссия была главным центром изучения китайского языка в России. Царским указом Российская духовная миссия в Пекине была реорганизована, должность одного ученика миссии упразднялась, три ученика передавались в состав Российской дипломатической миссии в Пекине.

В составе 15–й Российской духовной миссии (1864–1878) не было учеников, а священники не были обязаны заниматься изучением языков [309]. Однако эта миссия получила известность не только в отечественной, но и мировой синологии. Ее глава, архимандрит Палладий (Кафаров), дважды возглавлявший миссии в Пекине, благодаря своим научным трудам вошел в число крупнейших китаеведов в мире. Кроме того, он всю жизнь работал над составлением словаря, впоследствии дополненного и изданного П. С. Поповым [310]. Именно в период 14–й и 15–й миссий начинается активная работа по переводу на китайский язык православной богослужебной литературы, большую часть этой работы взял на себя иеромонах Исайа (Поликин) [311]. Первым православным переводчиком Нового Завета («Син–Шен–цзин») на китайский язык стал сам архимандрит Гурий (Карпов)[312]. Основная работа по переводу была сделана в течение четырех лет, но затем работа дорабатывалась при помощи православных китайцев [313]. Перевод был напечатан, но санкция Святейшего Синода на использование перевода в практике миссионерской деятельности была получена в 1866 году, когда автор перевода уже вернулся на родину. Тем не менее, данный перевод Священного Писания на китайский литературный язык не имел практического применения, а по поводу его качества в России существовали разные точки зрения [314].

Особое место в истории православной миссионерской деятельности заняла 16–я Российская духовная миссия (1878–1884) во главе с архимандритом Флавианом (Городецким). Миссия была не просто малочисленной, в некоторые периоды (например, в 1881 г.) в Пекине оставался из миссионеров лишь один архимандрит Флавиан. Но именно в период деятельности 16–й миссии, по инициативе архимандрита Флавиана впервые началось православное богослужение на китайском языке. Как сам архимандрит, так и его помощники иеромонахи Алексей Виноградов и Николай Адоратский занимались собиранием и проверкою переводов богослужебных книг [315]. В этот период был рукоположен в священники первый китаец, Митрофан Цзи (Чун) (1855–1900), который принял посвящение в сан от рук Японского Епископа Николая в возрасте 25 лет [316]. Во главе 17–й миссии (1884–1896) находился архимандрит Амфилохий (Лутовин). В этот период деятельность миссии сводится до минимума, число ее членов временами сокращалось до двух человек.

В конце XIX века Российская духовная миссия несколько расширила географию своей работы. В 1885 г. была открыта церковь в Ханькоу, в 1892–м к ней назначили постоянный штат духовенства, состоящий из священника и псаломщика. В этот центр русско–китайской торговли с разрешения Священного Синода был командирован из Пекина иеромонах Иннокентий (Александр Ольховский). Однако вследствие скандала он вскоре покинул приход, а на его место с зачислением в состав миссии прибыл священник Н. П. Шастин из Урги, в будущем ставший выдающимся миссионером. В 1894 г. православный храм, вмещавший до 80 человек и имевший флигеля для священника и сторожа, был построен в районе Калгана, там, где старинный Кяхтинский торговый путь пересекал Великую Китайскую стену. Церковь была передана в ведение Российской духовной миссии в Пекине, но так и не получила своего священника, до разрушения миссии в 1900 г. туда иногда приезжал иеромонах из Пекина.

К концу XIX века ситуация вокруг Российской духовной миссии в Пекине была довольно сложной. Миссионеры практически не занимались обращением китайцев в христианство, но этому были свои причины. Первая недостаточность финансирования: на миссию вместе со школой отпускалось 20 тыс. руб. Около 400 человек православной паствы представляли собой «сложный контингент», о чем современники писали: «В нравственном отношении это в лучшем случае тунеядец, рассчитывающий на поддержку миссионеров, а в худшем пьяница и плут» [317]. Хотя во многом именно благодаря албазинцам миссионеры продолжали выполнять свои функции, из их среды рекрутировались учителя, катехизаторы и даже прислуга при дипломатической и духовной миссиях. Имеющиеся в миссии священнослужители от двух до четырех человек не могли в полной мере даже обслуживать духовные потребности немногочисленного русского населения в Китае. В 1895 г. консул в Фучжоу Н. А. Попов жаловался русскому посланнику, что за прошедшие 13 лет миссия лишь дважды командировала своего члена иеромонаха Амфилохия в этот порт. Не было постоянного священника даже в Тяньцзине. С трудом решались проблемы с обеспечением священнослужителями уже построенных церквей.

До конца XIX века Российская духовная миссия не занималась активной миссионерской деятельностью в Китае[318]. Сами миссионеры не верили в возможность широкого распространения православия и христианства вообще в китайском обществе. Об этом свидетельствует замечание начальника отряда судов в Тихом океане А. Б. Асланбегова: «На вопрос мой, когда Китай сделается христианским государством, о. Флавиан ответил: «никогда». Я на это не могу согласиться…» [319].

Отказ от миссионерской деятельности был обусловлен определенной принципиальной позицией российских миссионеров. Например, архимандрит Палладий писал обер–прокурору Синода А. П. Толстому о неприемлемости образцов действия католических веропроповедников в Китае, полагая, что католики сообщают прозелиту из китайцев одни формы своей веры и развивают в нем обрядную набожность в ущерб духу христианской веры. Миссионер утверждал, что в православии более христианских начал любви, великодушия и бескорыстия, и ему не свойственно налагать нравственные цепи на души чад церкви, для привязывания их к ней.

Отсутствие у Духовной миссии в Пекине возможности, средств и желания активно заниматься миссионерской деятельность в Китае привело к тому, что к конце XIX века на огромной территории Центральной и Восточной Азии среди различных народов, стоявших на разных ступенях общественного развития, не велось никакой православной миссионерской работы. Миссия не имела богатых традиций миссионерской работы, лишь первый опыт службы на китайском языке и работы китайского священника и катехизаторов. Российские власти понимали и поддерживали данную ситуацию. Например, посланник в Китае А. П. Кассини в 1893 г. в письме иркутскому генерал–губернатору отмечал, что российское правительство стоит в стороне от интересов христианской пропаганды в Китае.