В начале ХХ века произошли коренные преобразования в Российской духовной миссии в Пекине, приведшие к началу активной миссионерской православной деятельности в Китае. После восстания ихэтуаней и выезда миссии из Пекина ее глава архимандрит Иннокентий в июле 1901 г. был вызван в Россию для решения вопроса о полном прекращении православной миссионерской деятельности в Китае. Прежде чем покинуть Китай, начальник миссии открыл миссионерскую школу в Шанхае [560], купил вокруг Северного подворья в Пекине несколько крупных строений, съездил в Бэйдайхэ, где благодаря его стараниям началось восстановление церкви [561]. В апреле 1902 г. царским указом начальник миссии в Пекине получал сан епископа с присвоением наименования «Переславский» [562]. Летом 1902 г. епископ Иннокентий сформировал миссию в количестве 34 человек, из которых четверо имели академическое образование, в нее также входили 10 послушников, мастеровые и проч. [563]. Православным миссионерам предстояла не только пропаганда христианства среди китайцев, но борьба с другими христианскими конфессиями, не признававшими православие [564]. Члены миссии выехали из Петербурга в Порт–Артур по железной дороге в двух вагонах, специально предоставленных для них.

Епископ Иннокентий вместе со своими соратниками поселился недалеко от развалин подворья Российской духовной миссии в Пекине. Территорию миссии расширили [565] и обнесли кирпичной стеной. В 1902 г. началось восстановление Успенского монастыря. Миссия занялась активной хозяйственной деятельностью [566]. Будущие проповедники начали учить китайский язык, овладевать различными ремеслами, необходимыми при работе с простыми китайцами. К началу 1904 г. в типографии Успенского монастыря печатался русско–китайский словарь и другая литература. Для создания женской православной общины летом 1903 г. в Пекин из Красноярска прибыла старица Евпраксия с четырьмя послушницами. В 1903 г. в Успенском монастыре крещено 53 человека, проведено пять обрядов бракосочетания и шесть обрядов погребения. В 1905 г. постриг приняла и первая китаянка, албазинка Пелагея Марковна Жуй.

Преодолев противодействие русских дипломатов [567], Иннокентий открыл православную школу в Тяньцзине. На берегу моря в Бэйдайхэ начала функционировать церковь во имя Преображения Господня, миссионерский стан там возглавил брат Герасим [568]. Особое внимание Иннокентий обратил на южные районы Китая. В конце 1902  г. епископ выехал из Пекина на юг, он провел первую литургию в Шанхае, посетил Ханькоу, Гуанчжоу и Гуйлинь, где провел службы и крестил несколько молодых китайцев. Иннокентий основал миссионерский стан в Фынкоу, недалеко от Ханькоу, где около 300 местных жителей дважды, в 1898 и 1901 годах выражали желание принять православие и даже российское подданство. В 1903 г. в этом районе, в местечке Юаньцзякоу диакон Сергий Чан начал катехизацию и основал часовню. Затем Иннокентий купил 500 десятин земли около Цзуньхуачжоу недалеко от Ланьчжоу. Епископскую кафедру Иннокентий планировал перенести из Пекина в Дальний.

В ведение Российской духовной миссии в Пекине перешло, хотя и не сразу, и русское православное население, появившееся в Маньчжурии в связи со строительством КВЖД [569]. В 1902 г. по ходатайству миссии шесть обслуживавших церкви Северной Маньчжурии священников с согласия министра финансов и военного министра перешли в ведение Пекинской духовной миссии. 29 мая 1903   г. указом Священного Синода полоса отчуждения КВЖД в духовном отношении (по церковному ведомству) была подчинена начальнику Пекинской миссии. С 1 июля священнослужители в приходах по железной дороге в Китае объявлены состоящими на службе КВЖД по церковному отделу.

К началу Русско–японской войны в ведении Российской духовной миссии в Пекине были Успенский монастырь, посольская Сретенская и Ханькоуская церкви, отделения миссии в Шанхае, Харбине, Хайларе и на станции Маньчжурия, церкви в Урге и Бэйдайхэ, строящаяся церковь в Урумчи, часовня в Юньцзякоу, а также не восстановленные после восстания ихэтуаней церкви в Калгане и Дундиньане. Кроме того [570], в ведении епископа Иннокентия было 13 приходских церквей на КВЖД. В штате миссии находились сам епископ Иннокентий, архимандрит Авраамий, иеромонах Симон, священник Николай Шастин, катехизаторы Сергий Чан, рукоположенный в 1904 г. епископом из дьяконов в священники, и Иннокентий Жун, а также три учителя китайского языка [571].

Главными противниками православных миссионеров в Китае в этот период были российские дипломаты и предприниматели. В 1902   и 1903 годах Д. Д. Покотилов [572] докладывал в Петербург, что миссионерская деятельность грозит дополнительными проблемами, полагая, что «…попытки нашего епископа распространять православие среди туземцев в центральном и южном Китае могут привести только к печальным результатам». В январе 1903 г. министры финансов и иностранных дел отправили в Св. Синод специальное отношение «с изложением сведений о деятельности Начальника Духовной Миссии в Пекине, Преосвященного Иннокентия, Епископа Переславского». Министр иностранных дел писал: «… принятый на себя Епископом Иннокентием почин в активной пропаганде православия является прямым нарушением традиционной политики нашей в Китае». Он просил «не отказать разъяснить Епископу Иннокентию нежелательность с политической точки зрения предпринятых им шагов и быть может указать Его Преосвященству на Маньчжурию, как на ближайшее поле деятельности для его архипастырьских трудов». Летом 1903 г. Св. Синод обсудил данные проблемы и принял решение, «что проповедь Слова Божия… не может не входить в число задач представителей Православной Церкви, но… поручить указом Начальнику Пекинской Духовной Миссии Преосвященному Иннокентию обратить особое внимание на проживающих в Маньчжурии русских» [573].

Война с Японией изменила ход событий на Дальнем Востоке. Сразу после начала войны Св. Синод предписал Иннокентию «принять зависящие от него меры к приостановлению, впредь до восстановления спокойного течения политической жизни на Дальнем Востоке, миссионерскую деятельность находящихся в его ведении православных духовных лиц» [574]. В феврале 1904 г. по инициативе Иннокентия в Харбине было организовано Братство православной церкви в Китае [575]. Война с Японией привела к окончательному разрыву Иннокентия с властями КВЖД. С самого своего основания администрация Общества КВЖД выступала против распространения православия в Китае, боясь, что это может вызвать осложнения как с китайскими властями, так и со своими хозяевами или партнерами в Европе. Предназначение Российской духовной миссии они видели лишь в обеспечении духовных потребностей русского православного населения в Маньчжурии, но не в распространении православия в китайском обществе. Иннокентий же считал, что на основе православия возможно сближение и объединение «сродных во многом по духу» «двух великих народов». Летом 1907 г. КВЖД была изъята из ведения епископа Переяславского. Так миссионеров освободили от несвойственных им функций, что пошло только на пользу основной работе. Хотя, с другой стороны, данная акция создала и новые проблемы материального плана. В «Китайском благовестнике» отмечалось, что это «лишило миссию единственного источника доходов, подорвало благосостояние устроенных на миссионерские средства для нужд местного населения подворий миссии и во многом парализовало деятельность самой миссии».