Самой желанной добычей для людей Дзёмон были олени (Cervus nippon nippon) и дикие свиньи (Sus leucomystax leucomystax), в изобилии водившиеся в горах и на равнинах Японии. Кости этих животных во множестве встречаются в кьёккенмёдингах, особенно относящихся к среднему и позднему периодам. Зачастую длинные кости расщеплены — вероятно, для того, чтобы извлечь костный мозг. Иногда из этих отщепов изготовлены орудия труда. Довольно часто попадаются сделанные из рога оленя своеобразные топоры: рога вырезались таким образом, что острый отросток образовывал колюще-рубящее орудие, напоминающее топор Лингби из Дании периода мезолита. Кабаны давали жир, олени — теплый мех для зимней одежды. Животных помельче — барсуков, енотов и зайцев — людям удавалось поймать значительно реже, однако их мясо тоже использовали в пищу, а шкуры — для изготовления одежды.
Охотники самого раннего Дзёмон для стрел использовали каменные наконечники треугольной формы с выпуклым основанием, в последующие периоды формы наконечников стали более разнообразными (рис. 4). В начале позднего Дзёмон появились наконечники из кости. Однако самые изящные из всех — наконечники из обсидиана, причем постепенно они становятся менее массивными. Особенно много их находят поблизости от источников этого материала. Луки использовались на протяжении всей эпохи Дзёмон, но до наших дней дошли луки только из позднейших археологических памятников этого периода. 5 луков были найдены в торфянике в Корекаве, префектура Аомори. Судя по сохранившимся фрагментам, длина лука составляла около 1,3 метра, а один сохранившийся целиком лук имел длину более 1,5 метра. Он был сделан из двух узких пластин криптомерии (японский кедр), связанных между собой веревками из коры; на нем до сих пор видны следы красного лака. Длина самого большого из найденных луков превышала 2 метра 5 сантиметров (рис. 5, б).
Судя по весьма малочисленным костным остаткам диких птиц, люди эпохи Дзёмон лакомились птичьим мясом довольно редко. Вероятно, это объясняется несовершенством приемов и методов их ловли. Тем не менее, утки, гуси, соколы, фазаны, журавли и некоторые другие виды птиц все же попадали в семейный котел.
В кьёккенмёдингах сохранилось огромное количество костей рыб. Как правило, они принадлежат породам рыб, которые несложно поймать в неглубоких бухтах, особенно во время прилива: это окунь, кефаль, луциан и морской лещ. Кости рыб, обитающих в более глубоких местах — тунца, акулы, ската дазиатиса, а также кита, — встречаются крайне редко, что, учитывая высокий уровень развития рыболовства, кажется довольно странным. Небольшой процент раковин в кьёккенмёдингах составляют раковины моллюсков, обитающих на глубине от одного до 4 метров.
Рыболовные крючки из кости и гарпуны попадаются в раковинных кучах равнины Канто и вокруг залива Сендай сравнительно часто (фото 4). В кьёккенмёдингах самого раннего периода эпохи Дзёмон крючки встречаются редко, и, как это ни удивительно, они почти полностью отсутствуют в периоды Ханадзуми, Секияма и Мороисо раннего Дзёмон, а в период Кацусака и позднее их становится все больше и больше. Гарпуны были изобретены только в среднем периоде Дзёмон, примерно тогда, когда получили распространение выдолбленные из стволов деревьев лодки. Вероятно, широкое использование лодок-долбленок объясняется совершенствованием орудий труда, которые в период Кацусака сначала имели несколько другое предназначение — для строительства жилищ. Судя по всему, люди быстро обнаружили, что с их помощью значительно проще и быстрее делать лодки. Длинные гарпуны с несколькими зубцами по бокам свидетельствуют о том, что люди позднего периода Дзёмон отваживались выходить в море довольно далеко. Самый длинный из этих гарпунов имеет 5 пар зубцов; гарпуны с меньшим количеством зубцов могли быть как длинными, напоминающими копья, так и изогнутыми. Наличие острых наконечников означает, что люди взяли на вооружение новые методы ловли рыбы. Хвостовые шипы скатов иногда использовали в качестве игл для шитья.
В реках северных районов Японии и вдоль побережья было много лосося; в наши дни он водится и южнее, включая реку Тоне. Нет сомнения, что к концу неолита он стал одним из основных видов пищи для северных народов, поэтому его изображения часто вырезали на камне. Несколько таких изображений — можно предположить, что они были своего рода фетишами, — сохранилось в Тохоку. Всего известно шесть камней с высеченными рисунками. Наиболее четкие и похожие на оригинал найдены в городе Ядзима, префектура Акита: на камень нанесены силуэты 12 лососей различных размеров, каждый примерно вполовину меньше реальной величины; головы рыб обращены в разные стороны; иногда их силуэты перекрывают друг друга. Точно датировать изображение не представляется возможным, поэтому, судя по обнаруженной рядом с ним керамике эпохи Дзёмон, было решено относить его к этому же времени.
В Японии одомашненная собака сопровождает человека с самых ранних периодов истории страны. Не вызывает сомнения, что она была сторожем и любимцем семьи. Возможно, ее также обучали для помощи на охоте. Сохранились многочисленные костные остатки собак: например, в кьёккенмёдинге Йосиго в префектуре Айти рядом с захоронением трех человек были обнаружены останки десяти собак (трех кобелей и семи сук). Кости Canis familiaris japonica — собаки небольшого размера, прародительницы современной породы тиба, — были найдены в двадцати разных местах раковинной кучи, относящейся еще к периоду Ханадзуми раннего Дзёмон. Этот кьёккенмёдинг расположен рядом с деревней Тойохару, префектура Сайтама. В кьёккенмёдинге Нитигаято в префектуре Иокогама безымянный любитель животных периода Хоринути похоронил своего друга в овальной ямке длиной около метра и шириной около полуметра прямо под слоем раковин. Археологи обнаружили прекрасно сохранившийся скелет. В раковинных кучах Убаяма специальных захоронений собак не встречается. Наоборот, характерные царапины на костях животных вполне могли появиться там в процессе отделения мяса. Если мясо предназначалась для использования в пищу, то это могло означать одно — люди находились в очень сложной экономической ситуации.
В неолите кошка еще не была одомашнена. В кьёккенмёдинге Нодзима в Канагаве, относящемся к раннему периоду Дзёмон, был найден череп, а в кьёккенмёдинге Итиодзи в Аомори — нижняя челюсть дикой кошки, подобной той, что обитает в Корее и на острове Цусима. Возможно, судя по сходству черепа, эта кошка была предком одомашненной кошки Хонсю. Тем не менее, справедливым вполне может оказаться и широко распространенное мнение, что домашняя кошка была привезена в Японию из других мест.
Свиньи были завезены в более поздние времена из Китая; в Дзёмон на основных островах Японии их еще не было, однако на островах архипелага Рюкю их останки встречаются.
Принято считать, что лошадь появилась в Японии в эпоху Яёй, однако довольно большое количество костей этого животного в кьёккенмёдингах эпохи Дзёмон явно опровергает это утверждение. Не исключено, что люди эпохи Яёй использовали лошадь в качестве ездового животного и привели коней с собой, но их потребность в лошадях была достаточно ограниченной, а их зависимость от лошади не может быть подтверждена такими аргументами, как рисунки на бронзовых колокольчиках и керамических изделиях. Популярность лошади ясно проявляется в период могильных курганов: в захоронениях обнаружено множество глиняных фигурок лошадей, настенных рисунков и изображений на металлических предметах. Кости небольшой лошади были найдены в кьёккенмёдинге Атака в Кумамото на острове Кюсю. В непосредственной близости от них находилась керамика, датируемая не позднее, чем средним периодом Дзёмон. К немного более раннему периоду относятся кости из Идзуми в Кагосиме. Костные остатки лошадей, обнаруженные в кьёккенмёдингах более поздних периодов (Ангё и Камегаока) в Хоми (префектура Айти), Коздахара (префектура Нагано), Обора (префектура Мияги) и Адзусава (префектура Токио), вполне могут иметь самое непосредственное отношение к более мобильным людям эпохи Яёй, пришедшим на южные японские острова. Кости из Оборы по своим характеристикам ничем не отличаются от костей современных лошадей. В основной массе лошади эпохи Дзёмон были низкорослыми, похожими на пони. Умирали они от старости, ни одной раздробленной кости найдено не было. Останки низкорослых лошадей эпохи Яёй были обнаружены в Тайюи (префектура Нагасаки) и Уриго (префектура Айти), однако в целом лошади Яёй — это животные покрупнее, ростом до полутора метров, и похожие больше на корейских лошадей каменного века. Они считаются лошадьми среднего размера, причем явно существует такая закономерность: чем дальше от Корейского полуострова, тем лошади Яёй становились крупнее. Низкорослые лошади жили на протяжении всей эпохи до буддизма; лошадь из Хираиде периода Хэйдзи тоже была невысокой, не сильно отличающейся от своего предка эпохи Дзёмон.