Без сомнения, контакты с пришлой культурой Яёй способствовали дальнейшему развитию культуры периода неолита. Одним из результатов таких контактов, возможно, стало появление скотоводства: на это указывает наличие костных остатков одомашненной короткорогой коровы в кьёккенмёдингах Окадайра в префектуре Ибараки и Хоми на полуострове Адуми в префектуре Айти.
В сезон созревания дикорастущих овощей, фруктов и ягод, в том числе и дикого винограда, люди собирали их плоды. Тем не менее, такие факты, как существование общин, наличие пригодных для обработки почвы каменных орудий и керамических сосудов, в которых можно было хранить съестные припасы, указывают на то, что в период после среднего Дзёмон люди, по крайней мере в определенной степени, зависели от земледелия. Вероятно, оседлости населения также заметно способствовали такие факторы, как плодоношение каштанов и грецких орехов в тех местах, где люди селились. Скорее всего, зарождалось и овощеводство. Однако свидетельства существования в те времена земледелия в той или иной форме обнаруживаются только в археологических памятниках более поздних периодов. В отдельных местах выращивали просо; более распространенными культурами были гречиха, кунжут и фасоль обыкновенная, чьи семена были найдены в слое торфа в кьёккенмёдинге Симпукудзи, префектура Сайтама. В кьёккенмёдинге Йояма в префектуре Тиба непосредственно под слоем раковин была обнаружена конопля. Возможно, в конце концов эти культуры и приобрели бы широкое распространение, если бы на остров Кюсю не попал рис. Это событие имело революционное значение для сельского хозяйства страны.
Не упомянув о густых лесах Корекавы, нельзя завершить обзор биологических ресурсов, использовавшихся для удовлетворения разнообразных нужд древнего человека. В лесах росли такие породы деревьев, как каштан, вяз, кипарис, береза, вишня и ель.
Все гладкие камни, использовавшиеся людьми самого раннего Дзёмон, имели такую форму от природы и во множестве лежали по берегам рек. Иногда овальные камни размером с ладонь люди обкалывали с одного конца, делая таким образом рубила и каменные топоры (рис. 6). В отдельных случаях заостренные концы орудий слегка полировали. Для примитивных орудий годился практически любой камень, главное — чтобы он не был слишком мягким. Орудия труда делали из песчаника, андезита, глинистого сланца, кварцита, змеевика, кристаллического сланца, яшмы, базальта и обсидиана. Изделия из аргиллита, диорита, офиолита, жадеита и некоторых других минералов полировали. Ведшие более оседлый образ жизни люди среднего Дзёмон делали плоские каменные ступки овальной или прямоугольной формы. Ступки имели немного приподнятый край; иногда у них было четыре ножки. Функции пестика выполняли специальные камни сферической формы. Камни с углублениями свидетельствуют о том, что они использовались для добывания огня, а свои амбициозные строительные замыслы древние люди реализовывали с помощью примитивных топоров трапециевидной или напоминающей корпус скрипки формы (рис. 7, а, б). Довольно часто топоры делали из обломков скальных пород, выходящих по берегам рек. Такие камни были обколоты со всех сторон, кроме одной, остававшейся гладкой. Их использовали для топоров особой формы, применявшихся для копки земли и рубки тонких деревьев и кустарников: камень привязывали к короткому концу развилки толстой ветки (рис. 8). В настоящее время каменные орудия этого типа по-прежнему встречаются на Каролинских островах, на архипелаге Фиджи и в Новой Гвинее. Полированные топоры, овальные и прямоугольные в сечении, были в ходу в среднем и позднем периодах Дзёмон, причем в более поздние периоды предпочтение явно отдавали топорам прямоугольного типа. Шлифовка камня при изготовлении топора появилась еще в раннем Дзёмон; большой прорыв в изготовлении изделий с отшлифованной и отполированной поверхностью был достигнут сразу после того, как закончился средний Дзёмон. К этому времени вырос уровень технического мастерства изготовителей и значительно увеличилось производство изделий из камня, в том числе топоров, мечей и прочих, которым прежде приписывалось магическое значение — этим конкретным предметам или в сочетании с другими. Так называемая каменная дубинка (секибо), до периода Кацусака не встречавшаяся в комплексах, имеет слишком ярко выраженный фаллический характер, чтобы предполагать, что ее прототипом был небольшой пест для размола зерен дикорастущих злаков и орехов, а большие дубинки, иногда достигающие длины полутора метров, явно слишком тяжелы для использования в таком качестве (рис. 7, к). Круглые и зубчатые навершия жезлов или булав появились примерно в период Хоринути; зубчатые навершия произошли от наверший треугольной формы, которые были довольно широко распространены у жителей гор (рис. 7, г, д). Круглые навершия могли использоваться в качестве молотков. Возможно, эти предметы служили оружием на охоте или в схватках с врагом; не исключено также и их церемониальное предназначение (рис. 7, е).
Двойной желобчатый топор, поначалу вещь, пригодная для повседневного практического использования, претерпевает ряд трансформаций, превращаясь в предмет магического назначения: у некоторых топоров оба конца, между которыми оставлена лишь тонкая перемычка, приобретают форму остроконечного конуса; другие — длинные и узкие, изящно изогнутые и зачастую имеющие тонкие лезвия — становятся похожими на узкие ножи или напоминающие иглу пики. Плоские желобчатые топоры второго типа — творения мастеров позднего Дзёмон. Чаще всего они встречаются в Тохоку, однако также были распространены у жителей равнины Канто, в Тосане и Хокурику. В редких случаях топоры имеют широкие гребни, а в центре изделий — отверстия, что делает эти топоры весьма похожими на навершие жезла с пиками с обеих сторон.
Обычный четырехугольный топор, желобчатый или отполированный, появился в среднем Дзёмон, но отполированные топоры получили широкое распространение только в период Хоринути (рис. 7, в). Что касается топоров, по форме напоминающих корпус скрипки, то существовали многочисленные разновидности этих изделий, которые использовались в качестве орудий для выкапывания ямок, рубки веток и т. д.; у жителей горных районов были очень популярны топоры, по форме похожие на плектр.
Инструментом многоцелевого назначения у доисторических людей был нож-скребок с хвостовиком. Он был особенно удобен для открывания створок раковин, разрезания шкур, разделки туш животных и резки овощей. Хотя его преимущества по достоинству оценили все жители Японских островов, но больше всего таких орудий встречается на севере страны и в тех местах, где есть обсидиан или кремень и другие силикаты. Северный вариант ножей-скребков среднего Дзёмон отличался наличием на длинном конце хвостовика, однако постепенно изделия стали приобретать форму практически равнобедренного треугольника, в котором хвостовик являлся вершиной (рис. 7, ж-и). Ножискребки обоих типов были весьма разнообразными по внешнему виду, все они широко использовались древними людьми. На севере Японии существовали ножи-скребки с двумя хвостовиками, но они встречаются очень редко. Подобно своим северным аналогам, изделия из ранних поселений на острове Кюсю тоже имеют хвостовики, расположенные напротив длинного режущего края. На равнине Канто после периода Хоринути все ножи этих типов пропадают. Предназначение буров и ножей без хвостовиков было в чем-то схожим, а чем-то — различным.
Иглы и рыболовные крючки делали из кости, рога, клыков или бивней животных. В поздние периоды в Тохоку и на острове Хоккайдо основания игл и рыболовных крючков часто украшали резьбой, а иногда шлифовали и полировали.
Наконечники стрел изготавливали из камня, а также из костей и зубов акул; иногда наконечники имели черешок и отверстие у основания; к древку наконечник накрепко приклеивался смолой. Наконечники в форме лаврового листа использовались на протяжении всей эпохи Дзёмон, но к ее концу они уменьшились в размерах, стали тоньше и изящнее; иногда такой наконечник может иметь перемычку у основания и хвостовик. На западном побережье, где почти во всем находятся какие-то отличия, встречается особый тип наконечников — с заостренными обоими концами и сужением посередине, причем размеры одного конца превышают размеры пятки.