В 1944 году в батарею поступил Прибор управления зенитным огнем (ПУАЗО-2), представлявший собой электро-механический вычислитель упреждения при наведении зенитных орудий на цели. Котов сумел существенно улучшить алгоритм работы прибора, что было оценено командованием, направившим его сразу после Победы в Артиллерийскую Академию, где этот прибор и был разработан. Макарский, даже, поспособствовал направлению Котова в академию.Рад был избавиться от ершистого лейтенанта.

Академию Котов закончил в 50 году с Золотой медалью, первым в выпуске. Одновременно с обучением в Академии он посещал несколько специальных курсов на мехмате МГУ, которые вел крупнейший советский математик академик Колмогоров.

Затем в Артиллерийской Академии возглавил отдел электронно-вычислительных машин (ЭВМ), где на созданных под его руководством первых ламповых ЭВМ занимался расчетом траекторий баллистических ракет. По этой же теме в 52 году защитил кандидатскую диссертацию и преподавал в Академии курсы по ЭВМ и по программированию.

В это время ЦК КПСС в прессе и на радио вел жестокую идеологическую борьбу с низкопоклонством перед Западом, с буржуазным космополитизмом, с генетикой — продажной девкой империализма и с буржуазной лженаукой — кибернетикой. Генетику и кибернетику замшелые идеологи из ЦК КПСС считали противоречащими марксистско-ленинской философии. Ученых генетиков, даже, репрессировали, вплоть до высшей меры. А кибернетику просто запрещали.

Никаких сомнений в истинности марксистко-ленинской философии и непогрешимости руководства партии у Котова тогда не возникало. Однако, кибернетика его заинтересовала. Он сумел получить допуск в спецхран Министерства обороны, где прочитал в подлиннике книгу Норберта Винера «Кибернетика», бывшую тогда под строжайшим запретом. Книга о сложных самоуправляемых системах, действующих на основе обратных информационных связей, произвела на ученого глубокое впечатление. Он понял, что ЭВМ это не только большой калькулятор для решения математических задач, но и, потенциально, «мозг» автоматизированной системы управления.

Котов, заручившись поддержкой выдающихся советских математиков Соболева и Ляпунова начал борьбу за «реабилитацию» кибернетики. После смерти Сталина в 53 году идеологический прессинг на ученых ослаб, и Котов начал ездить с докладом «Основные черты кибернетики» по ведущим оборонным и академическим НИИ. И, наконец, с санкции Идеологического отдела ЦК доклад за подписями Котова, Ляпунова и Соболева был опубликован в журнале «Вопросы философии». «Табу» с кибернетики было снято.

В 54 году Котов возглавил вычислительный центр (ВЦ) министерства обороны СССР. Ему удалось привлечь к работе в нем многих сильных математиков и программистов. В этом ВЦ в 58 году была разработана и построена самая мощная на тот момент в мире ЭВМ’М-100' с быстродействием 100 000 операций в секунду. ЭВМ работала на электронных лампах, имела оперативную память на ферритовых кольцах. Под руководством Котова его коллектив разработал большой комплекс программного обеспечения для решения различного рода прикладных задач. В частности, на этой ЭВМ велись расчеты запусков первых искусственных спутников земли и пилотируемых кораблей «Союз».

В 56 и 57 годах Котов опубликовал свои монографии «Электронные цифровые машины» и «Основы программирования», ставшие первыми в СССР книгами по этому профилю. Эти монографии еще долго использовались в инженерных вузах и университетах страны как учебники.

В 59 году Котов направил в ЦК КПСС (Центральный комитет Коммунистической партии Советского Союза)на имя генерального секретаря Хрущева докладную записку, в которой предлагал использовать ЭВМ в государственной статистике, в планировании и управлении экономикой страны. Его идеи были одобрены. С «подачи» ученого ЦК КПСС и Совет министров СССР приняли постановлении о развитии производства ЭВМ и расширении использования их в народном хозяйстве.

Но, Котов на этом не успокоился. В конце этого же года он направил на имя Хрущева свою «Красную книгу» -двухсот страничный текст, в котором обосновывал создание в стране «Единой государственной сетивычислительных центров», связанных в единую сеть высокоскоростными линиями связи. Эти крупные ВЦ предлагалось разместить в защищенных бункерах. Все ВЦ и сети связи должны были обслуживаться министерством обороны, но, в мирное время сеть могла привлекаться для решения народнохозяйственных задач, планирования и управления. По сути, предлагалось создание в СССР первой в мире компьютерной сети — прообраза Интернета. На десятилетие раньше, чем она появилась в США.

Выгоды от этого были несомненны. Коэффициент использования машинного времени ЭВМ приблизился бы к 100%, не потребовалось бы строить большое количество отраслевых АСУ (автоматизированных систем управления). В дальнейшем, установив на предприятиях и в организациях малые терминальные ЭВМ и соединив их линиями связи с головными ВЦ, можно было бы построить общегосударственную систему сбора информации, планирования и управления.

В преамбуле документа Котов весьма неосмотрительно покритиковал руководство министерства обороны за недостаточное внимание к разработке автоматизированных систем управления ПВО (противо-воздушной обороны), ПРО (противо-ракетной обороны) и ВВС (военно-воздушных сил) в масштабе всей страны. Из ЦК проект направили на отзыв в министерство обороны. Критика там сильно не понравилась. К тому же, военные, весьма щепетильно относящиеся к вопросам секретности, совершенно не желали делить пользование системой с гражданскими властями. Министерство обороны дало разгромный отзыв на проект. А в аппарате ЦК усмотрели в проекте подрыв незыблемого постулата о руководящей роли партии. Ведь ученый предлагал передать часть функций по сбору текущей информации о положении дел в народном хозяйстве, по ее анализу и даже по принятию управляющих решений бездушным машинам, отстранив от этого дела деятелей из ЦК.

Котова сняли с должности начальника ВЦ минобороны, исключили из партии и уволили из армии. Так он стал полковником запаса.

Затем он работал в ВЦ министерства радиопромышленности, стал его директором и разработчиком Отраслевой автоматизированной системы управления (ОАСУ) этого министерства. Не оставив научную деятельность, он разработал теорию «Ассоциативного программирования» — метода обработки больших массивов разнообразных данных, не обязательно цифровых. В 64 году его восстановили в партии. С 70 года Котов перешел в министерство здравоохранения, гдеразработал ОАСУ министерства. Его перу принадлежало шесть монографий по отраслевым информационным и управляющим системам.

С 80 года, в возрасте 60 лет ученый перешел на преподавательскую работу и стал заведовать кафедрой в МИРЭ. А в 94 году, в 73 года ушел «на покой».

На досуге, выстукивая на клавиатуре свои мемуары, он сожалел, что новая капиталистическая власть вместе с недостатками советского строя выплеснула и все его достоинства. Пожалуй, новая олигархическая «элита» оказалась ничуть не лучше старой коммунистической номенклатуры. А может быть, даже, хуже. Те, по крайней мере, прикрывались фиговыми листками заботы о народе, о равенстве, о социальной справедливости. И заботились, в меру своего понимания, о благе государства.

А новые беззастенчиво грабили страну, продавая ее природные богатства за рубеж, а вырученные за них деньги выводили на свои заграничные счета, закупая там дворцы, виллы и яхты. Тем самым, обворовывая будущие поколения. Хотя, «новыми» они были весьма относительно. Большей частью, все эти так называемые «новые русские» былибывшими комсомольскими и партийными работниками, ментами и чекистами, быстренько порвавшими свои партбилеты и примкнувшими под знамена «демократии». С целью личного обогащения, понятное дело.

Уставшая лицемерно прикидываться бескорыстной, партийная номенклатура решила захватить всю бывшую государственную собственность в свои загребущие ручки. И успешно с этим справилась. А простой народ, включая интеллигенцию, просто провели, как малых детей.