Возмущенный отказом эмира, лорд Литтон стал убеждать кабинет министров не тратить времени впустую и санкционировать немедленное объявление войны. Но в Лондоне решили, что сначала эмиру следует предъявить окончательный ультиматум. В нем эмира предупреждали, что, если до конца дня 20 ноября он не извинится в полной мере за свой неучтивый отказ от приема британской миссии, при том, что миссия российская была радушно принята, против него немедленно начнутся военные действия. Неразбериху усилило российское Министерство иностранных дел, которое прежде отрицало всякие сведения о миссии Столетова. Теперь там придумали совершенно неудовлетворительное объяснение, упорно утверждая, что миссия Столетова — всего лишь визит вежливости, никоим образом не противоречащий прежним гарантиям по Афганистану, лежащему вне их сферы влияния. Это немного смягчило опасения Литтона, что русские в Афганистане их опередили и что Британию одурачили.

Ко времени истечения срока ультиматума 20 ноября никакого ответа от Шер Али получено не было. На следующий день три колонны британских войск начали наступление на Кабул. Через десять дней прибыло послание эмира, согласного на прибытие британской миссии, но оно не содержало извинений, требуемых вице-королем. Как бы там ни было, оно опоздало — вторая афганская война уже началась. Литтон настроен был преподать эмиру такой урок, который тот не скоро забудет, и в то же время совершенно ясно показать Санкт-Петербургу, что никаких конкурентов в Афганистане Британия не потерпит.

Едва только наспех собранная тридцатипятитысячная британская армия в трех местах пересекла границу Афганистана, события стали развиваться с головокружительной быстротой. Первой задачей британцев был захват Хайберского ущелья, Джалалабада и Кандагара, и после нескольких коротких, но жестоких боев она была решена. При известии о британском вторжении эмир поспешил обратиться к генералу Кауфману, прося срочно прислать обещанных, как он полагал, 30 000 солдат. Но к его тревоге и огорчению, ему ответили, что это невозможно из-за зимы, и посоветовали вместо этого заключить с агрессорами перемирие. В то время как британцы укрепляли свои позиции в ожидании дальнейших распоряжений из Калькутты, доведенный до отчаяния эмир решил лично посетить Санкт-Петербург, чтобы обратится с просьбой о помощи к царю, а заодно и к другим европейским державам. Но сначала он освободил своего старшего сына Якуб Хана, которого держал под домашним арестом, и назначил его регентом, поручив вести борьбу с англичанами. Затем в сопровождении последнего российского офицера из миссии генерала Столетова он отправился на север. Но, добравшись до российской границы, Шер Али отказался следовать указаниям Кауфмана; особенно тяжело он пережил необходимость подписать договор о дружбе, на чем настоял генерал. Впрочем, оказание помощи это не ускорило. Шер Али понял, что русские его предали, британцы наступали, а обратиться больше было не к кому. Дух и здоровье эмира надломились. Отказавшись от пищи и лекарств, в феврале 1879 года он умер в Балхе.

Через несколько дней британцы получили от Якуб Хана сообщение, что его отец «покинул свою бренную оболочку и, следуя велению голоса Великого Судии, поспешил к Земле Божественного Милосердия». Воцарившись на троне, Якуб Хан, который долго выступал против отца, предложил обеим сторонам шанс пересмотреть ситуацию. Британцам скоро стало очевидно, что новый эмир не пользуется искренней поддержкой племенных вождей и потому стремится вести переговоры, от которых так непреклонно отказался его отец.

Выразив Якуб Хану соболезнования британского правительства по поводу кончины его отца, Каваньяри вслед за этим направил послание, содержавшее условия окончания войны и вывода британских войск из его королевства. Условия были довольно жесткими, включая передачу эмиром Лондону контроля над афганской внешней политикой, его согласие на размещение британских миссий в Кабуле и в других городах и уступку Британии некоторых территорий, примыкающих к индийской границе, включая Хайберское ущелье. Вторжение и так в общем было приостановлено, поскольку из-за жестокого сопротивления местных племен, суровой зимы, широкого распространения болезней и плохого транспорта британское командование считало дальнейшее продвижение слишком трудным. Но эмир знал, что с началом весны взятие англичанами Кабула при поддержке из Индии станет только вопросом времени. После долгого интенсивного торга он согласился на большинство британских требований. Взамен он получил гарантию защиты от русских, от столь же жадных соседей-персов и ежегодную субсидию в 60 000 фунтов стерлингов.

Соглашение было подписано эмиром в селении Гандамак, где за сорок лет до этого остатки злополучного кабульского гарнизона оказали афганцам последнее доблестное сопротивление. При этом Якуб Хан и его главнокомандующий прибыли довольно бестактно выряженными в российские мундиры. К возмущению большинства афганцев, 26 мая соглашение было подписано. По Гандамакскому соглашению Каваньяри, насколько известно, должен был отправиться в Кабул как первый британский резидент со времен убийства трагической зимой 1841 года сэра Александра Бернса и сэра Уильяма Макнагтена. Лорд Литтон был восхищен итогами кампании. Жесткие меры дали ожидаемые результаты, включая отъезд последних русских из Кабула и демонстрацию афганцам, чего стоили обещания Кауфмана. В Лондоне и Калькутте не скупились на взаимные поздравления. Королева Виктория, которая весьма внимательно следила за центральноазиатскими и индийскими делами, была особенно довольна, что ей удалось так лихо обойти царя Александра. Каваньяри, сына одного из наполеоновских генералов и, возможно, одного из самых выдающихся офицеров-пограничников того времени, в награду за успешное ведение переговоров посвятили в рыцари, дав ему тем самым необходимый статус для новой тонкой роли при дворе Якуб Хана. Но не все были настолько уверены в соглашении, которое он заключил с пользующимися дурной славой вероломными афганцами. Некоторые чувствовали, что эмир слишком легко принял британские требования. Они помнили предательство, не говоря уже о бедствии, которым после подобных же российских интриг в Кабуле кончилось последнее вмешательство Индии в афганские дела. «Всех их перебьют», — заявил после известия о назначении Каваньяри бывший вице-король сэр Джон Лоуренс. Впрочем, на фоне общей эйфории подобные предупреждения прошли незамеченными.

В ночь перед отъездом сэра Луи Каваньяри в Кабул его пригласили на обед к кавалеру креста Виктории генералу сэру Фредерику Робертсу, который также получил дворянский титул за успешную кампанию, но питал серьезные сомнения относительно отправки миссии. Робертс намеревался предложить тост за Каваньяри и его небольшую команду, но не смог этого сделать из-за опасений за их безопасность. Он знал, что на следующий день они уезжают. «Мое сердце сжалось, — записал он впоследствии, — когда я сказал Каваньяри „до свидания“. Мы уже разошлись было на несколько ярдов, но тут вдруг повернули обратно, еще раз обменялись рукопожатием и расстались навсегда». Несмотря на тревогу друзей и коллег, Каваньяри был уверен, что сможет преодолеть любые возможные трудности. По собственной инициативе он ограничился скромным эскортом из пятидесяти пехотинцев и двадцати пяти кавалеристов — все из Корпуса разведчиков. Командовал ими лейтенант Уолтер Гамильтон, который получил Крест Виктории за недавнее сражение в Хайберском ущелье. Собственный штат Каваньяри состоял из двух европейцев, секретаря и врача из индийской армии.

Совершив нелегкий переход, миссия 24 июля 1879 года достигла афганской столицы. Хотя атмосфера была непростая, приняли их хорошо. Прозвучал артиллерийский салют, афганский военный оркестр предпринял попытку исполнить «Боже, храни Королеву», а самого Каваньяри провезли по столице верхом на слоне. Затем его самого и свиту проводили в резиденцию, которая была подготовлена для них в Бала Хиссаре, неподалеку от дворца эмира. Несколько недель все шло неплохо, но потом Каваньяри сообщили, что крупное афганское войсковое соединение, завершив службу в Герате, прибыло в Кабул. Солдаты, обозленные трехмесячной задержкой жалованья, пришли, по слухам, в еще большее негодование, обнаружив присутствие в столице британской миссии. Афганские чиновники всерьез советовали Каваньяри и его людям не рисковать и не появляться вне стен Бала Хиссара, поскольку ожидались беспорядки. 2 сентября сэр Луи послал сообщение, которое заканчивалось словами: «Все в порядке». Это была последняя весточка от миссии.